萬曆三十九年（1611年），努爾哈赤53歲了。那個時代，女真人的平均壽命都不高，五十多歲已是高壽，努爾哈赤不得不對自己的身後事作出安排。經過再三的斟酌，他於萬曆四十年（1612年）六月，正式立褚英為太子，並授命其執掌國政。
褚英18歲開始領兵打仗，22歲執掌白旗，參與議政。23歲被指定為儲君，秉執國政，是努爾哈赤親手培養的繼承人。然而，實際上不論資歷還是威望，褚英都遠沒有父親那樣至高無上。再加上年輕氣傲，見識短淺，心胸偏狹，也沒有經歷過真正的政治上的訓練，在權力角逐和抗衡中，不懂韜光養晦，所以，做了很多錯事。
此時，他本已是一人之下萬人之上，但他卻對父王“愛如心肝”的四大貝勒和父王“信用恩養、同甘共苦”的五大臣心存忌憚，總想著趁努爾哈赤在世時，逐漸削奪四大貝勒和五大臣的權力，鞏固自己的儲位，為自己順利即位鋪平道路。他的這種做法使四大貝勒和五大臣人人自危，更促進了他們的聯合，使他陷於孤立。
愚蠢的是，褚英對自己的處境不但沒有省察自警，反而為了樹立自己的權威，竟號令諸貝勒與諸大臣對天發誓，效忠自己。四大貝勒和五大臣怎麼能買他的賬呢？
於是，紛紛上書告狀，狀告其缺乏治國公心，離間五大臣的關係；逼迫弟弟們在夜裡發誓，揹著父親忠於自己；並且威脅貝子們如不順從自己，將在父親死後斷絕對他們的供養，即位之後，弟弟和大臣們誰反對他，他就殺掉誰。努爾哈赤接到這些告狀後，心情十分沉重。他拿著那些狀告文書當面對褚英說：“兒子，這是你四個弟弟和五大臣告發你的文書，你先看看，如有不實之處，你可以據理辯白。”這其實是給褚英一個檢討自己、痛思悔過的機會，只要他能把事情解釋清楚，承認自己狹隘偏私給兄弟和大臣造成的傷害，或許會得到父親的寬恕和一如既往的扶植。可是，褚英仍然固守己見，表示無話可說。他的態度惹怒了父親，他在立儲之時，本就顧慮褚英“從幼偏狹，無寬宏恤眾之心”，本希望他通過執掌政務得到錘鍊，能夠“棄其偏心，為心大公”，不想他一意孤行，不思悔改。於是，努爾哈赤下令削奪了他的權力，並將其所屬部民和牧群等悉數收回，分給了其他兒子。至此褚英從被立為儲君到他最後失去執政權力，只經過了短短的3個月時間。
之後，努爾哈赤兩次率兵征伐烏拉時，都讓他留守建州，卻把守城之責先後委代善、莽古爾泰和皇太極，明顯表現出對他的不信任。對此，他不但沒有反躬自省，心中反而更加憤怒和不滿。於是當父親出兵在外的時候，他竟焚表詛咒努爾哈赤及諸貝勒、眾大臣兵敗。並揚言說，如果他們兵敗回來，他是不會讓他們進城的。
努爾哈赤回來後，褚英的詛咒被部下揭發。努爾哈赤盛怒之下將他因禁。被押兩年之後，明萬曆四十三年（1615年）八月二十ニ日，距努爾哈赤建國稱汗只有不到4個月的時間，褚英被努爾哈赤以不思悔改之名下令處死，年僅36歲。
幾百年來，人們一直在探詢：是什麼讓努爾哈赤殘忍地殺害了自己的親生兒子？有人試圖從努爾哈赤性格上找原因，說他是一個生性殘暴的人，“雖其妻子及素親者，少有所忤，即加殺害”。也有人認為努爾哈赤殺褚英是要保住自己至高無上的地位。
其實，努爾哈赤同樣也是一個情意深重的父親，他一生最後悔的事就是因殺了長子褚英。特別是年老之後，努爾哈赤每每回顧這件事情，都痛徹心扉，久不平靜。
據《清太祖武皇帝實錄》卷三記載，為了不願再看到子孫們骨肉相殘的事，天命六年（1621年）正月十二日，努爾哈赤召集諸子侄代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極、阿濟格等對天地神衹，焚香設誓：“吾子孫中縱有不善者，天可滅之，勿令刑傷，以開殺戮之端。……若弟中若有作亂者，明知之而不加害，俱壞（懷）禮義之心，以化導其
愚顧。…自此之後，伏願神衹，不昝既往，惟鑑將來。”對於這柱史上鮮見的父殺子的悲劇，有史學家認為，努爾哈赤是一位具有遠大政治抱負的政治家，當他的力量還很弱小時，他需要一支強有力的骨幹隊伍，同心同德，朝著既定的大目標共同奮鬥。當時這個骨幹隊伍主要是兩個集團：一個是宗室貴族集團，以四大貝勒為代表；另一個是軍功貴族集團，如五大臣。當褚英被推到執掌國政的地位時，因為他沒有恰當地處理好各種關係，兩個集團的主要成員都反對他。
努爾哈赤不處理褚英，就會出現三個不合：宗室貴族不合、軍功貴族不合、宗室貴族與軍功貴族不合。除掉褚英之後，使宗室貴族合與軍功貴族大合，從而為建立後金政權、創立大清事業莫定了基礎。
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