一，肺炎病原體的經驗性推測原則
通常來說，醫生會根據發病者所處環境來推斷可能的肺炎病因。因此，目前的肺炎診斷可以分為：
- 社區獲得性肺炎(community-acquired pneumonia, CAP)
- 醫院獲得性肺炎(hospital-acquired pneumonia, HAP)
- 呼吸機相關肺炎(ventilator-associated pneumonia, VAP)
美國還曾使用健康護理相關肺炎(health care-associated pneumonia, HCAP)這一術語。但越來越多研究證實，HCAP對病原學的推測幫助不大[1]。因此，美國等地醫生們已不再使用該術語[2]。
實際上，除了患者所處環境，患者本身的狀態也可以很好的幫助我們推斷肺炎病因。比如：
- 年齡：5歲內兒童更易罹患病毒性肺炎[3]。
- 基礎疾病：比如做器官移植者更容易有鉅細胞病毒感染肺炎[4]
- 生活習慣與狀態：父母親吸菸，可增加5歲以下兒童的肺炎風險[5]
- 疫苗接種狀況：美國等推廣肺炎疫苗後，肺炎球菌肺炎門診、住院病人則大幅度下降[6]。
然而，跟普通人想象的不一樣：住院肺炎病人的相當部分的病因是不明的！
比如，針對住院的成人社區獲得性肺炎病人強化病原學篩查，只有38%-87%的病人找到確切的致病微生物[7、8、9]。這還是專門針對肺炎病人行病原學強化篩查的臨床試驗後的結果。實際上臨床工作時，大部分肺炎病人的病原微生物是不明的。
大部分住院肺炎病人的病原微生物是不明的！
二，如何發現病原體？
目前針對肺炎的病原學檢查方法大體有：
- 痰培養
- 血培養
- 不同標本行聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction, PCR) 看病原生物的核酸
- 血標本看抗體
- 尿標本看抗體
但必須明白，檢驗出微生物，不等於是該微生物引發的肺炎。這點在痰培養，血標本檢驗抗體等方面尤為明顯。
理論上，我們應該根據科赫法則來判定（後面將詳細討論）。但真實臨床工作時，不可能每個病人的病原微生物都來重複。因此，對於已知的病原微生物，醫生會這樣判斷：
1，該病原微生物感染人後，被總結出來哪些臨床特徵？
2，目前病人的臨床特徵如何？
3，是否可排除其他病原體？
根據這3點綜合判斷，從而確定是否為該病原微生物導致的病變。
也就是說，臨床醫生不能迷信檢驗結果。不能看到檢驗結果就完全信任。畢竟，很多微生物可以在人體無症狀存在-------那你檢驗出來的微生物，未必是真的致病原因！
不要迷信檢驗結果，畢竟很多微生物可以無症狀得在人體存在
三，我們什麼時候懷疑存在新的病原體？
既然約50%的肺炎的病原體是不清的，那什麼時候我們懷疑新的病原體呢？
一般來說，如果肺炎的傳染性，嚴重度，臨床特徵等等都泯然眾人，那麼通常醫生不會刻意明確是否新發的病原體感染所致。因為這樣做並無實際意義。
醫生在實際臨床工作時，約50%的肺炎病原體不明，但也靠經驗性治療而好轉。
但如果出現傳染性特別強，疾病嚴重度異乎尋常，或者特殊的臨床特徵-----比如軍團菌更常發生低鈉血癥(血清鈉<130mEq/L)、血尿、蛋白尿；當這樣的異乎尋常的特徵出現，那我們必須考慮是否存在新的病原體的可能性。
2003年SARS發生時，根據常規防禦無法抵禦的醫院內傳播，感染後快速進展的急性呼吸窘迫綜合徵（ARDS），我們就可以斷定是一個新發病原體感染，而不是我們熟知的既往病原體。
理論上，我們應該根據科赫法則（Koch's postulates）來確定新發病原體：
- 在每一病例中都出現相同的微生物，且在健康者體內不存在；
- 要從宿主分離出這樣的微生物並在培養基中得到純培養（pure culture）；
- 用這種微生物的純培養物接種健康而敏感的宿主，同樣的疾病會重複發生；
- 從試驗發病的宿主中能再度分離培養出這種微生物來。
如果進行了上述4個步驟，並得到確實的證明，就可以確認該生物即為該病害的病原物。
當然隨著科技進步，我們也可以更簡單的確定新病原體。
比如，當我們能很肯定的排除其他病原體感染的可能性，又在具有同樣臨床特徵的病人身上發現新病原體。那我們就可以更簡約的直接認定新發病原體。
科赫醫生創建了病原微生物鑑定的科赫法則
四，我們新近20年來，發現了哪些新病原體？
隨著科技的進步，我們已經發現了越來越多的新的病原微生物。由此解開了很多謎團。比如：
2001年，發現人類偏肺病毒（Human metapneumovirus）是感冒、支氣管炎、肺炎的常見的重要病原體。
2003年，發現SARS冠狀病毒；打破了冠狀病毒毒性偏低的偏見。
2005年，發現人博卡病毒 (humanbocavirus, HBoV)也是常見的感冒、支氣管炎、肺炎的常見病原體。
2012年，發現中東呼吸綜合徵冠狀病毒MERS冠狀病毒。是目前已知的致死性最高的冠狀病毒。
2014年，發現腸道病毒D68是美國兒童的常見肺炎病原體之一。
……
實際除了發現新的病毒外，還發現一些原本在動物界流行的病毒可以在人類間流行。比如：
1997年，香港發現甲型H5N1流感病毒感染人類，它原本主要是飛禽間流行。不過其感染性性似乎不是那麼強。沒有成為大流行病毒株。
2009年，原本在豬流行的甲型 Ｈ１Ｎ１流感病毒突破物種障礙，導致了人類間的流感大爆發。它此後成為人類裡普遍流行的「季節性流感」病毒株。
