日本人表面看起来谦和内敛，但骨子里桀骜尚武，“自古不惧边关事，只虑兵刀不带红”，西人曾叹曰，所谓世界上很不可琢磨的两面性格：菊花与刀。
作为“同文同种”的中国人应该比西人更了解日本人，虽然有人说两国人在气质性格方面的差异甚至大过中西国度，但毕竟“山川异域，风月同天”呀。
所以分析一下日本人的族源，可以让我们知道一下，何以“同文”，岂曰“同种”。
关于日本人的来源，到了分子生物学已非常发达的今天，还是尚有争议。因为人种来源问题不仅仅关涉历史考古，还牵扯到当今政治、民族、心理和国际关系等诸方多方面。
对于日本这个岛国，最早见诸于中国古代典籍《山海经》，其中《海内北经》记有：“盖国（朝鲜半岛古国）在钜（大）燕南，倭北。倭属燕。”
这给出了两点重要信息：一从史前到春秋战国，中国人早就关注了这个附于中华的岛国；二中国人对日的交往和迁徙多通过朝鲜半岛……
古代典籍也实际说出了中国人多次向东海诸岛迁徙的事实。
蒙古-通古斯人是日本最早的主人
学术界通常认为，日本最早的居民是阿尔泰系蒙古-通古斯人。在第四季冰河末期，这些东北亚人不仅越过了白令海峡的陆桥到达了美洲，也从西伯利亚-库页岛方向和朝鲜半岛方向越过了鞑靼海峡和对马海峡陆桥，成为日本最早的土著之一。这个北亚血统包含极其广阔，一直可以追溯到緬北藏南黑、棕人 种和格陵兰岛、堪察加和北极圈内的因纽特人（爱斯基摩人）。
布里亚特蒙古人
这在日本人的基因库中也可以得到充分证实。日本人虽是O2-M95为主体，但也包含了高比例的C-M130（棕种人基因）和D-YAP(矮黑人），汉族人无论是南方汉人还是北方汉人，Y染色体中都没有或很少有这二种基因，而北方民族蒙古人、突厥人、满族人、朝鲜人中，都较大比例拥有C-M130和D-YAP。这充分说明了，日本人族源跟蒙古-通古斯，以及南太平洋-印度洋南岛系的血缘关系（南亚诸岛系高比例含带D-YAP）。
其实在很长一段时间里，欧亚大陆北方主人阿尔泰系蒙古-通古斯人，对日本岛并无多大兴趣，当他们在大陆上迁徙追逐的时候，近在旁侧的日本岛却一直阒无人语。
但无人语并不表明无人烟，考古告诉我们，东北亚的蒙古-通古斯人并不是日本岛的第一个主人。目前，在日本列岛发现的最早的人骨化石是1957年在丰桥市牛川町发现的“牛川人”，约生活于旧石器中晚期，距今约15万年至5万年。牛川人有显著的尼安德特人的特征。学者们对他们与现代日本人有什么关联，一直没有定论。大概像欧洲的尼安德特人与现代欧美人没有太大关联一样（仅有百分之一点几至二点几的血缘痕迹），牛川人因而也不能说是现代日本人的祖先，但可以肯定他们是日本岛最早的居民。
除“牛川人”外，在日本还发现了另外旧石器时代人骨化石，如“三日人”、“浜北人”，“港川人”、“圣岳人”，其生活年代均不超过3万年前。
作为对比，与日本一衣带水的东北亚大陆，人类历史就久远的太多，旧石器时期的人类遗迹至少在100万年以上。
20多年前，考古学家对华北泥河湾盆地小梁河和洞沟发现的旧石器进行测试，发现距今约136万年，是迄今东北亚高纬度地区发现的最早的人类遗迹。
另外考古学家还发现了距今100万年的吉林前郭尔罗斯王府遗址，距今50万年的庙后山文化；30万年前的金牛山、鸽子洞文化……
更为确切的带有智人特征的旧石器遗存最近在东西伯利亚发现，是4万多年前的定居者，考古学家们在那里发现了34个古老的基因组序列，其中包括两个来自约3.16万年前的乳牙碎片，这是迄今发现的最早和最北端的更新世人类遗骸。
