浅忆凡夫俗子
射雕三部曲最后一部《倚天屠龙记》中确实没有了全真教的影子。要回答这个问题我觉得得分两个方面来说。
从小说中来看：
从武侠小说来看，一个门派在江湖中的地位是与这个门派中人武功的高低成正比的。全真教在金庸三部曲的巅峰时期是在《射雕英雄传》里，当时王重阳作为五绝之首，第一次华山论剑的胜利者，可以说已经是当世武林第一人了。其所在的全真教当然也是水涨船高，在江湖中的地位也毋庸置疑。就如同天龙和射雕中有乔峰和洪七公，丐帮才如此势大。到倚天中丐帮没有人能练成降龙十八掌，因此丐帮也没落成二流门派。
再到《神雕侠侣》中，虽然王重阳已经逝去多年，但是其门下全真七子虽不能算超一流高手但是也不算平庸之辈。再加上射雕到神雕时间跨度不算大，王重阳余威还在，瘦死的骆驼比马大，因此在神雕中全真教在江湖上也是有一定地位的。再者为了剧情的需要，全真教与郭靖的源远，与古墓派的恩怨，这都是金庸花大量笔墨在全真教的原因。
到了《倚天屠龙记》中，全真教已经彻底没影了，首先是从射雕到倚天已经跨服百年以上，王重阳已经是传说中的人物，再加上从神雕后半部分来看，全真教也没有出色的后辈人物，再加上全真教跟倚天的剧情八竿子打不着一块去。因此全真教慢慢消失在金庸先生笔下也是情理之中。
从现实中来看：
众所周知，金庸先生的小说绝大多数都是有一定的历史背景的，许多人物也是历史上确有此人。全真教创始人王重阳，以及全真七子，尹志平等都是真实存在过的，甚至老顽童周伯通也是有人物原型的。
小说中全真教也算是保宋抗金抗元的江湖义士，但真实历史中全真教却一直是远宋而亲金，亲元的。王重阳本为宋人，但却考取了金国功名，并在金国为官，仕途不顺后才建立了全真教。掌教三年后，王重阳逝世，全真七子将全真教发扬光大。其中最为出名的就是丘处机，以现在的眼光来看就是一活脱脱的神棍。先被金国皇帝赐了一座太虚观，后又被成吉思汗好吃好喝供了一年。而丘处机过后的的全真教历代掌门无一例外的全部接受过异国政权的封赏。正因为可以说正因为全真教站对了边，才能把全真教发展的那么好。当然全真教也并没有做出什么伤天害理或者荼毒百姓的事。相反丘处机在成吉思汗身边的一年中不停劝诫其少开杀戮这也算功德一件。
再来看《倚天屠龙记》的历史背景是元末明初，连元朝都已经式微，那抱住元朝大腿的全真教当然也不会太出彩。再加上当时的江湖趋势皆是反元，如果小说中再出现全真教，那么必然是一个很尴尬的定位。
综上所叙，射雕三部曲中最后一部全真教不见踪影是非常合理的。
我就是游龙吟
要我猜，被元朝给灭了吧？
《神雕侠侣》里，朝廷记着当年的老神仙丘处机，派使者来册封全真教。恰逢老一辈全真七子闭关，教务交给了尹志平。伊志平坚决不接受朝廷的册封，赵志敬就和朝廷的使者串通了骗尹志平交出掌教之位。尹志平因为小龙女的事心虚，就答应了。
赵志敬拿到掌教，马上接受朝廷册封，结果引起大混乱。全真教几乎当场被金轮法王等人剿灭，多亏小龙女赶到，把金轮法王等人击败。尹志平还为掩护小龙女而死。
然后全真七子出来，惩治了赵志敬，一场风波才算过去。
像这样公然对抗朝廷，而且没什么高手，就凭人多，你还能多的过元军？小龙女也不能次次救他们，早晚被朝廷剿灭。
名利不如闲86380201
这个问题挺有意思。
首先，全真教的巅峰只是在口口相传中，即周伯通和一灯大师等人的回忆里。再具体一点就是郭靖行走江湖时的二十多年以前的第一次华山论剑——全真派的开山祖师王重阳夺得天下第一的名号，也取得了《九阴真经》的处置权。
