1898年9月21日，京城一片大乱，提督九门步军统领衙门奉皇太后懿旨，以康有为结党营私，莠言乱政，全城搜捕，并查抄张荫桓家。此时，康有为已经逃往天津，只搜捕到了康有为的弟弟康广仁，并抄出大量的信件，按名点查，其中涉及到地方封疆大吏和京城军机处大员。九门提督没有搜到康有为并没死心，派兵数次搜捕了与康有为交往过密的张荫桓和徐致靖家，但一无所获。知道康早已逃亡天津，遂立即派出士兵到天津追捕康有为。
慈禧
9月22日，慈禧又命发电旨到北洋及山海、东海、江海缉拿康有为。当天，刑部主事唐煊在日记中写道：“是日闻康有为已在天津获住，将解到。”当时京城传出康有为在天津被捕的消息。9月23日（八月初八）12点半，慈禧御驾仁寿殿，光绪皇帝率领王公大臣及四品卿以上官员朝服行礼。因为今天是慈禧皇太后正式训政，光绪皇帝靠边站的日子。9月24日，步军统领衙门奉旨差拿御史杨深秀、四品卿衔军机章京杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭及户部侍郎张荫桓，均交刑部治罪。9月25日，派到天津追捕康有为的官员发来电报，因为康有为被英国人保护，不敢随意拿获。而当天光绪皇帝因为自己的理想破灭，身心备受打击，四个月的病彻底爆发，差点驾崩。慈禧当天让太医呈上光绪脉案，到底她意图是什么也只有她自己知道。但是，当天慈禧还是下旨让中外保荐好医生，为光绪治病。
谭嗣同
9月26日，慈禧让军机大臣会同刑部都察院对所捕之人审讯，然而审讯只定了张荫桓看管。审讯却对其他人定何罪拿不定主意。9月27日，慈禧可能有些不耐烦了，特命添派御前大臣会审，并限定三天内拿出结果具奏。
9月28日，慈禧命荣禄在军机大臣上行走，裕禄补授荣禄空下的直隶总督兼北洋大臣。也就在这一天，慈禧忽然命令将杨深秀、杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭、康广仁六人全部处死。因为处斩的命令吓得太突然，以至于连当时缮旨的军机大臣廖寿恒等人都懵了。廖寿恒在当天日记中记载：“余初未之闻，乃告领班缮旨，大骇，以语夔老（王文韶），错愕不胜，商之礼（礼亲王世铎）、刚（刚毅）、裕（裕禄），皆谓无术挽回，而杨、林、刘冤矣。呆瞪气塞者半晌，刑之滥，罚之不公，至此而极。”
康有为
当时作为军机大臣的廖寿恒经历了那惊魂的一刻。突然听到六人将被斩，廖寿恒还想联合王公大臣去向慈禧求情，没有想到别人都认为已经无可挽回。廖寿恒不敢想象，前两天还在审讯，连结果都没出，还不知定什么罪，今天却突然要斩六人。这让廖寿恒错愕不已，懵了半晌，痛恨滥施刑罚，判决不公。此时，军机处正在忙于缮写斩首六人的谕旨，而刑部也炸开了锅。
康广仁
担任刑部主事的唐煊也目睹了当天发生的一切。他看到满汉提调上了刑部大堂，举止惊慌，并让回事的诸司全部退下，并厉声唤堂书吏赶快出来。身为刑部主事的唐煊也是懵圈，以前从没出现过这样慌慌张的局面。他在日记中写道：“予回司白同人讥笑，秋谳诸君有何事而致做如是举措。”当时唐煊也是啥事不知，还和同事笑谈，这次秋谳为何如此慌慌张张，以前没有这样的阵势。这时，唐煊又听到门外喧闹不已，百姓往刑部衙门拥挤，皂役阻拦，并大声说：“汝等候差事出来再看也。”这时，军机处的处决谕旨传到刑部衙门。张、徐两人另侯旨，杨深秀、杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭、康广仁六人即行处斩。有人说慈禧命刽子手用钝刀斩首纯属无稽之谈。
杨深秀
刚毅为监斩大臣，九门提督崇礼，早已调京旗各营健卒，为预防不测，遍布正阳门和宣武门巡逻。当时所有出现不测的地方派重兵把守之后，刑部传齐五城司坊官，预备了囚车，刽子手，青衣各差。满汉提调分班到南北所监视押出六人。其中南所押着谭嗣同和杨深秀、杨锐，北所押着刘光第、林旭、康广仁。北所三人先被押出，等候南所三人，一同押到提牢厅，跪听宣读上谕，之后青衣差官将六人带赴法场。
林旭
当时九门提督崇礼之所以先把各个路口布置重兵把守，尤其封锁正阳门和宣武门。因为当时京城中有传言，康有为党徒大约四百多人将在宣武门或正阳门处劫法场。当时朝中与康有为有联系的二三品大员尤其汉官员相当之多。有的甚至拜康有为为师，倡导保中国不保大清之说。慈禧之所以忽然下达斩首六君子的命令，就是因为怕这些官员会节外生枝。当时有四百人意欲劫法场并不是不可能，所以负责京防的九门提督崇礼相当谨慎，生怕出现乱子。最后，劫法场的人并没有出现，但他们并没有放弃反抗慈禧。为了抹黑慈禧，他们很快让《纽约时报》报出慈禧与荣禄有两个孩子，之后又与重臣李鸿章结为夫妻。两年后，慈禧想废光绪，他们又宣称慈禧要废皇帝，必须要先和在海外的康有为商量。
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