这些基因组揭示了一个重要的现像：整个东北亚特别是西伯利亚东北部，人口混合和替代事件复杂，该地区至少有三次大规模的人类迁徙，这说明通古斯人并不是单一发展而来的血缘民族，也有从南而北（从华夏中原地带、华南，甚至南太平洋群岛北迁至西伯利亚鄂霍次克海一带，基因检测通古斯人群带有8-11%的D-YAP矮黑人基因，暗示了他们跟南太平洋、印度洋的关联），从西向东融合进来的血缘成份。
这多少有点颠覆一直以来人类学家的认识，也解释了日本族群DNA检测结果如此复杂的原因。
问题是，在东北亚地区人类大融合、大分化之时，日本岛却像海外仙山一样不被打扰一一为什么蒙古-通古斯人宁可渡越白令海峡远遁美洲，而不入近在咫尺的东瀛岛？从Y染色体的轨迹看，从非洲走出的智人，在跟雅利安人种分别以后从南亚、东南亚通过云贵高原进入中国大陆，几乎没有停在那休养生息一番，就又通过了西伯利亚进入了美洲。
他们为什么没有向东迈过狭窄的对马海峡，来到仅一步之遙的日本？
俄罗斯境内鄂伦春人
总之他们很晚近才来，大约没有早过15,000年前，但登上这个岛就意味着阿尔泰系蒙古-通古斯人对地球的北半部分一一从黄河以北、燕山山脉，一直到加拿大、美国、阿拉斯加、格陵兰岛、堪察加半岛……的全覆盖。
蒙古-通古斯人和后来而至的南太平洋-印度洋语族融合同化，构成了日本早期的人种绳文人。
中国西南诸族与日本人种的关系
就在蒙古-通古斯人在日本岛上渔猎角逐时，又有另一支种群，波利尼西亚-密克罗尼西亚人从南太平洋漂洋而来，时间：旧石器晚期（学界有一说，南太平洋马来和布利尼西亚人种早于蒙古-通古斯人种进入日本）
南来入岛的整个过程并不是一蹴而就的，可能绵延了数千年，且并不总是沿着海洋飘移，可能时陆时海，可能在陆上孕育衍化了另一种文化形态，有一部分人就留在了东南亚-华南大陆，成为了百越苗壮傣哈（尼）的一部分，剩下的带着这个新形态继续完成祖先的志向，向东北方向寻找着新家园。
1979年，日本大阪教育大学人类学名誉教授鸟越宪三郎发表新说“日本人的发源地在中国云南省”，引起了很大的关注，证实了南来人的迁徙过程和“走走停停”的方式。
1984年2月23日，鸟越宪又对外宣布：“对被认为是从云南南下的泰国山岳地带(泰国北部)的少数民族进行了实地考察，结果发现了所有婴儿的臀部有胎斑”。鸟越宪教授就这一发现又强调：“日本人在体质上所具有的胎斑渊源是云南，这是一个旁证，证实这个地区是日本人的发源地。”
还有许多证据证明了中国西南诸族和东南亚人与日本人的联系，比如同样信奉太阳神-谷神，比如许多生活细节如丝绸和稻米的处理方式，以及婚丧嫁娶的相似等。
还有一点很重要，日本人引以为傲的A型血在日本人中比例最高，而周边北亚各族群一般都是B型血占多数，中国云南地区和有血缘关系的东南亚部分恰恰是A型血的“王国”。
阿依努人给日本的贡献
说日本人的来源，不能不提阿依努人（虾夷人）。
原来认为他们也是南岛语系的一支，后来有争议，认为他们的确从南而来，或者是从西南来的，但不能确定他们最早来源是巴布亚新几内亚-波利尼西亚-马来人种，还是高加索和蒙古的混血？
阿伊奴族在日本一直是弱势群体的存在。他们曾经强大过，控制远东广大地区，从贝加尔湖、库页岛、千岛群岛，到堪察加一带都曾是他们的地盘。
他们在新石器早期进入日本，最早大约六、七千年前，分布在日本主要国土本州岛等岛屿，后来逐渐被其他族群挤压、同化，现在仅剩北海道有少数遗存，全日本登记注册仅2万多人。
