光線王艾斯
清朝的軍機處不過是顧問機構，最終的決策權還是窩在皇帝的手中。慈禧能凌駕於皇帝之上，是她善於利用大臣間的矛盾，扶持自己勢力，從而達到她獨裁專制的目的。
咸豐11年，咸豐皇帝在內憂外患中駕崩於熱河行宮。臨終前，他留下遺旨:年幼載淳（後來的同治皇帝）繼承大統 ，另八位顧命大臣輔佐載淳。同時又將兩枚象徵君權的印章交給慈安太后和懿貴妃（也就是後來的慈禧）。咸豐這樣做，即不能使八大臣權傾朝野，又可避免後宮干政，起到相互制衡。
然而，謀事在人，成事在天。早就對皇權垂涎三尺慈禧，終於等到一展身手的這一天。可是這八臣顧命大臣，仗著咸豐遺囑，飛揚跋扈，根本不把慈禧放在眼裡，於是，慈禧聯合慈安、恭親王發動宮廷政變，將八位顧命大臣殺的殺，流放的流放，這就是歷史上有名的辛酉之變，這年慈禧僅僅26歲，在晚清的政壇開始鋒芒初露。
恭親王因為擁立之功，被兩宮太后封為議政王。這個曾在咸豐朝被打壓的抬不起頭的王爺，此時，達到他人生的巔峰，成了大清王朝的頂樑柱。後來，隨著慈禧的權力越來越大，她與恭親王之間的爭權奪利逐漸白熾化，這兩個曾經一個戰壕的戰友，幾乎鬧到了水火不容的地步。慈禧利用手中權力，支持保守派對洋務運動的攻擊誣陷，培植自己的勢力。使洋務運動舉步維艱，近乎流產。同治四年，兩宮太后罷免了恭親王”議政王”的頭銜，但仍讓繼續他推行洋務運動。經此一事，慈禧終於擠進權力的核心，實現了她獨裁統治的第一步。
光緒十年，（公元1884年），中法戰爭爆發。清朝在勝利的情況下，與法國簽訂城下之盟。一時舉國不平，彈劾恭親王的奏章像雪片一般飛進紫禁城，慈禧異常震怒，將恭親王的官職一擼到底，讓他閉門思過。不僅如此，慈禧是拔出蘿蔔帶出泥，捎帶把恭親王朝中的親信全部罷免官職。從此以後，恭親王在政壇銷聲匿跡，直到終老。慈禧這回之所以敢對恭親王大開殺戒，是因為恭親王的重要支持者慈安太后，已在三年前暴病身亡，這年，慈禧49歲。
掃除了恭親王這個最大的絆腳石後，慈禧終於如願以償的登上清朝權力的巔峰，開始了她長達二十多年禍國殃民的獨裁統治，預示著腐朽的清王朝踏上滅亡的不歸路。
洛水清風cuixiaosheng
軍機處與確保“皇帝至上”沒有必然的聯繫。軍機處只是貫徹“皇權至上”的機構，它自然處於皇權的代表管理之下，因此，慈禧坐在軍機處上邊很正常。
（1）軍機處臣服於皇權，皇帝如果想“代表皇權”，首先就要“親政”
皇帝是“皇權”的主要代表，但皇權卻包括後宮和外戚、太監、宗室三大方面。在某種情況下，它們可以代替皇帝充當“皇權”的代表。充當多長時間就主要靠“權力鬥爭”了。慈禧就是代表皇帝充當“皇權的代表”，而真正的代表皇帝則長期因為“政治鬥爭”失利而無法履行“皇權”。
那麼鬥爭失利的關鍵就在於“權位與利益”。慈禧掌權35年，光緒“親政”之初，全天下都是慈禧的人，都受慈禧“恩惠”，那麼，不聽慈禧的能聽誰的呢。
同治、光緒登基時年幼（6歲、4歲）登基無法“親政”，只能由慈禧進行“垂簾聽政”。皇帝只有“親政”才能“代表皇權”。但問題是“親政”時間是沒有標準的。
慈禧答應光緒十三年（1887年）正月十五舉行親政大典，但後來又有了變化。醇親王奕譞領銜申請慈禧繼續垂簾，光緒的親爹奏請誰還有啥說的？慈禧起先裝模作樣地沒有同意。其後，禮親王世鐸又要求親政後繼續訓政，慈禧只好說“俟皇帝親政後，再行訓政數年。”
