在中東城市地區談起瘟疫，最著名的莫過於發生在公元542年的大瘟疫，因這次瘟疫發生在東羅馬帝國皇帝查士丁尼時期（公元527—公元565年在位），因此拜占庭時期的歷史學家普羅科匹厄斯歷稱之為“查士丁尼瘟疫”。
這場大瘟疫的發生也是現在史學界公認的第一次鼠疫的大規模的流行，而對於查士丁尼大瘟疫的記載，也是歐洲史上對鼠疫瘟疫最早的記錄。大瘟疫的發生給拜占庭帝國所帶來的災難和影響遠超過了之前在雅典時期所發生的瘟疫，僅從死亡人數上來看，君士坦丁堡一個城市就死亡了20萬人，整個東羅馬帝國近三分之一人口喪生，其死亡率（大致在33%左右）與14世紀歐洲的黑死病大體一致。而也正是這場瘟疫的發生極大的動搖了拜占庭帝國長達數千年的統治，成為查士丁尼統治晚期帝國衰落的重要原因之一。
一、查士丁尼瘟疫發生的原因
1、這場瘟疫的發生與氣候和季節的因素有關
氣候之所以對瘟疫的影響至深，主要是由於自然氣候的交替變化往往會導致大自然界中原本平衡的生態系統。這種影響的最終結果就是導致了自然界中的一些媒介生物體客觀生存規律的紊亂。
美國的疾病醫學專家曾對一些瘟疫發生的病原區做過相應的調查研究，結果證明在長時間的嚴重乾旱或者是降雨之後，最易引發瘟疫的發生和傳播。因為在天氣乾旱之時，大量的齧齒類動物會由食物和水的匱乏大量死去，然在乾旱結束之後，相對於繁殖較為緩慢的食肉性動物，齧齒類動物繁殖的速度更快，而這些齧齒類動物由於本身所具有較強的瘟疫免疫力，因此也往往成為一些病菌的攜帶體，且隨著這些動物的迅速繁殖其傳播的範圍也就不斷的擴大。而據愛德華·吉本考證認為，這場瘟疫最先出現於“埃塞俄比亞沼澤地和尼羅河東流域之間”。這個地區的氣候類型是熱帶草原氣候。這種氣候的特徵是全年高溫，乾溼季明顯。降雨集中在一年的4～6月內，而其他的4～5各月內則滴雨不下。
結合我們以上所講的瘟疫產生的氣候原因及其該地區的氣候的特徵中我們不難看出，瘟疫在該地區是極易發生的。
除此之外，季節也是導致在君士坦丁堡地區瘟疫迅速蔓延的重要原因。春季是天氣溫度逐漸回升的一個季節，而這個季節也是各種生命體開始繁殖的開端。對於病菌而言，這個季節正好是其高發期。據科學考證，對於一些致病的病菌來說，在攝氏20度的情況下，瘧疾病菌繁殖的生命週期為20天左右，而在攝氏25度的情況下，其繁殖的生命週期僅需13天。相應的在這樣的一種季節中，由於溫度的原因，人體的免疫力呈現出下降的趨勢。而正是這種關係，正好為病菌對人體的侵入提供了機會。
瘟疫在君士坦丁堡蔓延的季節正好是公元542年的春季，從中我們可以看出他們之間的聯繫。
2、這場瘟疫的發生與查士丁尼統治時期的社會條件有關
瘟疫的發生地遠在東非，而為什麼最終會在君士坦丁堡形成一種規模。這其中一個很重要的原因就是傳染。
拜占庭帝國的範圍延伸到了整個地中海區域，而地中海沿海的各個地區之間自古以來就有著十分緊密的聯繫，尤其是在貿易方面，因此這些地區也往往成為人口聚集的地帶。而東羅馬帝國的建立則進一步的將這種聯繫延伸到各個領域。這也就為瘟疫的傳播埋下了一種隱患。而且帝國的首都君士坦丁堡作為當時最大的政治、經濟、軍事和文化中心也是人口最稠密的地區之一，一旦市內的某一個群體發生瘟疫，很快就會形成一種趨勢。
另外，造成瘟疫死傷之大還有一個重要原因就是當時帝國盛傳的宿命論的思想，這種思想的核心強調人的生老病死皆是由真主來決定。因此一旦瘟疫來襲，人們往往是採取零措施的消極對待，最後的結果可想而知。
二、查士丁尼瘟疫發生的源地及症狀
對於這次大瘟疫發生的源地，不同的歷史學家給出了不同的說法。拜占庭帝國的歷史學家普羅匹厄斯在其著作《戰記》中認為，這場大瘟疫最先起源於埃及邊境上的城市佩魯西安，之後經亞歷山大城蔓延至整個埃及，隨後沿著北部傳播，沿途經過巴勒斯坦和敘利亞地區，最後在公元542年進入君士坦丁堡。而瘟疫藉助君士坦丁堡通常的交通網絡和繁忙的貿易路線，向東傳至小亞細亞，再經兩河流域傳至波斯；向西則越過亞德里亞海而登陸意大利，最後蔓延至歐洲的東部地區。
而另一位繼普羅匹厄斯之後的教會史學家埃瓦格利烏斯則認為這場災難最先起源於阿克烏姆地區，即現在的埃塞俄比亞和蘇丹相交界之處。
然不管是起源於哪，最終在公元542年君士坦丁堡引發了影響深遠的大瘟疫，並最終通過帝國發達的交通和貿易網絡傳至帝國的整個地區。
這次大瘟疫發生的症狀主要有以下幾種：
第一：患者多表現為神智不清，精神不振。患者在接受到瘟疫影響之後，與正常人相比，感覺眼前總是呈現出一種虛幻的景象，總是認為世界末日即將來臨，受此影響還會經常發生自殘和自虐的事情。
