1629年10月，皇太極率十萬清兵繞境蒙古，由喜峰口攻陷遵化，兵臨北京城下，北京戒嚴。袁崇煥聞訊帶兵兩日急行三百里，袁崇煥本應將來犯之敵阻擋在薊州至通州一線，在此展開決戰，以確保京城安全。但當他偵察得知敵兵已經越過薊州向西進發時，只是率兵跟隨，趕到河西務時，又不顧將領反對，率部前往北京，於次日晚抵達廣渠門外，大敗清軍。袁崇煥如此之舉，引起北京城外的戚畹中貴的極度不滿，紛紛向朝廷告狀。1630年，袁崇煥以“通虜謀叛”、“擅主和議”、“專戮大帥”的罪名“，崇煥伏刑之慘情，令人毛骨悚然。1772年，乾隆帝下詔為袁崇煥平反。
單騎閱塞：邵武知縣袁崇煥任職不久，遵照朝廷的規定，於天啟二年（1622年），到北京朝覲，接受朝廷的政績考核。他利用在京的時機，察視邊塞，瞭解形勢，為遼事進行準備。
此時遼東形勢，已經越來越危急。遼東經略王在晉分析當時關外形勢道：“東事離披，一壞於清、撫，再壞於開、鐵，三壞於遼、沈，四壞於廣寧。初壞為危局，再壞為敗局，三壞為殘局，至於四壞——捐棄全遼，則無局之可布矣！逐步退縮之於山海，此後再無一步可退。”意思是：明朝先失陷撫順、清河、開原、鐵嶺、遼陽、瀋陽，又失陷廣寧，丟棄全遼，無局可守。《明史》記載：自努爾哈赤攻陷撫順以來，明朝在遼東的總兵官，陣亡者共14人：撫順則張承胤，薩爾滸之戰則杜松、劉、王宣、趙夢麟，開原則馬林，瀋陽則賀世賢、尤世功，渾河則童鍾揆、陳策，遼陽則楊宗業、梁仲善，廣寧則劉渠、祁秉忠。天啟帝驚慌失措，抓住首輔葉向高“衣袂而泣”。京師朝野官員，談敵色變。張岱在《石匱書後集》中說：“時廣寧失守，王化貞與熊廷弼逃歸，畫山海關為守。京師各官，言及遼事，皆縮朒不敢任。崇煥獨攘臂請行。”
袁崇煥在這個明朝關外局勢空前嚴重的態勢下，單騎出關，巡視形勢，袁崇煥任職後，上《擢僉事監軍奏方略疏》。力請練兵選將，整械造船，固守山海，遠圖恢復。他疏言：“不但鞏固山海，即已失之封疆，行將復之。”當時山海關外廣大地域，為漠南蒙古哈剌慎等部佔據，袁崇煥便駐守關內。朝廷採納薊遼總督王象乾的奏議，對邊外蒙古部落實行“撫賞”政策，就是頒發賞銀，爭取他們同明朝結盟，共同抵禦後金。一些蒙古部落首領接受了“撫賞”，遼東經略王在晉令袁崇煥移到山海關外中前所（今遼寧省綏中縣前所鎮）。王在晉又令袁崇煥往前屯（今遼寧綏中前屯），安置遼民流亡、失業者。袁崇煥受命之後，連夜趕路，叢林荒野，虎豹出沒，天明入城，將士都讚歎他的勇敢與膽量。
寧遠大捷高第上任後，認為關外必不可守，力主盡撤寧錦之兵于山海關。督屯通判金啟倧上書給袁崇煥力拒，金啟倧書曰“錦、右、大凌三城皆前鋒要地。倘收兵退，既安之民庶復播遷，已得之封疆再淪沒，關內外堪幾次退守耶！”袁崇煥亦力爭不可，其言：“兵法有進無退。三城已復，安可輕撤？錦、右動搖，則寧、前震驚，關門亦失保障。今但擇良將守之，必無他慮。”（《三朝遼事實錄》卷十五）。高第不聽，仍令馬世龍撤寧、前二城之兵。（《孫承宗年譜》），袁崇煥說“我為寧前道也，官此當死此。必不去”（《邊事小記》）高第只得盡撤錦州右屯松山杏山大小淩河等處兵馬，棄糧粟盡十萬餘石。十二月，袁崇煥升任按察使，仍主事寧前。（《督師紀略》）
天啟六年（1626年）正月十四日，後金兵渡遼河。右屯守將周守廉逃，松山等處守將左輔亦燒燬糧儲廬舍而退。（《東華全錄》）。袁崇煥聞之，與總兵滿桂，參將祖大壽，守備何可綱，集將士誓守寧遠。令中左所都司陳兆闌和都司徐敷奏率兵入城，左輔朱梅為外援。（《三朝遼事實錄》）。又傳令通知前屯趙率教，山海關楊麟有寧遠之潰兵皆斬。
二十三日，努爾哈赤率後金軍至寧遠，努爾哈赤自稱率軍三十萬，必破此城，令袁崇煥投降。
袁崇煥答曰：“來兵稱三十萬虛也，約有十三萬。吾修治寧遠決守以死豈肯降耳”（《東華錄》）。
後金攻城，袁崇煥等寧遠守軍以火器拒之，寧遠通判金啟倧也因點炮自燃，為國捐軀。（《明熹宗實錄》）。後金趁機大舉徵明，努爾哈赤敗在了自認為用鞋尖就能踢倒的寧遠城下，此戰，即載入中國戰爭史冊的寧遠大捷（海峽兩岸均載，如中國曆代戰爭史第十五冊之第十七卷的第四章）