这个逐渐消亡的族群为日本做出了自己特有的贡献，他们的波发、多毛、浓眉、深眼窝、脸部立体感强等相貌特征，通过混血，中和了脸部比较扁平的北亚形态，给整个日本人相貌体征上带来了一缕英挺的气息。
历史考古界对他们的来龙去脉一向有多种认知：
一种说法，认为他们来自史前的雅利安人，由中亚东进到山东和黄淮地区，和蒙古人种混血后，在中国的江苏、山东一带盘恒，后被华夏先人们驱离。
还有一种说法，阿依努人从西亚过来，是迦南和腓尼基人的先祖，这也是为什么有部分日本人一直在说自己是犹太人缘故。
第三种说法，他们来自澳大利亚沿海的波利尼西亚人或南亚安达曼群岛人种，顺海而来，在远东跟蒙古人种混血。基因检测上也证实了这一点，D-M174，一种起源于亚洲的单倍群，高频发现于日本列岛、西藏地区和印度洋东北部的安达曼群岛，在蒙古和阿尔泰地区的北亚人群中并不太多，约有5%，而阿伊努人D-M174高达90%以上，与安达曼群岛的矮黑人种的100%高度相似。
学术界因而也渐渐趋向认为，阿依努人来自于新几内亚-安达曼群岛一系。
大和瀛洲自中华
日本族群还有一个非常重要的来源，就是华夏-朝鲜人。
“大和瀛洲自中华”的说法在历史上就非常盛行。许多日本人相信他们来自徐秦始皇时代徐福的童男女和能工巧匠的浩大队伍，或者更早，武王灭纣时殷商旧人和华夏东部小诸侯国在战乱中的东逃。
日本人一向以“小中华”自居，“天下人”丰田秀吉被传是中国人，他自己也称日本为中华，并欲占领和移居中华，坐镇北京。
其实早在禹夏时代，华夏人就已关注了这个东边的岛国。大禹祭祀在日本盛行，据统计日本有70多座关于大禹的遗迹，这些大禹祀碑祭庙多有1000多年的历史。
日本人在意大禹难道仅仅因为崇拜圣人吗？中国的圣贤那么多，三皇五帝，汤武周公，为什么特意隆重祭典大禹？这里难道没有一种血缘上的关联？
相传对应于大禹时代的绳文时代，中国稻作文化和酿酒文化传抵日本。近年日本考古调查也证实了这一点：在日本公元前1000年前后的绳文式坚穴中发现了用来制酒的中国式酒坑。
另据王充《论衡》说，远在西周初年，倭人与越裳氏早已相率入贡了，他们也受汉文化薰陶与扶翼。
广义上的华人其实在更早的年份就已经迁徙到日本岛。
DNA检测技术发现，日本Y染色体结构占20.1%的是M122，这是出走非洲后“尾随”矮黑人第二批从云贵高原走进中国境内的古人类基因。后来这批种群的基因突变为古羌人的M134，又突变成了汉人的M117和藏人的M133。
而在日本，他们的M122，也突变成了M134。可以想见，他们这支M134和中国古羌人一定存在某种联系！其中意义很丰富，他们的M134是在日本独自演化的，还是在大陆演化成以后迁徙到岛上的？
从1996年开始，中国及日本的一些学者们，用了3年时间，对中国江苏省发掘出来的春秋至西汉(即公元前600年至公元100年)的人骨，及差不多同期出土的日本北九州及山口县绳纹至弥生时代的人骨进行了对比研究。结果经过DNA的检验分析，两者排列次序的某部分竟然完全一致！这一结论再次证明：中、日两国的某一部分人种源于共同的祖先。
结论：旧石器末期和新石器中早期，阿尔泰系蒙古-通古斯人，太平洋印度洋南岛语族，先后移住日本，构成了绳纹人主体；自大禹时代起，朝鲜和中国移民开始大量流注日本，成为文化高一阶次的弥生人，以上三种源流融合繁育，演变出当代日本人。
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