在元代以前，陕西和甘肃由于地处于河西走廊、战争频繁，因而两个地区的行政区划也是随着边疆战事的胜败而分分合合、繁覆多变。
到了元代，中央政府分别设立了陕西和甘肃行省。元代的政治中枢称中书省，在各地的分设机构称行中书省，简称行省。现在“省”的称谓便是从元代的“行省”演变而来。
元代陕西行省的辖区包括今陕西全境、甘肃兰州以东、内蒙古伊克昭盟中部以南各地。甘肃行省的辖区则仅包括黄河以西的七路、二州。
到了明代，中央政府又废除甘肃行省，在元代陕西行省的基础之上设立陕西布政使司，俗称仍为陕西省，管辖的范围“东至华阴(与河南、山西界)，南至紫阳(与湖广、四川界)，北至河套，西至肃州(外为边地)”，管理今陕西和甘肃各地的行政。又设立西都指挥使司(简称都司)，管理陕甘地区各卫所军政。
但是，在位于西安的陕西都司控制遥远的河西诸卫，不免鞭长莫及，所以公元1379年便在甘肃镇(即甘州，今甘肃张掖)设置陕西行都指挥使司(行都司)，辖境基本上相当于元代甘肃行省的主要地区，实际上又开启了陕甘分治的端倪。
明代的“巡抚”是中央派往各地监督和指导军政事务的大臣。明中叶以后，巡抚逐渐由临时之职变为常设之职，并逐渐凌驾于布政使与都指挥使上，成为地方军政大权的实际主持者。
明代中叶，由于陕西布政使司(即陕西省)的管辖范围较大，所以，明中央政府在陕西省设立了四个巡抚，分别为陕西、延绥、甘肃、宁夏巡抚。其中甘肃巡抚负责管理在公元1379年建立的陕西行都司(即元代的甘肃行省地区)。
后来，统一的陕西布政使司逐渐失去作用，甘肃地区和陕西地区由于隶属于不同的巡抚，从而使陕西和甘肃的分治局面初步形成。
清初，由于陕西的边防问题已不复存在，宁夏、延绥二巡抚先后被裁革，而甘肃巡抚则移驻兰州。到康熙二年(1663)始设甘肃省，“析临洮、巩昌、平凉、庆阳四府置甘肃省，移右布政使治之”。而左布政使仍驻西安，管理西安、延安、凤翔、汉中四府及兴安州。于是形成一省二治的局面，史称陕甘分治。而陕甘军队的领导机关一陕西提督署也迁到位于左、右二布政司之间的固原地区(今属宁夏回族自治区)。至此，陕甘实际上已经分治，但名义上仍属一省，这在当时的行政区划中是个特例。
康熙六年(1667)，陕西右布政使司改为巩昌布政使司，左布政使司改为陕西布政使司。康熙七年(1668)巩昌布政使司移驻甘肃巡抚所在地兰州，并改称甘肃布政使司，通称甘肃省。至此陕甘分治的过程最后完成，历史上与陕西联系密切的甘肃分出去了，而和陕西原来一直不相属的汉江流域(汉中、安康地区)则逐渐归属陕西，近代陕西省的疆域至此固定下来。
有意思的是满清入关后顺治二年，清政府又在陕西布政使和巡抚上面设置了正二品的陕甘总督，总管陕西、甘肃和伊犁三省的军民政务。陕甘总督的正式官衔为总督陕甘等处地方提督军务、粮饷、管理茶马兼巡抚事，其职责是“掌治军民，总制文武，察举官吏，修饬封疆”，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，等于又给陕西、甘肃巡抚找了个爹。
有清一朝陕甘总督的设置，在清朝前期的119年间变化极为频繁，管辖范围一度包括川、陕、甘、晋、三边地区，光绪年间新疆也划入的管辖范围，名称也一度改为川陕三边总督，山陕总督、陕西总督，总督衙门驻在地也由开始的西安、汉中，在乾隆二十九年迁到了兰州。陕甘总督是个要职，所以清朝开国以来都是由旗人出任，直到了雍正三年年羹尧谋逆岳钟琦接任，才开始由汉人担当的历史。由于陕甘重要的地位，所以很多历史名臣都曾出任过陕甘总督，比如年羹尧、岳钟琦、尹继善、福康安、林则徐、左宗棠、曾国荃等等。
左宗棠
不过需要注意的是，甘肃在清康熙五年(1666)陕、甘未分治以前，因为当时陕甘为一省，所以甘肃并未单独立志，甘肃省志皆总载于《陕西通志》。但是由于《陕西通志》是以陕西为主，所以在记述边陲之地的甘肃地区时，不免会出现简略记述，甚至漏列的缺点。
直至雍正六年(1728)，清王朝下令各省编修通志，并正式任命太子少保文华殿大学士仍管川陕总督印务查郎阿、吏部尚书署川陕总督兼甘肃巡抚刘于义、甘肃巡抚许容纂修《甘肃通志》。今共编有乾隆《敕修甘肃通志》、宣统《甘肃新通志》、民国《甘肃通志稿》、《甘肃乡土志稿)和中华人民共和国成立后纂修的《甘肃省新志》等五部甘肃通志。
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