2006年，浙江省文物考古研究所在瓶窑葡萄畈遗址高地西侧挖掘宅外迁安置点的基建项目时，发现了一条良渚时期的南北向河沟。考古人员非常兴奋，继续深入挖掘。在4米多深的地方，铲头碰到了石块，换个地方再挖，在差不多深度的地方再次碰到了石块。随着泥土被逐渐挖去，一大片石块露出来。经局部解剖发现，这一高地是由人工堆筑而成，宽60多米，深近4米。
另外，考古人员还发现这块土地的土质不同于良渚一带的灰黑色淤泥，而是黄土，这说明该块土地是人工夯筑而成，并且是从外面搬运过来的。在黄土下面，铺着一层比较圆滑的石块。后来的挖掘证明，该地就是良渚古城的西城墙，稻田下的那条沟渠是护城河。
之后，剩余的三面城墙依次被发现。考古专家论证得出这是良渚遗址。
据史料记载，良渚文化主要分布在长江下游、太湖流域，东至东海，西北至江苏镇江、常州一代，甚至山东南部和山西南部都曾受到过它的影响。良渚势力如此之大，占据了半个中国，如果没有较高的经济文化水平，是绝不可能做到的。
该古城面积290万平方米，与北京顾和园差不多大，其城墙比西安城墙还宽2－4倍。在目前发现的代表中国早期文明的遗址中，良渚遗址的规模最大，水平最高，是证实中华五千年文明史的最具规模和水平的地区之一，被誉为“中华第一城”。
有的考古学家认为良渚古城其实就是“良渚古国”。良渚古城的发现，使一些学者认为中国朝代的断代应该从此改写一一把现在认为的最早朝代夏改为良渚。
不仅仅是这座面积巨大的古城震惊了世界，良清出土的玉器也可谓是“惊天地泣鬼神”。有学者甚至认为“中华文明的曙光是从良渚升起的”，提出了“玉器时代”一说。
那么，良渚文化究竟是如何消失的呢？
目前主要有四种说法。
第一种说法：洪涝说。
有专家认为在良渚文化晚期，太湖地区气候由寒冷变得温暖湿润，平均气温比现在高出2℃，年降水量多出200－300毫米，加之当时的海平面比之前高出2米左右，留于内陆的水宣泄不通，造成很大的水患，尤其是长江三角洲地区，顷刻被洪水淹没。以农业为主要生产活动的良渚人无法再继续维持生活，只好被迫举行大规模的迁徙活动，最终在流亡的过程中被其他地区的民族消灭或同化。
第二种说法：战争说。
良渚社会时期，在黄河、长江流域，有不少类似良渚的部落小国。随着经济的发展，各国的政治也慢慢向奴隶制靠近，逐渐产生了集王权、军权、神权于一体的统治者。他们不满足于已有的土地和财高，开始扩大地盘和人口，同邻周部落古国之间发生激烈的掠夺性战争。而盛极必衰的“良清国”的首领日益奢靡，造成激烈的社会矛盾，国家内乱时有发生，其他部落古国趁此击败良清。内忧外患的社会状况最终导致良渚文化走向了消亡。
第三种说法：瘟疫说。
有史学家认为，虽然地震火山爆发、饥荒、战争、洪水等灾害都会造成悲剧，但却没有哪一种能像瘟疫那样慘烈。由此推断，良渚文化末期，当洪水退去之后，太湖流域可能出现某种疫情，人们对此束手无策，只能背井离乡。然而，躲避瘟疫的良渚人无论迁徙远近，他们都会在某些方面发挥良清文化的传承作用，这也是良渚文化之所以传布广阔的原因之一。
第四种说法：海侵说。
良清文明所处是属于湿气候期，地球气温升高，冰川融化，海平面上升，太湖平原除了少数高地和丘陵外全部沦入汪洋之中，出现了继前4300年之后最高的海平面，比现今海平面高出6米左右，被称为钟家堍海侵。正是这次海侵使良清文化毁于一旦。如今，在大量良渚文化遗址的文化层上，普遍存在着一层厚约0．5米以上的黑色水相沉积物，这是长期处于浅海底和湖沼底部的证据。这种说法如今被越来越多的人所接受。
当然，对于良渚文明消失的原因，至今还未有定论。
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