唐朝時，因寺內保存著吳道子在這裡畫的觀音像，又稱“觀音寺"。唐懿宗鹹通年間(860年)和僖宗乾符年間(874年)，先後在寺內建立石刻陀羅尼經幢。宋初有高僧惠果入寺住持，終日高臥，時人呼為“臥龍和尚”。宋太宗時(時76—997年)更寺名為“臥龍寺”。
1957年7月31日被西安市人民政府列為陝西省第一批重點文物保護單位。
1900年，八國聯軍入侵北京，慈禧太后與光緒皇帝避難西安，給臥龍寺帶來新的繁榮。慈禧太后施銀千兩重修殿宇，並建立石牌坊一座，宏大精美。慈禧還親書“慈雲悲曰”、“三乘迭耀”匾額賜寺，併為山門書額
“敕建十方臥龍禪林”。當時西藏、蒙古的喇嘛、王公們千里迢迢送來各類真品、佛像，其中佛像均詔令送臥龍寺供養，所以現在寺內小型怫像甚多。
臥龍寺歷史上以禪宗道場為主，但兼傳播其他宗派的經典、教義，被稱作“各宗並弘道場”。如1922年，妙闊法師在這裡講解《唯識三十八頌》、《楞嚴經》等，1931年太虛法師開講《金剛經》，1932年慈雲法師講《圓覺經》，1942年和1949年後，朗照法師任住侍，歷講《楞嚴經》、《法華經》等。
臥龍寺內碑石林立，文物薈萃。著名碑石有佛足跡碑、唐吳道子畫觀音像碑、明洪武十五年臥龍歷史碑、明英宗正統十年(1445年)頒賜藏經碑、明武宗正德十六年(1521年)重修碑、清咸豐二年（1852年）重興十行規
約碑、同治七年（l868年）臥龍歷史碑、清光緒二十七年(1901年)太后捐銀兩重修碑、民國三十五年(1946年)傳戒碑等。
這些石碑，碑文清晰，是研究唐朝及明清時期臥龍寺的重要史料，同時也具有繪畫、書法價值。另有唐鹹通及乾符年間石刻陀羅尼經幢和元朝石碑，字跡模糊不清。
自元至清，臥龍寺多次重修。現在寺內保存下來的元、明、清石碑多通，記述了這段歷史。如明洪武十年（1377年）曾立石碑，現碑仍存大雄寶殿東邊，“碑石顯文如花朵，故人稱開花碑”。明正德
十六年（1521年），重修殿宇。清咸豐二年(l852年)，重興為十方叢林，立碑記之。同治七年(l868年)，重修殿堂，立“臥龍歷史碑”。
佛足跡碑的佛足刻在《明臥龍禪寺碑》的陰面，碑正面銘文記述著臥龍寺的沿革。碑陰佛足跡碑在雙足大指上均刻蓮花，其餘四指皆刻卍字，足掌刻千幅輪、三鑽、寶瓶、雙魚、寶劍等文，在圖下有銘文曰:“大唐貞觀中，有玄奘法師親往西域求法，親獲瞻禮圖歸，進呈太宗皇帝，奉敕刻石供奉以廣傳焉。
臥龍寺文物薈萃，碑石林立，1957年被公佈為陝西省重點文物保護單位計有：
1. 宋鹹平六年鑄造的銅質幽冥鍾，重3000斤。造型精美，音質洪亮，亦稱無眼鍾。現複製懸於鐘樓。
2. 宋磧砂版大藏經，計1532部，6362卷，刻印極其精美。民國二十四年，由朱子橋、葉恭綽等居士倡議，在上海影印多部，為慎重保護起見，轉歸陝西省圖書館收藏。影印之大藏經，長安興教寺、戶縣草堂寺均有保存。
3. 明洪武二十年丁卯佛足跡碑，原碑已殘，現又複製豎立院中。
4. 唐吳道子畫觀音像石碑，原碑在碑林，現已複製豎立院中。
5．唐乾封三年、鹹通十二年陀羅尼經石幢兩柱，現立於後院。
6. 梵文唵字碑，宋神宗時立，碑雖不存，而《金石萃編》有記載。已抄全文附後作參考。
7．開花碑，明英宗正統十年聖旨敕賜藏經文，由於石料滿布花紋因名開花碑。
8. 明萬曆三十九年寺僧廣梅重修碑。
9. 清道光十年重修臥龍寺碑，此碑是賀萬年、賀萬選二善士發心重修之記。
10．同治七年重修臥龍寺碑。
11．同治十三年建立臥龍寺清規碑。
12．光緒二十七年慈禧太后賜銀千兩重修臥龍寺碑，慈禧太后賜銀御旨碑。
13．民國三十三年臥龍寺傳戒碑。
14. 太極石，寬三尺，高二尺，自然形成的太極圖模型，甚為稀奇。
15. 古錢石，二尺見方的青石，有自然形成的許多古錢的圖樣。
16. 有新請的中華大藏經，日本大正藏，香港印大藏經各一部。
17. 原有的明藏經、貝葉經，藏貢大香爐、藤胎佛像、銅鑄韋馱像均毀不存。
附《金石萃編》所載：唵字碑，石高2．67尺，廣1．44尺。上梵書唵字，下贊七行，每行十字，正書，在咸寧縣臥龍寺。鎮威軍僧顯俊書。
義淨三藏於西天取得此梵書唵字，所在之處一切鬼神見聞者無不驚怖。
2020年3月5日記
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