1995年7月29日，美军首次将5架“捕食者”无人机部署在阿尔巴尼亚境内的一个美国空军基地，1996年3月又在匈牙利作进一步的部署。在北约空军1995年8月30日至9月15日对波黑塞族的空袭行动中，“捕食者”无人机是实施立体侦察的主要装备，为联合国部队指挥部及时提供了大量情报。
“捕食者”-A无人机通过机载合成孔径雷达、光电和红外传感器能透过云雾和伪装昼夜探测和拍摄到塞族军队各种目标的图像，并引导北约飞机迅速找到目标，实施空中打击。在波黑的行动中，“捕食者”无人机共空中值勤120天，完成任务128项，飞行时间长达850小时。
1999年科索沃战争爆发后，5架“捕食者”无人机投入使用，同样扮演了侦察兵的角色。该机先进的探测设备能在3000米高空对各种地面目标实施准确、及时的定位，并能参照GPS导航系统所提供的坐标将观察到的目标自动标显在数据地图的网格坐标上。
在执行任务时，空袭的北约战机对“捕食者”无人机提供的目标进行轰炸后，再由后者进行目标毁伤评估。如果打击效果不佳，则由“捕食者”无人机引导对目标再次进行打击。在战争期间，“捕食者”是唯一能提供战区范围内实时图像情报的无人机。
在南联盟气候多变的情况下，该机在战区上空进行昼夜不停的侦察和监视，倍受北约军方重视。但是，在波黑和科索沃的行动中一共损失了4架“捕食者”无人机。这也使得美国军方对这种当初认为是“最理想的战场侦察与监视装备”是否存在不足进行反思。
通过实战的检验，美军开始总结“捕食者”无人机在实战中所暴露出来的问题。由于当时军方太心急，派往战场上的“捕食者”无人机中，有一部分还没来得及装合成孔径雷达，仅配备了光电/红外设备和激光测距机等光学器材。当受到巴尔干半岛复杂气象条件影响时，为了便于观测目标而不得不把飞行高度降至云层以下。
而该机的外形尺寸在当时是所有无人侦察机中最大的，其飞行速度也较慢，降到中低空时被敌方发现的概率就会大大增加。实战中，有两架“捕食者”无人机甚至被塞族军队的高射炮所击落，而且机上自动引爆装置失灵，各种先进传感器等设备也随之全部落入塞族军队手中。
另外，“捕食者”无人机虽然具有很强的战场侦察与实时监视能力，很大程度上解决了正在发展中的“一体化网络作战”对战场态势感知能力的要求。但是，该机仍存在发现并确认目标后火力不能迅速到位的问题，很多战机因此怡误。
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