什麼意思？1887年正月十五親政後，仍要垂簾數年。“數年”可就沒譜兒。
（2）光緒“親政”後的11年裡，他從來沒有真正地掌握過權力，支持光緒的大多是言官和少部分地方督撫，前者沒實權，後者人數太少，軍機處也是如此
在光緒親政後11年裡，光緒不僅宮內還是宮外都沒有掌握大部分權力機構的人事權。在1896年親政前，慈禧已經掌權35年，所有重要職位全是她的人，都是由其提拔，包括軍機處大臣們。
1882年到1884年翁同龢進入軍機處，首席是奕訢，1884年藉著“中法戰爭”被慈禧全部拿下。1885年到1894的首席軍機則是慈禧的親信禮親王世鐸，其他四五人皆是久受慈禧“恩寵”的大臣。
1894年到1898年，久被棄用的恭親王進入軍機並任首席，翁同龢也被任命為軍機。這一時期的軍機大臣比較多六到十人。翁同龢基本都是第三位之後，由此軍機處內部就代表了皇權的三股勢力——宗室代表、後宮和太監、皇帝。而恭親王只是名義上的首席軍機，不但沒有實權，而且是“扛雷”的人。
軍機處除了一兩名純粹事務型官員外，基本其他成員也都是“久受慈禧恩惠”的人。在這種情況下，軍機處本身就被慈禧操控，光緒在宮廷內被太監宮女們監視，怎可能擁有實權？
軍機處只承認“皇權”，也就是“權力鬥爭”的勝利者。
坐古談今
我是薩沙，我來回答。
雍正設置軍機處的目的，開始是為了對準噶爾的戰爭，是一種臨時的國家最高軍政機構，協助皇帝處理軍政，可以跳過內閣。
但雍正的根本目的，在於傳承父親康熙的南書房制度，廢除議政王大臣會議。
議政王大臣會議是滿清初期的一種制度，是滿族上層貴族參預處理國政的制度。
初期的軍政大事，多由議政王大臣會議做出結論，連皇帝也受他們左右。
這套制度早在清太祖努爾哈赤就已經形成，具備集體決策的很多優點，防止皇帝個人出現判斷和決策失誤，也平衡了八旗之間的利益。
但是，議政王大臣會議一定程度上奪去了皇帝的權力。所以從皇太極開始的歷任皇帝，都試圖削弱議政王大臣會議的權力。
雍正的這個軍機處，說白了就是一箇中央秘書處，負責執行雍正的命令和獻策而已，不具備決策權，和議政王大臣會議是有本質的不同的。
最終，軍機處取代了議政王大臣會議。
雍正七年設立軍機處後，議政王大臣會議雖然繼續存在，但所議之政，已只限於軍務﹑皇帝出巡﹑旗務﹑少數民族事務及重大刑審案件等具體事務，無關乎軍國大事。議政王大臣會議變成一些不當權的貴胄世爵掛靠之地，或是給予一些大學士、尚書之類官僚例兼虛銜的部門。
到了乾隆時期，乾脆將它取消。
這樣一來大權表面上轉移給軍機處，其實全部轉移到皇帝一人手中。軍機處只是奉命執行而已。
至於慈禧太后，她既然垂簾聽政，也就是皇帝了，自然有凌駕于軍機處之上的權力。
慈禧太后幹掉顧命大臣以後，作為一個28歲僅有私塾文化的婦女，她對軍政國務並不瞭解。
無奈之下，慈禧任命一起對付肅順的恭親王奕訢被授予議政王，在軍機處擔任領班大臣。
由此，軍機處的權力一度大大提升，具有一定的決策權。
但奕訢並無野心，而且很快遭受慈禧打壓，失去了權力。
隨著太平天國的失敗，清廷政局逐漸穩定下來，慈禧太后的統治地位也日趨鞏固，於是就處心積慮地要削弱奕訢的權力。
