正德十六年三月，明武宗駕崩。由於明武宗沒有孩子，張太后和內閣首府楊廷和按照《皇明祖訓》商議之後，就將正德皇帝的堂弟、興王朱厚熜為皇位繼承人，這就是嘉靖皇帝。
嘉靖皇帝登基後，就想要給自己的生父追尊皇帝的封號，而當時的大臣們都不贊同，可是嘉靖皇帝一直堅持，他就採取了殺人，或者貶官的手段。此後的很長一段時間內，都沒有人提及此事。但是，這一切都因為他的出現改變了。
嘉靖四十五年二月，一個叫海瑞的六品官員，給嘉靖皇帝上了一道疏，將皇上大罵了一頓。當時的官員都為海瑞感到可惜，如此清廉的官員就這樣死了。但是，意外出現了。嘉靖皇帝雖說非常生氣，但是並沒有殺掉海瑞，這一切都比較反常，現在也成為了人們好奇的地方。
嘉靖不殺海瑞，眼下比較流行的說法，大致有二。
一是海瑞為官清廉。我們都知道當時的海瑞官聲非常好，也為當地的百姓謀了很大的福利。其中最有名的就是海瑞殺了徐瑛。徐瑛是何許人也？他的爸爸是徐階，是非常厲害的官二代。
徐階的職務是明朝的宰相，可謂是一人之下萬人之上。但是，這個徐瑛霸佔民田，強佔民女趙小蘭。趙小蘭的母親就去告狀，當時的縣令不敢得罪徐瑛，就把趙小蘭的爺爺當場打死了。後來，海瑞知道了此事，查明瞭真相，就判處徐瑛死罪。
徐階知道了此事後，就轉告了海瑞：“你如果敢殺我兒子，我敢保證你的職業生涯就結束了。”但是，海瑞仍舊處死了徐瑛。如此受百姓愛戴的官員，嘉靖如果把他處死了，對他的名聲肯定不好。
二是欣賞海瑞。嘉靖認為海瑞在自己死後的價值會很大。嘉靖皇帝深知明朝制度的弊端，並且他還知道自己的兒子不爭氣，他必須給自己的兒子留下一個人，這樣他兒子進行改革的時候可以重用海瑞，他們朱家的天下也才能得到保障。
以上的這些答案不足以完全說明問題。畢竟，嘉靖皇帝的性格脾氣，向來獨斷專行。他已經混成了當時中國最厲害的人物，想殺掉海瑞豈不是易如反掌。他完全可以保證自己名聲的前提下，輕鬆的解決掉海瑞。另外，明朝的牛人也很多，海瑞也只是一個六品的主事，也完全沒必要留給自己的兒子。顯然，嘉靖不殺海瑞，定有其他原因。
我們仔細看看海瑞的奏疏也許就能看出一點貓膩。《明史海瑞傳》記載原文說：“昔漢文帝賢主也，賈誼猶痛哭流涕而言”。這篇奏疏很巧妙。開篇將嘉靖皇帝比為漢文帝，海瑞自比賈誼。我們都知道，漢朝有“文景之治”。文帝的時候有一位重要輔臣，就是賈誼。景帝的時候也有一位重要的輔臣，就是晁錯。但是兩個人的結局是完全不同的。
賈誼是因為憂傷而死，而那個晁錯，是被景帝殺掉的。賈誼曾寫過《過秦論》一直都受漢文帝賞識。於是海瑞自比賈誼，可見是有心計的。然後海瑞筆鋒一轉，給當今天子下了結論：“陛下天資英斷，過漢文遠甚”。可見，海瑞的奏疏在開始的時候，都是給嘉靖戴高帽子，嘉靖看完開頭肯定是高興的。
既然嘉靖皇帝英明，甚至比漢文帝還要賢明，為什麼世道卻不及漢文帝的一半呢？於是，他提出問題的關鍵是臣子們不敢正言提醒，背後卻怨聲載道。所以這一切的問題都是我們這些當大臣的問題，和陛下沒有任何關係。
海瑞還說：“陛下如此的聖明，卻碰到一群如此平庸的屬下，真是太為難你了。”因此，我們可以看出，海瑞的罵貼實質是：皇上是無辜的，一切罪責都是屬下的問題。特別是奏疏的結尾，海瑞又將嘉靖皇帝與“堯、舜、禹、湯、文、武”並列，只要“陛下一振作間而已”，則“天下何憂不治”？話說得也太大了。依嘉靖之政跡，幾無圈點之處。海瑞難道就不知道嗎？顯然不是這樣。海瑞明顯的是在給自己留了後來。可見，
海瑞是有大智慧的，他不像那些愣頭青那樣，拿起筆就開始罵皇上，什麼後果都不想。上疏之事，讓海瑞聞名天下，不過他並沒有因為此事官運亨通。 萬曆十五年，海瑞因病死於任上。海瑞死後葬於海南島瓊山，墓前正門石碑坊，有“粵東正氣”四個大字。
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