明朝遺民談遷的史學鉅著《國榷》記載：
辛末，召象乾及廷臣於平臺問。象乾方畧對曰：“插漢虎墩兔憨與順義王卜石兔哈喇慎、白黃臺吉俱元小王子之後。卜哈俱插漢分部，歲貢。自黃臺吉與插漢閧，插漢不貢。隆慶庚午，俺荅受封開市，卜哈部夷屢掠之。去歲卜石兔西走，哈喇慎俱被攎，白臺吉僅身免，東投於建奴。其弟跌各兔等不欲也，白臺吉媿死，哈部今其人無幾。朵顏三十六家此日亦當聯絡，與哈喇慎可得三萬人。諸部惟永邵卜最強，約三十餘萬人，若合卜石兔之兵可御插漢。”
帝曰：“插漢意不受撫，何？”對曰：“當從容籠絡。”帝曰：“如不欵，何？”象乾密奏語不盡聞。帝善之，命往與袁崇煥共計。象乾請發撫賞銀五萬兩。
此事《崇禎長編》卷之十三元年九月亦有載，不過把“建奴”忌諱作“清”而已。由此可見朵顏是明廷籠絡的對象。
而袁崇煥被指資敵的對象，就是上述的朵顏部。故市米資盜並不能成袁崇煥的罪名。而且袁崇煥後來賣米也是崇禎帝許可的：“其招來屬夷，其有飢困，查明部落多少，計口量許換米”。
《國榷》卷八十九又有記載：“初，廣寧塞外有炒化、暖兔，貴英諸虜。薊鎮三協有三十六家守門諸夷。所云西虜也。皆受我賞。建虜雖強，其勢未大合。至是，中外迎上指。謂通建虜，並革其賞。諸夷已閧然。會塞外飢，請粟。上堅不予，且罪闌出者。於是東邊諸胡群起飈去，乃盡折入建虜，不受漢索也。”
可見談遷認為崇禎在蒙古人饑荒時不知乘機拉攏，才是蒙古人投向後金引其入寇的主因。
磔刑處死
明思宗（1610—1644）在崇禎二年（1629年）十二月初將袁崇煥逮捕入獄。於崇禎三年（1630年）八月，明思宗以“謀叛欺君，結奸蠹國。斬帥以踐虜約，市米以資盜糧。既用束酋，陽導入犯，復散援師，明擬長驅，及戎馬在效，頓兵觀望，暗藏夷使，堅請入城，意欲何為？致廟社震驚，生靈塗炭，神人共忿，重闢何辭！”(《國榷》卷九十一，崇禎三年八月癸亥崇禎聖旨)的罪名於三年八月磔刑（分裂肢體）處死於西市，棄屍於市。行刑那天，袁崇煥毫無懼色，他被五花大綁，押上刑場，“劊子手割一塊肉，百姓付錢，取之生食。頃間肉已沽清。再開膛出五臟，截寸而沽。百姓買得，和燒酒生吞，血流齒頰”，袁崇煥卒年四十七歲。（《石匱書》）。
清太宗皇太極（1592—1643）施反間計，捕捉兩名明宮太監，然後故意讓兩人以為聽見滿清將軍之間的耳語，謂袁崇煥與滿人有密約，皇太極再放其中一名太監回京。明思宗中計，以為袁崇煥謀反；但是閻崇年等一些學者則傾向於認為明思宗殺袁崇煥是因為朝廷內閹黨餘孽的誣陷，皇太極的反間計只是袁崇煥落獄之因。
對反間計，《明史》袁崇煥傳，記載：“會我大清設間，謂崇煥密有成約，令所獲宦官知之，陰縱使去。其人奔告於帝，帝信之不疑。十二月朔再召對，遂縛下詔獄。”
《明季北略》則記載：“都中又喧言崇煥導虜入犯，上甚切齒。先是，虜出獵，擄我多人。中有二璫，上命偵崇煥者，亦被擄。虜視之，知為璫也，乃設一記，佯為袁遺書約犯邊，答雲：“知道了，多謝袁爺。”又佯驚雲：“乃為璫聞，縛璫亟斬之！”又故遺一奴私放璫歸。璫歸，上其事。上再召崇煥入，即下詔獄。此言周延儒親語餘者,延儒久與虜比，虜每輸情，故知其言不誣。”
朝鮮《仁祖實錄》八年二月丁丑載：朝鮮的使者樸蘭英到瀋陽，滿清的王公當著他面互相“耳語”，說袁經略果然和我們同心，只可惜事情敗露而被下獄。這樣的事情，怎會當著外國使臣的面而互相耳語，故意讓他聽到。樸蘭英明白他們的用意，只不過想借他而傳言到明朝去，以便儘快殺了袁崇煥，所以他在給朝鮮國王的奏章中說：“此必行間之言也。”直到一百年之後，朝鮮的君臣們在討論明朝覆亡的原因時，還說主要原因是冤殺了袁崇煥（見朝鮮《英宗實錄》六年十一月辛未）。
袁崇煥在行刑前，念出了自己的遺言：
一生事業總成空，
半世功名在夢中。
死後不愁無勇將，
忠魂依舊守遼東。
這就是袁崇煥的一生！可謂忠良，與吳三桂相比，不知道讀者君有何感想？
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