其次，我们具体来看看全真教在“射雕三部曲”前两部中的表现。
《射雕英雄传》中第一次出现全真教，王重阳已仙逝，他的徒弟全真七子在江湖颇有名气，尤其是长春真人丘处机。不过黄蓉对丘处机的评价是“这些年都活在狗的身上去了”。非常明显，全真七子绝非黄药师、欧阳锋和洪七公等人的对手。
等到了南宋末年的《神雕侠侣》襄阳大战，黄药师点兵时，全真教已非常没落，掌教是李志常：
黄药师点到最后一路西路军，说道：“这一路由全真教教主李志常主军……”“众人听到这里，都觉以声望武功而论，这一路主将远较其余四路（中军郭靖、南军一灯、北军黄蓉、东军黄药师）为弱。”
场面一度非常尴尬！
忽听得将坛下一人大声说道：“黄老邪，你撇下我不理吗？”众人看时，说话的正是老顽童周伯通。
南宋末年，全真教还得靠王重阳师弟周伯通撑起门面……
所以，试想，再过100多年后的元末明初的《倚天屠龙记》，全真教多半已没落，甚至像宋朝、元朝那样灭亡了……两个王朝都已灭亡，更何况一个武林门派？事实上，此时的当年第一大帮丐帮也都没落了，还得依靠杨过小龙女后人来揭破假帮主的真面目……
最后，我个人认为，全真教的衰落和覆亡是有先兆的。王重阳武功天下第一，徒弟全真七子名震江湖，或许便坚信徒弟们坚持修炼本门功夫，假以时日亦可以自立于武林。
不过在我看来王重阳最大的失败是缺乏远见，小看了天下英雄，忽视了武学的一日千里。林朝英去世后，王重阳潜回古墓，看到林朝英创立的专克全真教武功的《玉女心经》后以《九阴真经》破之。此时，王真人本应该深刻意识到这个问题的，但却没有当回事，没有利用好《九阴真经》，也最终致使全真教逐渐泯然众人矣……重阳真人过于自信了，可惜可叹！
武侠评论员
这个问题我觉得应该从两方面来解答，一，从全真教本身的发展史来看，王重阳→全真七子→尹志平，丘处机之流，标准的一代比一代弱。王重阳活着的时候，绝逼是连东邪西毒南帝北丐都要逊色一筹的江湖最顶尖的人物，可全真七子呢？在《射雕英雄传》里面还算是超级高手，但给人的感觉是与东邪西毒南帝北丐中神通几位江湖大佬一比，已是相差了许多，到了《神雕侠侣》里面，别说东邪西毒南帝北丐中神通几位江湖特级大佬一较高下了，根本就是几个人见人菜的软脚蟹，金老先生没把他们几个写死，已经是很给面子了。说完全真七子，咱们再来说说全真七子的徒弟，全真教人数是不少，但除了周伯通全真七子以外，最牛逼的也就赵志敬尹志平这两号了，但这两人是什么货色不用我说大家也清楚的很，可以说在《神雕侠侣》里面，全真七子是菜的抠脚的话，赵志敬尹志平之流已经是菜的没得抠了，你说找这样的发展趋势，全真教还能活到《倚天屠龙记》里面吗？
二，到了《倚天屠龙记》里面，根据故事的发展情节，根本就不需要全真教的出现，所以自然就没有全真教了。
螃蟹113154726
北是全真教。南是武当
冰意而洄
全真教在重阳宫大战后就没落了。被一把火烧得干干净净，后来郝大通创立华山派，所以笑傲江湖里华山派的宗教信仰是道教。
陈骚炫
看看为什么道士别号是全真你就明白了。
白起106_54043
射雕后到倚天中间空白了四五十年吧，也就是张三丰打天下创派之间这段时间，应该是在这段时间里销声匿迹的，金老先生没有具体交代，我觉得应该是人才凋零，一代不如一代，慢慢就被其他门派埋没了。
TodeZehng-刻岁
退隐江湖了？
晟曦fergkf
被忽必烈的国师八思巴灭了
