清同治二年即1863年，甘肅河州（今臨夏縣）人阿訇馬佔鰲會合馬悟真等回民首領，舉行了反清的河州暴動，攻破河州，勢力在甘肅迅速擴大。
河州白藏鄉人馬海晏也參加了這場暴動。馬海晏早年貧窮，靠在河州、蘭州之間“馱腳”（畜力運輸）為生，尚武，廣交遊。參加河州起義後，馬海晏作戰勇敢，不久即成為馬佔鰲的左右手。1872年，左宗棠率湘軍入甘肅鎮壓，在太子寺戰役中，馬佔鰲先誘敵深入，後以“黑虎掏心”戰術，一舉打敗了清軍三十個營。在太子寺戰役之後，起義群眾要求乘勝攻取清軍統帥左宗棠設在安定（今定西縣）的大營時，馬佔鰲卻主張投降清軍，說：“打了勝仗，比打敗了投降好得多。”馬海晏亦力贊其議，但很多起義群眾表示反對。
這時河州韓家集陽窪山村人馬千齡出來說話，支持馬佔鰲降清。馬佔鰲是馬千齡的同族侄女婿，看到有馬海晏及馬千齡等支持，便決計降清受撫。左宗棠改編馬佔鰲部為馬隊三旗，委任馬佔鰲為三旗督幫，以馬佔鰲之子馬安良（原名馬七五，左宗棠賜名“安良”）為中旗正旗官，馬海晏為中旗副旗官。
清廷又授馬安良、馬海晏七品軍功頂戴。馬千齡因勸降有功，被左宗棠稱讚為“良回”，也受到重賞。就這樣，馬佔鰲、馬海晏、馬千齡等用起義人民的鮮血給自己換取了“紅頂子”和清廷的賞賜，從此成為了清廷的鷹犬，這也是“河州三馬”的子孫們得以發跡的因由。馬佔鰲降清以後，過了十餘年即1886年死去，其職務由兒子馬安良繼任。馬海晏有兩個兒子：一名馬麒，1869年生；一名馬麟，1873年生。兩兄弟自幼隨父軍中，熟習軍旅生活。後來，馬安良、馬海晏這支馬隊併入董福祥的甘軍。
馬千齡，亦有兩個兒子十分出眾：次子馬福祿，生於1853年，在1880年中武舉人、武進士，使馬千齡家更增添光彩；四子馬福祥，生於1873年，從小隨父兄習武學文，已顯露出不凡的氣度。
1895年，河湟地區（今甘肅臨夏及青海東部黃河、湟水流域）的回族、撒拉族人民再次發動反清起義。馬海晏父子隨清軍參與了鎮壓。而馬千齡父子也在家鄉組織了民團“安寧軍”，對抗起義軍，曾解救被圍清軍總兵湯彥和。憤怒的群眾將馬千齡家宅院付之一炬，併到處“捉拿馬進士家的人”，馬千齡避走藏區，其子馬福祿、馬福祥則率安寧軍輾轉到蘭州，被陝甘總督陶模收編為步騎兩營，加入進攻河州之清軍，不久，也歸入了董福祥的甘軍，馬福祿任督帶統領，馬福祥任幫統。
1897年，清政府整治軍隊，編建精銳軍，分中、前、左、右、後五軍，由榮祿、聶士成、馬玉昆、袁世凱、董福祥五人分別率領。不久，董福祥之後軍奉調北京附近駐防，馬海晏父子及馬福祿、馬福祥兄弟也隨軍前往。
1900年八國聯軍進犯津、京，馬海晏、馬福祿等曾參加廊坊之戰，重創敵寇。當八國聯軍進攻北京時，馬海晏、馬福祿等率河湟子弟守衛正陽門（今前門），與攻城之侵略軍展開多日血戰。8月13日晚，馬福祿乘雨夜率敢死隊襲擊敵軍，在激戰中身亡。同時戰死者還有其族弟馬福貴、馬福全等百餘人。
這時，慈禧太后和光緒皇帝逃離北京，馬海晏父子及馬安良、馬福祥等率眾護駕。行至宣化，馬海晏病死。馬麒由哨官提升接任了其父的旗官職務。在晉南風陵渡過黃河時，馬安良、馬麒親自掌舵，護駕過河，搏得了慈禧的賞識。在馬安良、馬麒、馬福祥等的護衛下，慈禧和光緒總算平安逃到了西安。由於護駕有功，不久，馬麒升任花翎頂戴副將銜循化營參將，駐兵甘肅扎巴鎮。其弟馬麟也升任管帶、都司等職。而馬福祥，則升任甘肅靖遠協副將，1904年又升任西寧鎮總兵兼阿爾泰護軍使，1910年率所部昭武軍移防寧夏。辛亥革命爆發，陝西革命黨人舉行起義，陝西巡撫升允逃往蘭州，與陝甘總督長庚組織“東征軍”討伐，並妄圖迎鑾西來，把西北作為重振清室的基地。當時，馬安良出任精銳西軍總統，馬麒任幫統，馬安良之子馬廷勷任分統。他們組織了一支有步兵五千、騎兵一千共二十四個營旗的隊伍，鎮壓革命。
