明清易代之際，儒家忠君愛國思想再度高揚，許多有志之士走上了反清復明的道路，也有一些人採取逃避隱居的辦法面對現實。然而清朝的政局日益穩固，復明的希望日益渺茫，能否堅守氣節，能否保持性情，是很多遺民面臨的艱難考驗。為此朱鶴齡提出了要保持“性情之正”的說法，希望大家守住氣節，心存明室。
朱鶴齡，字長孺，吳江人。明朝滅亡後，他閉門讀書，“晨夕一編，行不識途路，坐不知寒暑。人或謂之愚，遂自號愚菴。”嘗自謂“疾惡如仇，嗜古若渴。不妄受人一錢，不虛誑人一語”雲。
朱鶴齡早年以箋註杜甫、李商隱詩，聞名於世。明末清初是繼兩宋時期“千家注杜”以來杜詩學史上的第二個高潮，出現了眾多的名家與注本，其中朱鶴齡的《杜工部詩集輯注》是一部有集大成意義的杜詩注本，對兩宋以來的杜詩學資料進行了細緻又全面的總結及開拓，是後代研究杜詩的重要文獻。朱鶴齡另外一部《李義山詩集箋註》自刊行伊始便風行一時，旋即成為清代李商隱詩注的藍本。推求至隱的解讀，使李商隱一掃晚唐以來詭激輕薄的惡名，以心懷忠憤、寄託遙深的形象出現在這部箋註中。李商隱的“忠憤”在朱鶴齡的刻意選擇中漸漸明晰，吳地文人的集體記憶隱現其間。
朱鶴齡早期治學僅限於文章之學，後來結交顧炎武，與顧炎武同為驚隱詩社成員。顧炎武認為文章之學僅是小道，要治世安邦必須從本源上，對典籍進行梳理。朱鶴齡聽從了他的建議，著力於經學註疏及理學研究。
朱鶴齡認為，周易發展到宋儒已明，“左傳、國語所載的占卜之法，都是象數，語焉不詳，就撰易廣義略四卷。以蔡氏釋書未精，斟酌於漢學、宋學之間，撰尚書埤傳十七卷。以朱子掊擊詩小序太過，與同縣陳啟源參考諸家說，兼用啟源說，疏通序義，撰詩經通義二十卷。以胡氏傳春秋多偏見鑿說，乃合唐、宋以來諸儒之解，撰春秋集說二十二卷。又以杜氏注左傳未盡合，俗儒又以林氏注紊之，詳證參考，撰讀左日鈔十四卷。又有禹貢長箋十二卷，作於胡渭禹貢錐指之前，雖不及渭書，而備論古今利害，旁引曲證，亦多創穫。”可見朱鶴齡在學術上的貢獻都是有所指向，不僅站在學術前沿，而且都是站在時代思潮的大背景下，拾遺補闕，超越前賢。
朱鶴齡自為詩文，有《愚庵小集》十二卷。雖被收入《四庫全書》，但因其明朝遺民身份，受清廷文化政策影響，四庫館臣進行了不少刪改。其《書元裕之集後》雲：“裕之於元既踐其土茹其毛，即無反詈之理。乃分之詆詘不少避者，若欲掩其失身之事以避國人，非徒修也，其愚亦甚矣！”意在譏諷錢謙益之流進退失據，他羞與為伍。
在詩歌創作的思想內容上，朱鶴齡要求詩＂上之補裨風化，下之陶寫性情＂,主張“性情正”;又倡導“性情真”：詩必須真實地表達思想感情，有感而發，有為而作。在此基礎上，其卓有見識地強調人品正：只有高尚正直的人品，才能表達出正且真的性情。他論詩的藝術風格，提倡轉益多師、風格多樣化，主張兼容幷蓄，博採眾長。朱氏在詩學上識解宏通，影響深遠。後世學人和研究者都對他的杜詩研究評價很高。
朱鶴齡晚年寫過一首《酬姜如須見寄》很能表達他的憂憤：“支離一病嘆無憀，經案繩床對綠蕉。猿鶴化來機漸息，芝蘭焚後淚難消。鹿門本自甘遺散，皋裡憑誰慰寂寥。澤芷江蘺無限恨，頻傳莫惜五湖遙。”
朱鶴齡於七十八歲的時候去世。
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