第二：患者大腿處的淋巴發腫且呈現出腐爛的表象。這些表象的人大腿往往會變得清瘦如柴，且頭部高燒不退，腹瀉不止。
第三：患者身體上多出現一些紅斑。剛受瘟疫影響之時，只是身體的某些部位表現出紅斑的跡象，待一段時間之後，先前出現紅斑的地方開始潰爛，最後患者應身體潰爛，精神失常而死。
三、查士丁尼瘟疫發生的影響
這場大瘟疫的發生給整個拜占庭帝國帶來了深遠的影響，英國學者瓊斯曾在其所著的《晚期羅馬帝國史248—602年》中稱，“可能這個時期對帝國影響最嚴重的災難是鼠疫” 。
總的來說這場瘟疫給帝國帶來的影響主要表現在以下幾個方面：
第一：這場瘟疫造成了帝國大量人口的傷亡。由於瘟疫在君士坦丁堡持續的時間為4個月左右，因此造成的傷亡人數還是比較多的。然對於這場瘟疫所造成的具體的確切傷亡人數，並沒有相關的歷史記載。據學者艾倫根據君士坦丁堡的常住人口和流動人口的比例推算，這場瘟疫的死亡率在244000人左右，而按此推斷，整個地中海地區在這場災難中的死亡率為33%,與發生在14世紀歐洲的黑死病的死亡率大體一致。
《牛津拜占庭史》則估計這場大瘟疫導致君士坦丁堡損失了近三分之一的人口。而人口的損失，也造成了帝國勞動力的極其缺乏，直接影響了社會各個行業的正常運行。總之不管人口的傷亡到底為多少，這場大瘟疫就在短短的幾個月的時間裡，使得君士坦丁堡這座在整個世界聞名遐邇的城市頓時變成了一座“死城”。
第二：這場瘟疫也使得帝國人民在精神層面發生了變化。由於生活在帝國時代的人們總的對瘟疫的認識還不是很完善，一旦發生瘟疫，造成極高的死亡率頓時會在人們之間形成一種恐懼和絕望。
更重要的是這種恐懼逐漸演變成人們對國家政府的不信任以及人們價值觀念惡化信仰的變化。人們開始更多的信仰上帝，而對生命採取一種漠視的情節。從更深的一個層面來講，這場瘟疫更加鞏固和確定了基督教在帝國的地位，強化了基督教正統教在帝國意識形態領域的地位。
第三：這場瘟疫極大的衝擊了帝國的統治。拜占庭帝國是一個以皇帝為中心的高度中央集權的專制國家。一旦皇帝出現意外，則會迅速的影響到整個帝國的統治。而在這場大瘟疫中，皇帝查士丁尼也未能逃脫。幸運的是查士丁尼儘管也受到了瘟疫的感染，但很快就從疾病中恢復過來，並且未留下任何的後遺症。然就在皇帝在養病的期間，關於皇帝身染瘟疫而亡的消息甚囂塵上。
在這種情況下，帝國出現了一股覬覦皇權的行動，各種政治陰謀迅速而起。在皇帝病情恢復之後，一大批的文武百官受到了牽連，這其中就有最為著名的帝國大將貝利撒留。而貝利撒留的死作為帝國的棟樑支柱，他的死對帝國的穩定損失是巨大的。這也正是這場瘟疫所造成的一個最直接的後果。而且由於瘟疫的原因導致糧食的缺乏，導致饑民公開搶奪糧食，引發了社會的暴亂，整個帝國的穩定受到了極大的衝擊。
第四：這場瘟疫也給帝國的經濟帶來了深遠影響。瘟疫所造成的巨大人口的損失，使得大量的糧食無人收穫，出現了饑荒。而且由於瘟疫的原因使得城市中的手工業都停止了正常的運行，商品的缺乏，也使得城市通貨膨脹的趨勢愈演愈烈，整個城市陷入了完全癱瘓的境地。
四、查士丁尼政府對瘟疫所採取的政策
儘管瘟疫造成了帝國重大的損失，但作為帝國皇帝的查士丁尼並沒有完全的聽之任之，也採取了一些較為妥善的措施。如面對糧食匱乏的局面，查士丁尼命令相關人員從緊急地向災民們分發糧食，同時他還命人從國庫中取出大量的資金來救濟災民，而當資金不足時，皇帝親自將自己的財產分發給災民。
而對於瘟疫所造成的眾多的無人認領的死屍，皇帝採取了就地掩埋的方式，由於死亡的人數過於龐大，因此掩埋屍體是一項十分繁雜的工作。而為了解決城內屍體的臭味瀰漫，查士丁尼還命人在金角灣的加拉塔地區深挖了幾十個巨大的深坑，用其來掩埋死屍，在這些大坑中為了儘可能的保持充足的空間，所有的屍體都按照一定的方向和順序相互的堆疊在一起。據稱每一個大坑能夠掩埋大約70,000具的屍體。
儘管這種掩埋屍體的方式在今人看來未必是一種控制瘟疫的有效措施，但在當時的條件下，這種方式的確客觀上起到了一定的效用。
查士丁尼瘟疫的發生在整個地中海世界影響是巨大的，不管是對當時的統治者還是對後人，這場災難留給了人們太多太多的教訓影響了世界古代史的進程。而對於查士丁尼大帝來說，這場危機也或多或少的成為了其統治偉業中的一和經驗。可以說這場危機是拜占庭帝國由盛而衰的一個轉折點，它加速了東羅馬帝國的衰落，古代羅馬對歐洲文明的影響在此之後逐漸的喪失，並預示著一個以“黑暗時代”聞名的歐洲政治混亂和文化衰落時代的來臨，從而個不可磨滅的汙點。
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