自穆爾爵士率英軍自科魯尼亞撤走之後，拿破崙便以為他已排除了英軍再次干涉西班牙的一切可能性。所以他便準備回國，在次要竭盡全力攻佔奧地利首都。當拿破崙從巴利阿多利德一回到巴黎，便立即開始為新的多瑙河戰役組編部隊。同時情報部門向他呈交了一份奧軍最近兵力部署報告。當時奧軍編為九個軍，由查理大公指揮，其中右翼位於波希米亞，有165000人。左翼位於施蒂里亞（今格拉茨）和卡林西亞計有95000人。另外還有10萬預備隊，一支在加利西亞，另一支由路易大公指揮保衛維也納。
查理大公的打擊力量顯然大大超過了法軍在德意志境內可調集的兵力，法軍在德意志境內的總兵力不超過9萬人，因此只能採用攻勢防禦戰略，聚集兵力，後發制人，戰爭初期，他只命令德意志境內的部隊在多瑙河谷的雷根斯堡附近集結，靜觀奧軍行動。同時開始組建新的萊茵觀測軍，隨時準備投入戰鬥。同時在3月，把西班牙的近衛軍緊急調回國內。
當拿破崙還在頭疼西班牙的戰事之時，奧軍搶先一步。4月9日，查理大公未經宣戰即率四個軍共十四萬人向德意志境內的法軍開始進攻。其中科魯華特將軍率第五個軍為其右翼，自多瑙河北部向雷根斯堡推進。查理大公指揮的奧軍主力向西推進至多瑙河和伊薩爾河谷。奧軍的入侵使法軍措手不及。
但是由於奧軍的行動遲緩，讓拿破崙有了準備的時間，拿破崙在後方迅速指揮軍隊開始運轉。達武奉命從雷根斯堡慢慢退卻並與勒費弗爾的巴伐利亞軍在多瑙河以南地形複雜的丘陵地帶會合，這兩個軍應並肩作戰，堅守陣地，頂住查理大公的正面進攻。與此同時，烏迪諾和馬塞納則從奧格斯堡東進，強行軍抵達弗賴辛和蘭茨胡特，以打擊正在進攻雷根斯堡的查理大公主力部隊的左翼，並切斷其交通線。
但是拿破崙對戰局太過樂觀，迄此法軍遭遇的僅是奧軍的前衛部隊，但到20日黃昏時，奧軍已拿下了雷根斯堡，之後查理大公的主力在正南方向寬20英里的正面上展開，向法軍和巴伐利亞軍全線進攻，但是法軍還是堅守住了陣地。次日凌晨2時，他收到了達武的報告說他正受到奧軍三個軍的重壓而且缺乏彈藥。拿破崙當即決定馳援達武。同時，他還命令烏迪諾率兩師生力軍北進以增援達武。而法軍的南路也到達了一個叫埃克繆爾的小村，拿破崙在那裡可以聽到達武抵抗六萬六千名奧軍進攻的槍炮聲。下午2時，拿破崙的先頭部隊進入格羅斯-拉貝河谷，抵達埃克繆爾並向查理大公的左翼進攻。與此同時，達武和勒費弗爾也向東發起反擊。奧軍全線均遭卷擊，夜幕降臨時，奧軍朝雷根斯堡的多瑙河大橋潰逃。拉納率兩個騎兵師在月光下乘勝追擊，一直追到橋頭堡。
法軍步兵由於長途行軍早已疲憊不堪，因而未能勇猛追擊。到次日時，查理大公已將主力撤到了多瑙河左岸(即北岸)，席勒軍三萬人在蘭茨胡特敗北後，也撤過了因河並沿多瑙河南岸的維也納大路退卻。查理大公留下一支強大的後衛部隊據守雷根斯堡的橋頭陣地，然後便向東北朝波希米亞山區退去。
經過反擊，拿破崙沒有達到其主要目標，即消滅奧軍並切斷其通往維也納的退路。但是也將北路的奧軍一分為二，通往維也納的大路上只有席勒指揮的較少的那一半兵力掩護。拿破崙迅速地重新組織力量向維也納進軍，因為他急於搶在查理大公之前趕到那裡。
馬塞納4月27日於帕紹強渡因河時沒有遇到任何困難。但5月2日在艾貝爾斯貝格強渡特勞恩河時，卻遭到席勒後衛的頑強抵抗。該河在此流經一狹窄的峽谷，峽谷之上有一座長二百碼的木橋。奧軍密集的炮火可以縱射該橋。拿破崙命令馬塞納不惜一切代價向前推進，在這場血戰中，法軍傷亡五千人，而奧軍傷亡則在六千人以上，後者還被迫放棄了陣地。
放棄陣地的席勒，讓為維也納守不住，只好向北與查理大公的軍隊會合。維也納城內的馬克西米大公在象徵性的抵抗之後，5月13日上午法軍第二次攻佔了維也納。
進入維也納的拿破崙才發現對於敵軍的行蹤茫然無知，而且更使他惱火的是其參謀機構對他正與之作戰的這個國家也未提供任何情報。在奧皇逃往波希米亞以及查理大公的軍隊也在多瑙河北岸銷聲匿跡之後，拿破崙現在的問題是促成第二次奧斯特里茨會戰，一勞永逸地粉碎奧地利的軍事力量。但是如何才能使之成攻，請看下回圖文介紹。
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