同治四年（1865年），她以奕訢“目無君上”、“暗使離間”等罪名，下詔革除其一切差事。
從此，慈禧太后大權獨攬，軍機處和軍機大臣的權力被削弱，再次恢復成秘書處的地位。
到了慈禧的後期，軍機處已經不堪入目。左宗棠曾經擔任軍機大臣。
他本以為軍機處是國家最高的軍政機關，誰知道僅僅是幾個老頭子喝茶、聊天、扯淡的地方。
一切文件都只是直接轉交給慈禧太后（名義上是光緒皇帝）批准，自己並不過目。慈禧下了批示以後，軍機處再交給相關官員辦理。
說白了，軍機處變成了可有可無的機構，完全可以廢除。
薩沙
慈禧一生共發動過三次政變，通過這三次政變慈禧一步步將大權逐漸掌控在自己手裡，成為中國歷史上權力最大的幾個女人之一。
1861年，咸豐皇帝病故後，兩宮皇太后與皇叔恭親王奕訢，聯手發動政變，罷黜咸豐帝指定的八位顧命大臣，改由太后垂簾聽政，慈禧也由此登上了權力的舞臺，而恭王則被封為議政王，主持軍機處和新設立的總理各國事務衙門，此次事件即“祺祥政變”。此後，直至1884年前三個月，清政府行政中樞的領頭人物，一直是恭親王。
作為洋務派的領袖，奕訢得到了地方大員曾國藩、李鴻章、左宗棠、張之洞等人的支持與擁戴，他自己和西方列強的關係還是分密切，但在1883年爆發的中法戰爭中，由於奕訢主張對法國和談，想通過和平方式解決衝突，致使在越北清軍沒有加強戰備，在1884年3月的北寧之戰中，前後只用了五天，清軍便全面失利，棄城而走。接看太原、諒山、郎甲等地相繼失陷。法軍繼續進攻西線的滇軍，雲貴總督岑毓英不戰而退，將滇軍撤至中越邊界的河口、保勝一帶，興化、臨洮、宣光也隨之落入法國人手中，在這場戰爭中慈禧在張之洞、左宗棠等人的勸諫下是主戰的，但奕訢熱衷於外交談判，對慈禧備戰固邊的指令，只作例行公事對待。這讓慈禧覺得受到了奕訢的輕視，藉著這次的大敗，慈禧解散了以恭親王奕訢為首的軍機處，並以“養病”為名永遠將他隔離在權力核心外，是為甲申易樞，在這之後的清朝幾乎已經完全被慈禧所掌握了。
1898年，已經成年的光緒皇帝想要奪回屬於自己的權力，發動了維新變法，讓慈禧覺得受到了威脅，於是發動了戊戌政變，粉碎了光緒皇帝僅僅百日的戊戌變法，維新派官員死的死，逃的逃，光緒皇帝也因此被囚禁，由是清庭再也沒有任何人能制衡慈禧，直到她死去！
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雍正的軍機處的設計立，正式的讓皇權凌駕於一切國家權力部門之上，像明朝時期內閣擬票可以駁回聖旨的制度早已不復存在了。
而慈禧是怎麼凌駕皇權的呢？並沒有，慈禧凌駕於皇帝，將這種至高無上的皇權攥在了自己手裡。
咸豐皇帝死時，曾立八位顧命大臣輔政，但皇帝並不是完全信任這些人，於是把蓋玉璽的權力留給了兩宮太后。
辛酉政變，八大臣失權，兩宮太后正式垂簾聽政，行皇權，但此時恭親王為議政王大臣，而正宮慈安太后尚在，慈禧太后還未能完全展露頭角。
同治四年，恭親王被罷黜，兩宮太后完全掌了皇權。慈安生性純良，對權力並無過多欲望，於是這皇權就旁落給了慈禧太后一人之手。
同治皇帝的死，讓慈禧遭受了有生以來最大的打擊，作為皇帝生母，比失去兒子更苦痛的莫過於被小輩登基皇帝位後，自己退居太皇太后，從此再無理由執掌皇權。
