在整個17世紀前期，荷蘭東印度公司的海外擴張都顯得順風順水。 儘管常在缺乏土著力量支持的區域失敗，但終究依靠各種手段在南洋收穫甚多。尤其是巴達維亞總部的建立，讓其確立了稱雄香料群島→日本的既定方針。但西屬菲律賓的存在，還是讓公司股東們感到骨鯁在喉。那裡也成為荷蘭人屢屢用兵的重點目標。
馬尼拉的西班牙據點 一直是荷蘭壟斷體系的眼中釘
由於在臺灣建立北進基地，荷蘭商船實際上已經控制了對日貿易的半壁江山。但他們的最大目標，還是由明朝控制的福建沿海。然而，來自廈門、福州和漳州的大量海商，往往不能滿足於只到對岸出貨。更期望直抵馬尼拉，從西班牙人手裡賺取廉價白銀。當大型的福船容易遭荷蘭人堵截，他們就換上小艇從沿岸偷偷繞道，讓東印度公司的計劃不攻自破。加上荷蘭當時還無權獨斷對日貿易，就免不了要同數個陣營不斷爭奪。
大量的福建海商 依舊喜歡去馬尼拉與西班牙人貿易
到1646年，巴達維亞當局終於忍無可忍，決心以最終方案拔除菲律賓問題。此前的他們，其實已經向呂宋島派遣過多批船隊，但目的僅限於劫掠和摧毀外圍據點。西班牙方面受制於歐陸的三十年戰爭牽制，無法獲得任何強有力支援，卻有著更為豐富的海外生存經驗。通過建立沿海的烽火系統，為來自墨西哥的白銀運輸船預警。再以分佈在島嶼和港口之間的炮位，打擊任何會隨時闖入的敵船。這些低成本的防禦措施，迫使荷蘭人決定集中兵力對菲律賓實施鯨吞。
西班牙人的太平洋貿易 很難遭東印度公司截斷
當年2月，東印度公司從巴達維亞派出了18艘戰船和超過800名士兵，分成三支艦隊殺向北方水域。其中的第一艦隊由4艘蓋倫帆船和1艘快艇組成，將前往北部煽動那些不滿西班牙征服的土著。順便堵住來自福建的明朝商船。第二艦隊有5艘蓋倫帆船和2艘火船，趕往聖貝南迪諾海峽，攔截從墨西哥駛來的運保大帆船。目的就是斷絕西班牙駐軍的經費支持。另有6艘小艇組成的第三艦隊，負責以上兩匹部隊的聯絡，並切斷呂宋到婆羅洲之間的聯繫。在各分隊完成初步任務後，將到馬尼拉集中發起總攻。
荷蘭人為進攻呂宋 準備了大量兵力
相比之下，西班牙方面不僅很晚才得到入侵消息，戰備情況也非常不堪。由於經濟衰退和海難，當時只有2艘老舊的大帆船停泊在馬尼拉附近。雖然噸位都在500噸以上，但卻沒有什麼武裝且狀況較差。城市本身則剛剛經歷了大規模地震，連帶周遭的土著村莊都嚴重受損。為了能應付這場大規模襲擊，他們將分佈在各島嶼的守備隊後撤集中。隨即又將許多岸炮拆除，安裝到手頭僅有的伊卡納菲爾號與羅薩里奧號上。這樣，不僅每艘船有至少30門大炮，還有額外的100名火繩槍手加強戰力。
菲律賓守軍 只有2艘舊的運寶船可供使用
鑑於對方已主動分散了手頭兵力，西班牙人決心利用內線優勢主動出擊，對荷蘭艦隊施行逐個擊破。他們首先向北行駛，攻擊正在策反土人群體的荷蘭第一艦隊。後者在當地也極不受待見，因此就不能獲得任何援助。當2艘西班牙大帆船在3月15日突然靠近，所有荷蘭人都對此大吃一驚。在之後爆發的激戰中，兩軍先後對射長達5個小時。
荷蘭旗艦在西班牙人的第一次射擊被命中，整個船頭遭重炮直接撕裂。由於這些武裝商船的噸位大都小於西班牙運寶船，士兵的戰鬥素質也遠遠不如伊比利亞對手，所以打的非常艱難。他們嘗試以多艘船包圍700噸的伊卡納菲爾號，卻又在重炮和火繩槍的連番還擊下損失慘重。直到夜幕降臨，才由險些沉沒的旗艦帶頭，脫離與西班牙人的接觸。後者則在海戰中沒有任何人員陣亡。
荷蘭戰艦在面對西班牙船時毫無優勢
