西武1979
很高興能參與這一問題的回答。
首先要明確，大明王朝自開國皇帝明太祖朱元璋1368年建立，到1644年李自成大軍攻破北京，明朝的最後一位皇帝明思宗朱由檢自縊殉國，前後276載，共計十六位皇帝。也就是說，明朝有三位皇帝沒有葬在北京“十三陵”中。
第一位：明太祖朱元璋
1353年，朱元璋加入了濠州當地望族郭子興領導的“紅巾軍”之後，短短的三年他便率部攻取了當時重鎮應天府（即今天的南京）。朱元璋便以南京城為自己的根據地，實施“高築牆，廣積糧，緩稱王”的策略。經過了十多年的混戰之後，朱元璋成功擊敗了所有對手，定都於南京建立了大明王朝。因為南京從地理位置上來說是偏居一隅，並不便於明朝統治北方大部地區，為此朱元璋還多次派遣太子朱標前往各地考察新都選址。但是由於百廢待興拿不出修建新都城經費，再加上太子朱標意外去世等原因遷都只能不了了之。在洪武三十一年（1398年），朱元璋在南京病逝。朱元璋葬於南京城外的紫金山附近，這就是明孝陵。
第二位：建文帝朱允炆
朱元璋去世後他的孫子朱允炆繼位史稱建文帝，然而在“靖難之役”燕王朱棣中將自己侄兒打敗並奪取了其皇位。而南京城被攻破之後，後世人們關於朱允炆的下落就從來沒停止過猜測。有的說是死在了城破之時的熊熊大火之中；也有的說是在朱棣篡位後逃亡去了雲南，由當地望族沐英家族庇護；甚至還有說是坐船出海，去到了海外生活的。眾說紛紜成為了一個謎案。所以，建文帝朱允炆最後不知所蹤。
第三位：明代宗朱祁鈺
土木堡之戰大敗致使當時皇帝明英宗朱祁鎮也被瓦剌所俘，“國不可一日無君”明代宗朱祁鈺被眾人推上了皇位。但在他登上皇位之後，他不僅將原太子廢黜立自己兒子為新太子，還將被瓦剌放回明英宗朱祁鎮尊為太上皇（實則為囚禁）搞得怨聲載道。而就在他封自己兒子為太子還不到1年其子就患病去世，不久之後連他自己也身患重病。此時發動的“奪門之變”，被囚禁了數年的老皇帝朱祁鎮得以復位。為報復明代宗朱祁鈺，明英宗朱祁鎮也將他幽禁，不到一個月明代宗朱祁鈺便死在了宮中。朱祁鎮又剝奪了他的帝號給了一個諡號叫”戾”。而在朱祁鈺死後，最終也只得以親王的規格禮葬在了北京的西山。
一點愚見請多指正。
