秦始皇被稱作是千古一帝，長期以來，人們對於秦代的印象就是建立了暴政，但事實上遠非如此，秦始皇所建立的秦帝國的種種制度和政策對後代的影響極大，有些甚至沿用至今，關於秦始皇本人，由於歷史久遠、史料不足，圍繞他也存在著諸多的謎團。
- 長相之謎
史學界大部分專家認為，秦始皇是一個英武瀟灑、相貌堂堂的人。翦伯贊先生曾推斷，秦始皇的相貌應是相當漂亮的。但在《緯書》中的《易緯》、《春秋緯》和《禮緯》中記載“秦王為人，峰準，長目，摯鳥膺，摯，豺聲。”按現代用語說就是馬鞍鼻，雞胸，氣管炎。
2.身世之謎
關於秦始皇是不是私生子，北京大學劉華祝教授認為，說秦始皇是私生子這顯然是一種汙衊之詞。據《史記》記載，秦始皇的母親是趙國大將的女兒,送給子楚之前是呂不韋的小老婆。說她懷孕後送給子楚，幾乎不可能。且史書上說她是十二月懷胎，從現在的醫學知識來判斷，胎兒不可能在母親肚子裡呆十二個月。所以，從呂不韋送趙姬給子楚的時間和秦始皇出生的時間來推斷，秦始皇不可能是私生子。
3.性格之謎
歷代一直都對秦始皇持否定態度，認為他是一個暴君。“弒父驅母”、“焚書坑儒”都是揭露秦始皇“兇狠殘暴”的有力證據。但也有專家認為，秦始皇並不是想像中的那麼殘暴。
有些事情的確另有隱情。“弒父驅母”，並非出自他的本意，顧惜骨肉親情，就只能使他的王位受到威脅。在這件事情上恰恰表現了秦始皇的雄才大略
再比如說“焚書坑儒”，秦國是一個法制國家，秦統一之後，必然要以秦的文化統一全國文化，這統一的過程中必然會產生一系列的矛盾。這其中一些儒生咒罵他，而方士們則欺騙他。所以才有了後來的“焚書坑儒”，當然這種行為在我們現在看來是過激了一些。
4.求仙之謎
中國考古學家在秦始皇兵馬俑附近發現了13只2200年前的青銅鶴，其中兩隻已證明為仙鶴。他們說，這可能是反映秦始皇有“昇天夢想”的實物證據。
秦始皇陵兵馬俑博物館專家劉佔成指出：“仙鶴腳下雲狀青銅踏板，與古代仙人伴鶴乘祥雲昇天的傳說有關，它應該是體現秦始皇有死後昇天思想的證據。”
5、皇后之迷
2200年前，秦始皇統一中國以後，命令數十萬人在今天陝西臨潼驪山為自己修築了一座龐大的陵墓，陵墓周圍埋藏著許多用陶土燒製的“兵馬俑”，但是卻始終找不到皇后陵。古代文獻上也找不到相關資料，秦始皇皇后究竟是誰，至今還是不解之謎。
6、墓葬之迷
千百年來圍繞著秦陵地宮引發了許多神奇的傳說故事。這類神奇的傳說更是給秦始皇陵蒙上了一層神秘的色彩。
幾千年過去了，秦陵那座高大如山的封冢仍然屹立於驪山腳下，那一座座宏偉的地面建築早在兩千多年前就遭到項羽的焚燒，在殘存的廢墟上，考古工作者發現了陵寢建築群遺址，其規模也相當可觀。規模究竟多大，尤其是如何設計，至今未解。
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