2013年 ，中國華山醫院感染科發現人類感染甲型流感病毒（Ｈ７Ｎ９）而 引起的重症肺炎。 以往發現它僅僅在飛禽裡傳播。遲到華山感染科證明人類也可以感染。但是它傳染性不強，人類只有很親密得接觸才會被傳染，所以被定義為「有限」人傳人。
除此外，還有H5N6、 Ｈ７Ｎ２、Ｈ７Ｎ３、Ｈ７Ｎ７、H9N2等等。除了前面提到的Ｈ１Ｎ１成為大流行病毒株外，其他都沒有人類社會大流行。當然也不排除，也可能因為致病性（致重症率、致死率）偏弱，只是帶來感冒樣症狀等。於是被我們忽視了。
……
但到今天，我們仍不得不面臨一個事實：約50%的相對重症的住院肺炎病人的病原體還是不確定的。
大部分住院肺炎病人的病原體是不明的！
1，Chalmers JD, Rother C, Salih W, Ewig S. Healthcare-associated pneumonia does not accurately identify potentially resistant pathogens: a systematic review and meta-analysis. Clin Infect Dis 2014; 58:330.
2，Torres A, Niederman MS, Chastre J, et al. International ERS/ESICM/ESCMID/ALAT guidelines for the management of hospital-acquired pneumonia and ventilator-associated pneumonia: Guidelines for the management of hospital-acquired pneumonia (HAP)/ventilator-associated pneumonia (VAP) of the European Respiratory Society (ERS), European Society of Intensive Care Medicine (ESICM), European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) and Asociación Latinoamericana del Tórax (ALAT). Eur Respir J 2017; 50.
3，The Management of Community-Acquired Pneumonia in Infants and Children Older Than 3 Months of Age: Clinical Practice Guidelines by the Pediatric Infectious Diseases Society and the Infectious Diseases Society of America （2011年版）
4，Wattles BA, Kim AJ, Cheerva AC, et al. Cytomegalovirus Treatment in Pediatric Hematopoietic Stem Cell Transplant Patients. J Pediatr Hematol Oncol 2017; 39:241.
5，Suzuki M, Thiem VD, Yanai H, et al. Association of environmental tobacco smoking exposure with an increased risk of hospital admissions for pneumonia in children under 5 years of age in Vietnam. Thorax 2009; 64:484.
6，Olarte L, Barson WJ, Barson RM, et al. Pneumococcal Pneumonia Requiring Hospitalization in US Children in the 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine Era. Clin Infect Dis 2017; 64:1699.
7，Gadsby NJ, Russell CD, McHugh MP, et al. Comprehensive Molecular Testing for Respiratory Pathogens in Community-Acquired Pneumonia. Clin Infect Dis 2016; 62:817.
8，Jain S, Self WH, Wunderink RG, et al. Community-Acquired Pneumonia Requiring Hospitalization among U.S. Adults. N Engl J Med 2015; 373:415.
9，Johansson N, Kalin M, Tiveljung-Lindell A, et al. Etiology of community-acquired pneumonia: increased microbiological yield with new diagnostic methods. Clin Infect Dis 2010; 50:202.
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