starBase这个网站我们以前介绍过，去年网站有段时间上不去，如今王者归来，并且还升级到了3.0版。该网站主要是通过高通量的数据寻找潜在的miRNA-ncRNA，miRNA-mRNA, ncRNA-RNA，PBR-ncRNA以及RBP-mRNA的相互作用。
在细胞这个复杂的工厂里，各个基因功能的实现必然离不开环环相扣的调控网络，这种调控网络包括RNA-RNA, RNA-蛋白，蛋白-蛋白等等一系列的调控机制。
研究这种调控机制，也是做学术的医学生们发文章求毕业的必经之路。今天给大家推荐一款非常优秀的研究相互作用在线网络工具starBase(网址：http://starbase.sysu.edu.cn/）。
starBase在解螺旋既往的文章中有介绍，去年网站有段时间上不去，如今王者归来，并且还升级到了3.0版。该网站主要是通过高通量的数据寻找潜在的miRNA-ncRNA，miRNA-mRNA, ncRNA-RNA，PBR-ncRNA以及RBP-mRNA的相互作用。
目前，starBase v3.0可以从多维测序数据中识别出超过110万个miRNA-ncRNA、250万个miRNA-mRNA、210万个RBP-RNA和150万个RNA-RNA相互作用。并且，基于32种癌症的10,882个RNA-seq和10,546个miRNA-seq的基因表达数据，研究人员还能用starBase v3.0对RNA-RNA和RNA-RNA相互作用进行泛癌症分析。starBase v3.0还允许平台对miRNA、lncRNA、mRNA、伪基因等进行生存和差异表达分析，功能非常强大。
旧版的功能有这些：
新版的功能显然多了不少，当然网页设计也更漂亮：
本文则主要介绍starBase3.0的新功能。
降解组测序
针对miRNA介导的降解片段进行测序，筛选鉴定miRNA调控的靶基因的技术。所以比传统的预测miRNA靶基因的方法，降解组学的准确性更高。
starBase也给用户提供了人性化的界面，网页界面的左侧为我们提供了各种选项去筛选miRNA和基因，而点击搜索结果框中的数字可以获得结果的详细信息。
RNA-RNA
RNA的interaction包括mRNA、lncRNA、pseudogene、sncRNA、miRNA与RNA之间的interaction，用户使用界面与上面的大同小异。
RBP-Target
CLIP-seq可对RNA结合蛋白（RNA Binding Protein）与基因的结合进行高通量的筛选。
starBase除了可以根据CLIP-seq的数据进行筛选外，同时还可根据Pan-cancer的数据，筛选interaction在Pan-cancer（TCGA）中出现的次数，即在多少个肿瘤中出得到证明。
点击Pan-cancer栏的数字，可以查看在肿瘤中的详细数据情况。
RBP-Motif
这个功能模块主要展示了基于CLIP-seq搜集到的RBP的motif，同样提供了人性化的筛选栏和直观的数据细节，并提供下载。
RBP-Disease
starBase展示了来自44种组织共336种疾病中，RBP与基因中体细胞突变之间的潜在联系。点击DiseaseNum和MutationNum可查看详细信息。
Pathway
这个功能模块可让用户自行结合CLIP-seq、降解组学、Pan-cancer、miRNA靶基因预测工具（多达7个）的多维度证据预测miRNA的靶基因，并通过KEGG或GO等对靶基因的功能进行注释，其结果也可提供下载。看到这时是不是能感觉到这个在线工具背后团队的用心良苦呢？
Pan-cancer
TCGA里基因和miRNA的常规数据分析包括差异表达、生存分析、共表达。这些分析在这个网站都可以一站式网站，惊不惊喜？意不意外？
关于starBase 3.0的功能和使用就介绍到这里。我们只是优秀工具的宣传者，而真正在背后付出努力的是辛勤工作的科研工作者们，是他们为我们提供了功能强大、使用方便的好工具。
所以，如果大家用他们的工具做出了成果，发表文章时要记得引用他们的文章哦，具体的引用方法在网站主页的下方（http://starbase.sysu.edu.cn/index.php）。
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