1979年，克格勃策劃並實施了蘇軍入侵阿富汗的戰爭。
當時，克格勃為了麻痺阿富汗當局，持續散佈假信息，用以穩住當時阿富汗最高執政者阿明（也是靠政變，處決了昔日政治盟友，極端親蘇的塔基而上臺的政治人物，和蘇聯政治上相左）。克格勃向最高領導層彙報，欺騙活動大獲成功，阿明已經認為蘇軍的到來，僅僅是為他提供“友誼援助”以鎮壓反社會主義陣營的叛亂。
但其實，克格勃的彙報並未完全真實，根據以後的檔案瞭解到，駐喀布爾情報站的分析其實更為貼近當時的情況。
蘇軍在阿富汗國土上
1979年12月26日，前蘇軍的坦克碾壓國境線，揚起滾滾沙塵，行進在阿富汗國土上之時，克格勃駐喀布爾情報站已經發覺了異向，立刻向莫斯科總部發出警報，指出在英語版《喀布爾時報》上刊出一篇標題為《人民的意志是決定性因素》的社論。
當然，這篇文章沒有直接提及前蘇軍的大舉入侵，但在文章結尾用了一句口號“打倒侵略者！”
克格勃駐喀布爾情報站據此分析得出：“由於阿富汗報紙均受到嚴格審查，這篇文章未經阿明批准是不能刊出的。選擇發表這篇文章的時間並非巧合。它刊出在英語版日報上，而英語在阿富汗很少人能懂。很清楚此文目的在於使人民中間親西方國家的群眾起來反對蘇聯軍隊，並使西方大眾新聞媒介對蘇聯干涉阿富汗作出緊急抗議。一般而言，這篇文章反映了阿明及其追隨者對蘇聯增兵阿富汗所持的模稜兩可又謹慎小心的態度。”
蘇軍特戰人員
1979年12月27日，入侵的第二天。由數天前埋藏在首都中央廣場一棵樹底下的爆炸裝置的起爆作為行動信號。入侵計劃中重中之重的代表“斬首”的“瑪瑙”行動，克格勃“阿爾法”和“澤尼特”特種部隊人員，計約700名，身著阿富汗軍服、乘坐帶有阿富汗牌照的軍車（明顯違法了戰爭法），開始向阿明的總統府展開了攻擊。
攻擊發起後，克格勃特種部隊遭到了出乎預料的頑強反抗，阿明衛隊並不如克格勃預案中設想的那樣軟弱。“阿爾法”和“澤尼特”作戰人員在付出了百餘人死亡的代價後，才佔領了總統府，並按照預案中的目標要求，處死了剛坐上寶座不久的阿富汗最高領導人哈菲佐拉.阿明。
在阿富汗戰爭期間，正在作戰的蘇軍人員
克格勃此次武裝攻擊總統府的特種作戰死亡人員中，便有這支攻擊部隊的最高指揮者格里戈裡.博亞里諾夫上校，他還是克格勃八處巴拉什卡特別行動訓練學校校長。
克格勃慣例，在秘密軍事行動中死亡的軍官和執行特種任務時殉職（查實後）的克格軍官均須以黑框照片在克格勃總部紀念牆上展出以示悼念。
但在入侵阿富汗軍事行動中，由於“瑪瑙”行動中陣亡的人數太多，並涉及到悍然干涉他國主權，置國際準則於不顧等原因，安德羅波夫下令概不展示克格勃陣亡人員照片。
前駐阿富汗蘇軍巡邏人員
對那些活著的，參加了行動的克格勃軍官，依然按其在“瑪瑙”行動中的表現給予了獎勵。
克格勃S局局長瓦季姆.瓦西裡耶維奇.基爾皮琴科由少將晉升為中將，其後不久又撰升為克格勃第一總局第一副局長。
“瑪瑙”行動前敵直接指揮者，克格勃第一總局八處副處長A.I.拉扎連科由上校晉升為少將。
克格勃第一總局八處的列昂尼德.亞歷山德羅維奇.科茲洛夫被授予蘇聯英雄稱號。
克格勃駐喀布爾情報站（特工支援處）負責人伊斯梅爾.穆爾丘扎.奧格雷.阿利耶夫和攻打總統府的若干戰士被授以紅星勳章。
八十年代中期，駐紮在阿富汗的蘇軍坦克部隊
蘇軍隊端掉了阿明政府後，克格勃的老間諜、政客，阿富汗人，也是流亡在外的老牌政客巴勃克.卡爾邁勒被莫斯科選定來接替阿明。
他向在喀布爾的克格勃高級官員保證，並請求他們轉達新阿富汗政府向安德羅波夫感謝與問候：他作為總統，將堅定不移地聽從前蘇聯（克格勃）的指揮。
阿富汗政客巴勃拉克.卡爾邁勒
他還要求將“最嚴厲地懲處”阿明餘黨和所有反抗蘇軍的人。卡爾邁勒對克格勃和其他特種部隊在攻打總統府時所表現出的英雄主義作了令人作嘔的奉承，他曾這樣獻媚所道：“一旦我們有了自己的勳章，我們願意把它們贈予參與此次戰鬥的所有蘇聯軍人和克格勒人員。我們希望蘇聯政府對這些同志授予勳章。”一個活脫脫的阿富汗版“汪精衛”。
漫長的前蘇聯與阿富汗抵抗運動的對峙從此拉開了序幕。在長達十年的戰爭時間裡，強大、蠻橫，武備精良的前蘇聯紅軍卻對武器落後，神出鬼沒的阿富汗游擊隊一籌莫展。
1980年1月14日，由伊朗支持的阿富汗游擊隊逐步成軍
1982年，在克格勃第一總局八處巴拉什卡特別行動訓練學校內專設了“阿富汗訓練中心”，由前駐古巴哈瓦那幫助古巴建立特工系統（武裝力量）的，對古巴非正規戰爭具有豐富經驗克格勃軍官V.I.基科特負責。
八處還對巴以衝突中雙方的對抗方法的方法進行了深人地研究。巴拉什卡特別學校在廣泛使用特種部隊和恐嚇人民的方法方面作出了重要的、不可估量的貢獻。
駐阿富汗蘇軍士兵與軍犬
如，恐嚇老百姓方面所使用的方法中有燃燒彈、凝固汽油彈、毒氣、從空中布撒的小炸雷以及能殘害兒童從而使其父母沮喪的玩具炸彈等。蘇軍隊的武力殖民和克格勃恐怖活動，把幾乎四分之一的阿富汗人趕進了在巴JS坦的難民營，但他們從來沒有贏得過這場戰爭。
1980年5月，白沙瓦附近逃難路上的阿富汗平民
在整個阿富汗戰爭中，蘇耗資甚巨，整個國民經濟為了支撐這場戰爭，不斷的滑坡。
1988年5月25日，前蘇軍總政Z部主任利濟切夫宣佈：在阿富汗戰爭時期，蘇軍死亡12210人，傷35478人，失蹤311人。
漫長的阿富汗戰爭成了前蘇日夜不停的“流血的傷口”，更成為了它最後崩塌的前奏曲。
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