但慈禧接下來的舉動卻讓她抱住了自己手裡的權力，將醇親王的兒子年幼的載恬過繼過來，自己繼續做太后，這樣，垂簾聽政仍舊合法，皇權依舊在慈禧的手裡。
等到光緒帝成年，慈禧太后雖然交出了部分皇權，但當時的朝廷大員仍舊是唯慈禧懿旨是從，這在年輕的皇帝心中越發難以容忍。
終於在戊戌年，光緒帝與康梁等人在戊戌變法中發動政變，在事情敗露後被慈禧軟禁。
從此光緒帝有了“謀母”之嫌疑，朝中廢帝的呼聲屢見不鮮，慈禧太后雖未響應，但皇權再次全部攥在手裡，繼續用訓政的方式把持著大權。
說句中肯的話，若放在以往的封建時期，慈禧太后未必不是孝莊太后那種名聲，但此時的中國在經歷著千年未有之大變局，以一個老太太的政治眼光，遠遠無法承擔如此之使命。
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軍機處於雍正七年（1729年）因用兵西北而設立。雍正十年（1732年），改稱“辦理軍機處”。設軍機大臣、軍機章京等，均為兼職。乾隆帝時期復設軍機處，從此成為清朝的中樞權力機關，一直到清末。軍機處總攬軍、政大權，成為執政的最高國家機關。完全置於皇帝的直接掌握之下。同時，軍機處在權力上是執政的最高國家機關，而在形式上始終處於臨時機構的地位。
原定製親王不入軍機處。如嘉慶四年（1799年）清仁宗顒琰命成親王入軍機辦事，後因與定製不符，免去。咸豐年初，清文宗奕詝命恭親王奕訢入直，但也鑑於嘉慶朝事，旋亦出直。
辛酉政變後，慈禧太后垂簾聽政，因擔心壓不住眾臣子，便籠絡親王以鞏固自己的統治地位，廷議恭親王為議政王，總理軍機大臣。慈禧也算有手腕，敢大膽改變前朝定製，比嘉慶皇帝利害。後雖奕訢去位，但親貴執政已為慈禧立為定例。從此至清末，親王擔任領班軍機大臣，成為常事。
咸豐在世時，總理大臣權位日重。甲申易樞之後，慈禧太后力圖使兩機構分離，但終究未能完全廢止軍機大臣兼領總理衙門大臣的成法。咸豐死時臨終遺詔肅順等顧命八大臣輔政，兩宮太后加蓋玉璽。。經過辛酉政變兩宮太后垂簾聽政，此時兩宮太后因皇帝年幼不能親政合法的暫行皇權，同時在同治四年罷黜恭親王議政王的頭銜，極大減少了對手中皇權的制衡。
同治親政後太后交出皇權，但多年培植的滿朝文武都是太后的人，誰敢反對。同治病死，慈禧又耍手腕將醇王子載恬過繼給咸豐繼位，再度垂簾聽政重掌皇權，此後直到光緒親政。慈禧在光緒親政後雖交出皇權，但又同時分割了皇權，朝廷一二品官員任命仍須太后懿旨，這一過程直到戊戌政變。
戊戌政變後，慈禧再掌皇。光緒雖然還是皇上，但已名存實亡了，慈禧藉著清理戊戌變法叛黨之名把反對她的人殺的殺貶的貶，朝中上下又都是她的人了，光緒只有當兒皇帝，一切聽從太后的擺佈，雖名曰是垂廉聽政，實則是執政，從後臺走到前臺來了。形成這種原因可歸納以下幾點：
一、愛欣覺羅氏皇族一代不如一代，到了咸豐，同治軟弱，遇事無主張，聽由大臣擺佈，為慈禧的野心擴張畄下了空隙。
二 ，咸豐，同治等貪色多病早亡給慈禧涉獵皇權，培植黨羽有了更多機會，咸豐親信大臣肅順頗有能力，在鞏固咸豐皇位以及發展經濟充實國庫方面出了不少力，但咸豐死後肅順與幾位顧命大臣扶欞從承德返京路上被慈禧與六王爺奕訢半路早安排的人馬逮捕然後斬於北京萊市口，這是慈禧聯合六王爺奕訢的一次政變。
