西晋王朝灭亡后，公元317年，镇守建康（今南京）的司马睿在江南重建晋室，史称东晋；“十六国”史称源出于北魏崔鸿所撰的《十六国春秋》：“五凉、四燕、三秦、二赵，并成、夏为十六”，从公元304年匈奴贵族刘渊建立汉国，316年灭掉西晋，到439年鲜卑拓跋部统一北方，这100多年里，北方各民族相互争战，先后建立了前赵（匈奴）、后赵（羯）、前燕（鲜卑）、前凉（汉）、前秦（氐）、后秦（羌）、后燕（鲜卑）、西秦（鲜卑）、后凉（氐）、南凉（鲜卑）、西凉（汉）、北凉（卢水胡）、南燕（鲜卑）、北燕（汉）、夏（匈奴）、成汉（巴氐）等政权，总称十六国。
东晋（317年－420年）琅琊王司马睿受到王氏和朝中勋臣的一致拥戴，317年三月在建业承制改元，即晋王位，改建业为建康，从开国皇帝司马睿到司马德文共传11帝，共154年，直到北府兵将领刘裕起兵镇压了农民军，并通过北伐树立威望，最终取代东晋。
晋元帝司马睿（276-322），为东晋的开国皇帝，字景文，河内温县人。司马懿曾孙，司马觐之子。在位六年。15岁嗣琅琊王位。八王之乱后期依附于东海王司马越，越以其为平东将军、监徐州诸军事，留守下邳。汉主刘渊起兵后，中原局势恶化，司马睿用王导之谋，请移镇建邺（今江苏南京）。朝廷遂于永嘉元年命为安东将军、都督扬州诸军事，九月南下。他在王导、王敦辅助下，优待当地士族，压平叛乱，惨淡经营，使得在江南立足。建兴四年（316）。汉刘曜陷长安，俘愍帝。西晋王。次年三月，司马睿即晋王位，始建国，改元建武。他广辟掾属以为辅佐，有“百六橼”之称。六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段丕婵、刘涵等汉、胡180人上书劝进。司马睿于318年即皇帝位，改元太兴，据有长江中下游以及淮河、珠江流域地区。在诸国混战期间，前秦苻坚一度统一华北，但在南征东晋时，于淝水之战惨败。其后各族于关东及空虚的关中叛变，加上东晋北伐，前秦全面崩溃，北部再度混乱。北魏立国后，经过拓跋圭、拓跋嗣及拓跋焘的经营，最后于439年统一华北，进入南北朝时期。
东晋初年，政治上由王导主持，军事上依靠王敦，时人谓之“王与马共天下”。司马睿对大权旁落不满，引用刘魁、刁协戴渊等心腹，企图排斥王氏权势。素有野心的王敦于永昌元年（322），以诛刘魁为名，在武昌起兵，直扑石头城（即健康）。王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，杀戴渊等人，刘魁投奔石勒。同年闰十一月，晋元帝忧愤病逝。
公元383年，前秦南下，东晋面临空前威胁，在宰相谢安的运筹下，谢石、谢玄率北府兵大败前秦军队，取得了淝水之战的决定性胜利。之后立即使其弟进军北方，收复了徐、兖、青、司、豫、梁六州，取得了东晋北伐历史上的第一次重大胜利。此后，南方由于外乱威胁解除而爆发内战，孙恩、卢循起兵。桓玄在内战中获胜，一度篡晋。北府兵将领刘裕起兵镇压了农民军，并通过北伐树立威望，最终取代东晋。
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