1912年清帝退位，民國成立，這支精銳西軍也發生了分化，馬安良父子及馬麒、馬麟兄弟都轉而依附北洋軍閥袁世凱，馬安良出任甘肅提督，而馬麒，則攫取了西寧鎮總兵一職，從此，馬麒兄弟拋開了依靠多年的馬安良，另樹一幟。馬安良父子也是馬家軍閥的一支，但後來這支武裝退出了西北。民國成立後，馬安良出任甘肅提督。後來，馬安良加入中國國民黨，並任中國國民黨甘肅支部長。
1920年，馬安良病逝，終年65歲。馬安良之子馬廷勷，貢生出身，1913年8月任甘涼觀察使。1914年後，任北京大總統府侍從武官。1918年後，歷任涼州鎮總兵、涼州鎮守使，1924年7月，授北京政府將軍府勖威將軍。1926年，馬廷勷舉兵反對馮玉祥，1928年10月在甘肅河州戰敗，逃往西寧。1929年赴南京投蔣介石，蔣介石任其為討逆軍第十五路軍總指揮，令其召集舊部未成，後被撤職，又去投靠馮玉祥，結果被馮玉祥殺於鄭州（一說焦作）。
馬安良四子、馬廷勷之弟馬廷賢，1896年生，青年從軍曾任西北軍營長、團長、旅長，1928年11月與其兄馬廷勷退往青海藏區，聯合馬仲英殺害許多無辜藏民。不久隨馬廷勷投蔣介石，任討逆軍第十五路軍第一路縱隊司令。1930年利用中原大戰之機，率部回西北，攻下天水縣城，自稱西北迴民聯軍總司令，屠殺縣民數千人。1931年3月，其部接受改編，被南京政府任命為隴南綏靖指揮。1932年1月與川軍作戰失敗後逃往天津。抗日戰爭期間，馬廷賢被日軍委為“西北長官”，後一度去包頭，又化裝回天津，改名換姓藏匿於民間。1941年回甘肅河州。新中國成立後，馬廷賢被人民政府逮捕，後獲釋出獄。1958年再次被捕。1959年10月病死。
馬麒，於1912年8月出任西寧鎮總兵後，著手創建完全由自己掌握的軍隊，又多方羅致漢族官紳知識分子，組成自己的智囊團，開始了家庭割據事業。1915年，北洋政府裁撤青海辦事長官，改設甘邊寧海鎮守使，統轄寧、海地區軍政，馬麒又當上了寧海鎮守使，幾年時間，馬麒組織了一支有三十六個營的家庭武裝，號稱“寧海軍”。寧海軍由馬麒及親屬馬麟、馬寶（堂弟）等指揮，他的兒子馬步青（1898年生）和馬步芳（1903年生）雖然尚還年青，但已在軍中擔任營長之職。辛亥革命爆發後，馬福祥在寧夏、內蒙一帶鎮壓反清義軍，後因大勢所趨，也宣佈“贊成共和”，民國成立後，出任寧夏護軍使。這時，馬福祥的左右手，是其侄馬鴻賓及其子馬鴻逵。
馬鴻賓是馬福祥之兄馬福祿之子，生於1884年。馬福祿在北京陣亡時，馬鴻賓年僅十六歲，還在家鄉練武習文。馬福祥比先兄馬福祿整整小二十歲，全由馬福祿一手提攜而發跡于軍政界，為報答先兄之恩情，他一意栽培侄子馬鴻賓，而馬鴻賓亦少年老成，對叔父馬福祥十分孝敬和尊重，馬福祥更是喜歡。1905年，馬福祥任西寧鎮總兵，成立西寧礦務馬隊，交由馬鴻賓率領，這支小隊伍以後發展成了馬鴻賓的基本武裝力量。
1910年，馬鴻賓隨馬福祥的昭武軍到寧夏，任騎兵營營長，後任甘肅新軍司令，授陸軍少將銜。1921年初，馬福祥調任綏遠都統，馬鴻賓出任寧夏護軍使（後改鎮守使）兼新軍司令，晉升陸軍中將銜。馬鴻逵為馬福祥之子，生於1892年。馬鴻逵八歲時在西安行營中得見慈禧、光緒等人。十二歲由其父以一千兩紋銀捐得一“藍翎知縣”的虛缺。1909年，馬鴻逵結束在家塾的中學學習，考入蘭州陸軍小學堂。1912年畢業後在其父部下任營長，後升任寧夏親軍統領。馬福祥為了進一步依附袁世凱，於1914年將馬鴻逵送到北京，擔任袁世凱的侍從軍官。袁世凱死後，馬鴻逵又擔任黎元洪的侍從武官。
1917年7月，馬鴻逵潛離北京，跑到天津，參加段祺瑞的馬廠誓師，年僅25歲的馬鴻逵，當了討逆軍的中將參謀。段祺瑞重新上臺後，使其回寧夏擴編寧夏新軍。1919年馬鴻逵升任寧夏第五混成旅旅長。1921年7月，馬鴻賓出任寧夏指揮使，開始了對寧夏的統治。
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