隨後，2艘大帆船回到呂宋的港口進行修補，並在4月中旬往南前去保護太平洋貿易航線。此時，兵力最為雄厚的第二艦隊已開始進攻三寶顏的西班牙據點。期望控制呂宋到香料群島之間的航線，並截獲當年從墨西哥駛來的白銀運寶船。但當地的30名西班牙駐軍，帶領著大量土著附庸進行了頑強抗擊。在長達2個月的炮擊和圍攻中，先後打死了100多名荷蘭士兵。等到2艘大帆船抵達戰場，東印度公司的艦隊又因不甘心失敗而繼續對峙了31天。
少量的西班牙駐軍 就可以抵禦大隊荷蘭人進攻
荷蘭指揮官此時做出判斷，自己的目標已經提前得到預警，會繞道附近水域去往馬尼拉卸貨。於是搶先率領7艘船離開，並將2艘西班牙大帆船從設防錨地中吸引出來。當發現體積較大的伊卡納菲爾號位置過於前突，又突然掉頭對其實施包圍。
結果，慘烈的海上對轟場面再次出現。西班牙旗艦依靠重炮火力與自身的堅固船體，在夜間的數小時內硬抗5艘荷蘭蓋倫帆船。落在後面的羅薩里奧號，在大分部時間內只能從遠處發炮支援。荷蘭人還在戰鬥間隙釋放1艘火船撲向伊卡納菲爾號，卻被對方的壓制性火力摧毀，幾次跳幫嘗試也都遭火槍手齊射阻擋。最後只等在天亮時揚長而去。
東印度公司的帆船 在單艦戰鬥力上落於下風
愈戰愈勇的西班牙人，則不經調整的立刻進行追擊。經過大半天的追趕，迫使荷蘭艦隊再次調頭決戰。結果，大型運寶船的優勢被進一步放大。在距離較遠的火炮對轟中壓制了東印度公司艦船，讓慣於使用較小噸位船舶的他們叫苦不迭。
慌亂中，荷蘭人再次釋放火船衝鋒，並特意安排2艘戰艦護送其靠近目標。然而，行動還是被大帆船的密集彈幕所遏制。提前被引爆的火藥，便將整艘船和上面的士兵都瞬間帶入海底。迫於無奈，荷蘭的第二艦隊又只能利用夜幕迅速脫離接觸。
橫渡太平洋的大帆船 無疑比荷蘭船隻更為堅固
此時，西班牙人覺得自己已獲得了完勝，進而開始放鬆對周遭海域的警戒。但從呂宋起航的聖迭戈號商船，還是在通過聖貝納迪諾海峽時，發現有3艘荷蘭戰艦在那裡來回巡弋。由於沒有強大的自衛火力，這艘幸運的帆船在奮力掙脫追捕後，將危險信號帶回了馬尼拉。西班牙當局立刻著手反擊，並再次將城市要塞的火炮裝載到聖迭戈號上加強武備。同時，還有新組建的輔助船隊，由1艘加萊槳帆船和4艘雙杆快船協同主力艦進行最後決戰。
本地土著的支持 讓西班牙人得以全力應付荷蘭對手
1646年的10月4日，雙方艦隊上演了這場馬尼拉戰役的最後一幕。由於伊卡納菲爾號被洋流帶離其他戰艦，遭到3艘最好的東印度公司戰船群起圍攻。其中就包括裝載40門火炮的艦隊旗艦，對老邁的西班牙大帆船形成嚴重威脅。然而，荷蘭人發現只有抵近射擊，才有可能將堅固的大帆船擊毀。但他們的靠近，又給西班牙人以釋放全部火力的機會。經過4個小時的激烈對轟，又是荷蘭人首先支撐不住。但突如其來的無風窘境，又讓3艘帆船無法立刻脫離接觸。聞風趕來的西班牙槳帆船，卻可以通過人力向他們繼續發起攻擊。直到海風重新吹拂戰場，才讓驚恐萬分的荷蘭人成功脫逃。
槳帆船的介入 讓西班牙人可以在無風時繼續進攻
至此，東印度公司策劃的這次馬尼拉戰役，就以徹底失敗而宣告結束。他們不僅為戰爭耗費了大量欠款，還付出了數百人傷亡的巨大代價。但卻只給看似弱勢的西班牙守軍，造成不足百人的損失。
此後，荷蘭人依舊能控制南洋的半壁江山，卻明白自己無力奪取西屬菲律賓的控制權。好在與他們勢不兩立的西班牙人，更沒有能力向南攻擊巴達維亞。日後的菲律賓與印尼兩國邊界，就在這樣的長期對立中孕育了雛形。
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