明朝自万历年间起，以东林党为首的官僚士绅阶级势力空前膨胀，朝政的平衡被打破，万历和天启先后都启用了宦官来制约文官，到天启皇帝更是大力重用魏忠贤为首的“阉党”（实为“帝党”），而这触动了东林党及其所代表的东南官僚士绅的利益，随即遭到东林党的猛烈反扑，他们名为攻讦魏忠贤，实为逼宫，最后发展到策动天启的老师孙承宗率领关宁军进逼北京，试图行“清君侧”之事（孙承宗在最后关头退缩了），迫使天启帝彻底与东林党撕破了脸，随后天启即令魏忠贤抓捕“东林七君子”，并将东林党驱逐出朝廷。
但有着东南官僚士绅为后盾的东林党并未甘心，虽然大批被逐出官场，但他们迅速转变方式，建立各种“文社”来对抗皇帝和“阉党”，复社就是其中影响和作用最大。这些文社表面是士子们以文会友、切磋制艺的文社，但实际上是东南官绅用来控制舆论、垄断科举、广收门徒的政治组织，他们不遗余力的利用所掌握的巨大的财力和人脉，来为这些文社造势铺路，并极力帮助文社的士子跻身官场去执掌国家权力，成为他们利益的代言人。
最早的文社是在万历末年在江浙苏州一带产生，但影响力不大，到天启四年（1624年），几个文社在常熟合并成立了“应社”，张溥、朱槐、顾梦麟等著名的东林大师担任主讲，门生遍及各地，开始闻名于全国。崇祯元年（1628年），“几社”在松江成立，其名取自“绝学有再兴之几”，与后来复社的“兴复古学”的宗旨出自一脉。
复社创始者——张溥
次年（1629年），张溥与张采将各文社联合起来，在吴江尹山召开大会，“合诸社委一体”，成立了复社。张溥在会上为复社建立规条，确定课程，号召学者士子要“兴复古学”、“务为有用”，要学习“经世之术”。同时强调士子们不得“非议圣书”、不得“巧言乱政”、不得“干进辱身”。但后来的事态发展，复社的士子们可不仅仅热衷于“巧言乱政”和“干进辱身”，还把“经世之术”完全发展成“党争之术”，至于“务为有用”反倒没有人去理会了。
崇祯三年（1630年），复社士子在应天府乡试中大放异彩，随后在次年的会试中，张溥等人进士及第，周伟元还高中会元。而此届会试主考官是内阁首辅周延儒，复社诸人因而成为周的门生，从此复社开始卷入政斗。
复社名声大振，远近士子都认为复社是科举的“终南捷径”，加入复社科举几乎必中，许多人都为功名利禄所使，结果加入复社的士子人数猛增。崇祯六年（1633年）春，张溥在苏州城外虎丘山上的虎丘寺召开大会，全国各地数千复社成员出席，盛况空前，为几百年来所未曾有过的奇观。此时的张溥与张采早已声名显赫，号称“娄东二张”，而复社也号称“小东林”，张溥甚至狂妄到以再世孔子自居，门下弟子也模仿孔庙架势来侍奉他。而同样此时的复社，也早已染上了浓厚的功利色彩，复社本身也发生了巨大的变化。
因为周延儒的关系，复社卷入了朝廷纷争，周和内阁大学士温体仁互相倾轧，复社理所当然站到了周这边。后来温体仁将周延儒赶下首辅位置取而代之，他为了缓和与复社的关系，希望他的弟弟温育仁加入复社，却被张溥所拒。温育仁恼羞成怒，雇人写《绿牡丹传奇》讥讽复社，复社也不示弱，张溥找到浙江督学黎元宽（此人也是复社中人），查禁此书，还抓捕温育人家仆顶罪，这下彻底与温家撕破脸面，温体仁随后开始打压复社中人。
崇祯十年，温体仁被崇祯罢官，张溥、吴昌时等复社之人开始大力协助周延儒复出，他们一方面在朝野大造舆论，一方面向侯恂、阮大铖等人募集6万多两银子，收买其他高官和内监，使得崇祯以为局面非周延儒不能收拾，于是崇祯十四年，周延儒复出再次任内阁首辅。但周延儒上台之后，继续维护东林党等官僚士绅的利益，对朝廷的内外困局毫无办法，两年后，李自成进京，大明垮台。