三、戊戌變法光緒信任康有維，而康有為和戰國時的趙括，三國時的馬稷一樣，只會紙上談兵，並不懂得政治鬥爭的策略，光緒被囚軟禁，後成為真正的兒皇上，康有為應承擔主要責任，結果慈禧一切權力凌駕於皇上之上了。
李伯禺
清朝自努爾哈赤起兵到順治皇帝入關，皇位的繼承都不是君主指定的，而是滿族王公權臣相互妥協議定的。大家都知道，康熙晚年九龍奪嫡，直至去世未公開指定繼位人，因此雍正的繼位其合法性，正當性讓人們充滿了質疑。而進一步加強君主集權就是為了保證君王權威神聖不可侵犯，架空內閣，設立軍機處就是為了防止大權旁落，再起蕭牆之禍。
自第二次鴉片戰爭以後，咸豐皇帝病死承德，臨終為了制衡慈禧，設立八大臣輔政，兩宮聽政，慈禧是個權利慾很強，富有謀略的女人，首先她聯合恭親王剷除肅順等八大臣，把權利收回，後來又借中法戰爭打壓恭親王，自此再也沒有人能制約慈禧。至於清朝開國之初設立的後宮不得干政的祖訓，自同治皇帝死後形同虛設，自然可以獨攬一切了
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軍機處:集軍國大事及重大人事按排於己手，超然於老套的六部九卿制度，位不顯而權重，滿清帝國真正的中樞。
軍機處的老闆，只有一個，皇上。
如果有某種機緣，把皇帝"拿下了"，那麼這個人就是軍機處的實際老闆，比如慈禧。
慈禧從倫理上，也是可以做軍機處的合法老闆的，軍機大臣們畏威懷德，喏喏連聲，順理成章也。
有人問了:如果光緒廢去太后，囚之瀛臺，甚至必要時施之砒霜，何如?慈禧還會是軍機處的老闆嗎?
答:可以的，雖然操作起來很難。
問題是光緒沒做到!
當然:
皇上還是"皇上″，一個專事休閒的"皇帝。
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軍機處其實是雍正的一個創新，歷朝都是以兵部會同宰相或丞相來行使管理權，統一由皇帝來定奪，弊病就是管的人多了反倒沒人管了，如果集中到少數人手裡那麼又會出現專權乃至謀反。我們知道滿清設滿漢兩個宰相，漢人深謀遠慮但無實權，滿相有權但韜略不足。這就行成朝堂之上互相推諉扯皮，康熙和雍正都出現了遺漏或扣押重要的軍機文書奏摺。鑑於此雍正成立軍機處，大體類似於中央軍委，所有軍屬以及各地總要文書均交由此，保證了皇帝集權又讓大臣們不敢推諉。
而慈禧時代是舊中國封建王朝的一個怪胎，慈禧既不稱帝又不放權，只做一個幕後操縱者，無論是同治，光緒，還是溥儀，都是他的提線木偶，稍有反抗就地正法。小小皇帝哪敢和經營紫禁城幾十年的慈禧一較長短。只能卑躬屈膝，唯唯諾諾混日子罷了。
謝謝
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設立軍機處和慈禧為什麼能掌權沒有聯繫。
雍正設立軍機處，是為了總攬軍、政大權，成為最高國家機關，軍機處大臣無品級和俸祿，直接聽命於皇帝，說白了就是皇帝的私人班子而已。
而慈禧能掌權幾十年之久，是因為她是同治的親生母親，咸豐死後，同治年幼，她和慈安掌政，慈禧死後，她獨攬朝政。清朝後期皇室人丁單薄，幾乎無子嗣，再加上慈禧自己頗具手段和能力，凌駕在毫無根基和能力的光緒之上，也是很正常的事。
清朝還有後宮不得干政的祖制呢，慈禧不也照樣破了嗎。