而复社在历史上最引人瞩目的却是与“阉党余孽”阮大铖的争斗。阮大铖本系东林党人，却被东林巨首赵南星算计，一怒之下投奔魏忠贤，但他并没有做什么迫害东林人士之事，不久也就辞官回乡去了。崇祯上台，他上书指东林党和“阉党”都是一路货色，结果再次惹怒东林，被列为“阉党逆案”中人，虽然后来他大力襄助周延儒复出，试图与东林和复社和解，但东林党一直视他为东林的叛逆，千方百计阻挠他复出，甚至还把他推荐的马士英也同列入“阉党”。阮大铖性格豪爽，为人风流倜傥，好作戏文，又好与名士来往，一时间居然成了金陵城的知名人士，他的种高调行为，引起了复社君子们的强烈不满，崇祯十年，复社吴应箕、陈贞慧等人广发檄文，联络社员，发起了声讨阮大铖的运动。
崇祯十二年，复社人士利用金陵乡试机会，齐聚在冒辟疆的寓所召开声讨阮大铖的大会，发表《留都防乱公揭》，由东林巨首顾杲和黄宗羲领头签名。《檄文》传播很广，影响甚大，阮大铖不得不躲到金陵城外的牛头山上，不敢再轻易进城。
崇祯十七年，崇祯自缢，明朝灭亡，凤阳总督马士英拥立福王继位，与钱谦益、史可法为首的东林党产生巨大的冲突，为缓和朝局、笼络东林，马士英以礼部尚书为条件，与钱谦益达成和解，钱即上书称：“不复以党论异同”，倡议各党抛弃成见，共赴国难。阮大铖也随后被马士英推荐出山，出任兵部右侍郎。
但东林党并不愿意宏光为帝，因为他们与宏光帝的奶奶——郑贵妃有着几十年的交恶，生怕以后被宏光算老账，而且他们起先为了拥立璐王，对还是福王的宏光极尽污蔑毁损之能事，于是东林党明里暗里继续他们的反宏光大计，明里搞出“伪太子案”、“大悲案”、“童妃案”，暗地里则是勾结左良玉，试图行“清君侧”。搞得主政的马士英身心疲敝，根本无力梳理朝政、整顿军备。阮大铖也是非常恼怒，新仇加旧恨，于是干脆组织人手罗织东林人的罪名，弄出《蝗蝻录》，“蝗”为东林，“蝻”为复社，企图收拾东林党。东林党则以史可法渡江北上督师，企图挖马士英统领的江北四镇的墙脚，另一方面则派侯方域出武昌，策动左良玉叛乱。于是南明不久陷入内战，本就摇摇欲坠的朝廷，顿时崩塌。
不久，满清南侵，江北四镇除黄得功外相继叛降，左良玉部也随即投降，早已首鼠两端的郑芝龙放开长江防线，任清兵渡江。而马士英在东林的老巢金陵根本就无兵可调，只得和宏光帝一起弃城而走，宏光帝出奔芜湖黄得功军，后黄得功被部将杀害，宏光也落入清军之手，后在北京被害。马士英、阮大铖等则护送太后走浙江，投奔璐王，奏请璐王监国。后璐王降清，马士英在太湖一带坚持抗战，直到清顺治三年兵败被俘，被清军“剥皮实草”，而投降满清的东林君子们居然幸灾乐祸的拿马士英的字“瑶草”来取笑马士英之惨烈死状。黄宗羲等人更是造谣说马士英投降满清，后被满清发现有异谋才被杀的。阮大铖则躲避回乡，清军渡钱塘时被清军所获，强迫六十多岁的阮大铖随军南下福建，随后病死在仙霞关，他死后，东林当人也对他的死状极尽污蔑之能事。后来流传甚广的《桃花扇》，就是东林党人弄出来搅乱事实、粉饰自己和打击政敌的东西，其中对马、阮二人更是大加鞭挞。
而南京失陷之时，东林和复社的诸君子们是怎样为国尽忠的呢？在钱谦益和赵之龙的带领下，他们像苍蝇一样密密麻麻跪倒在城门口，等待原来他们眼中的“蛮夷”来当他们的新主子，他们投降的象牙板堆得顶满了城门口。
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