義熙十三年(417年)9月，太尉劉裕入長安。下令將後秦諸公卿盡數處死，送姚泓至建康處斬。將長安的珍寶珠玉遍賜將士，率北伐眾將士拜謁漢高帝劉邦的陵寢，大會文武於故漢未央宮。
長安、洛陽皆已收復，劉裕準備遷都洛陽，來經略北方，王仲德勸諫道：“這種大事必然導致朝廷震動，如今大軍征戰在外已經一年多，將士們都思念家鄉，遷都之議恐怕不行。”劉裕又退一步，準備留在長安，整頓軍隊，為徹底穩定關中與討伐北魏做準備，但是他接到了自京口舉義旗以來最大的噩耗：劉穆之病故。
劉穆之卒。太尉裕聞之，驚慟哀惋者累日。
驚慟哀惋，極度的震驚和悲哀。劉裕知道，自己一生的功業，到此為止了。
劉穆之對劉裕來講，是一個特殊的存在。自京口舉義旗之後，劉穆之便進入劉裕幕府，此後，討桓玄、徵南燕以及歷次征伐，只要劉裕出征，劉穆之或者“事無大小，一決穆之”，或者“總攝內外”，為劉裕調度軍需物資，實在是最重要的下屬，當仁不讓的二把手。
前文曾經講過，劉裕雖然權勢已經位極人臣，但是東晉朝廷的士族門門閥內心裡是看不起他的。劉裕一直有著深深的自卑，而劉穆之從一舉一動開始教起，使得劉裕的所作所為符合當時士族的禮儀。劉裕的字寫得極為難看，劉穆之便告訴他：“寫字雖然是小事，但您身居高位，所寫之字定然會流傳甚廣，需要稍加留意。”劉裕卻依然寫不好，但是由於害怕別人嘲笑，就更想改變字跡，劉穆之建議說：“既然練不好，那寫字的時候便寫大一點，字大，可以隱藏一些缺點，而且顯得有氣勢。”自此之後，劉裕批覆公文的時候，一張紙通常就只寫六七個字，嘲笑的聲音也漸漸少了。後來劉裕回憶起來這些事情的時候說：“穆之死後，人輕易我。”劉穆之的去世不光從政治上帶給了劉裕巨大的打擊，更大的影響可能來自心理。義熙十三年的劉裕已經54歲了，而劉穆之去世的時候是58歲。兩人年紀相差不大，而劉裕此時最大的兒子，世子劉義符，年僅11歲。自己的位置十分尷尬，退一步為守藩之將，不說朝廷答應與否，多年南征北戰的將士是肯定不會答應的。只有進一步登基稱帝， 方才符合整個北府軍團的利益。可是此時功績已足，但若要稱帝，還需一些部署，劉穆之突然病故，要是自己再不幸身亡，則根本無人可以繼承事業，也是無人可以託付的。在多種因素的影響下，劉裕決定，撤軍。
蕭相守關成漢業，穆之一死宋班師。赫連拓跋非難取，天意從來未易知。
劉裕留次子劉義真為都督雍、梁、秦州諸軍事、安西將軍、領雍、東秦二州刺史。以長史王修輔佐，王鎮惡、沈田子、毛德租、傅弘之領兵協助。
東秦州。這一行政區劃的命令下來，隴右流亡到此的漢人們都明白了劉裕的意思，短時間內不會再西進了。但是緊接著，長安的民眾聽聞大軍即將東還的消息，徹底慌了神。三秦父老聞裕將還，詣門流涕訴曰：“殘民不沾王化，於今百年，始睹衣冠，人人相賀。長安十陵是公家墳墓，咸陽宮殿是公家室宅，舍此欲何之乎！”
眾多民眾到軍營哭訴：“我們在胡人的統治下，百年未見漢人衣冠，所以朝廷軍隊到來之時，人人稱賀。長安的陵寢是朝廷祖宗之墳墓，長安的宮殿是朝廷當年的宅邸，如今捨棄這些卻要去哪裡呢？”劉裕聽聞之後，甚是痛心，但局勢如此，不得已而東還，於是下書告訴民眾說：
“受命朝廷，不得擅留。誠多諸君懷本之志，今以次息與文武賢才共鎮此境，勉與之居。”
藉口而已。誰人不知，此時劉裕要是往西，朝廷是決然不敢往東的。崔浩的話，一語成讖：“劉裕之平禍亂，司馬德宗之曹操也！”義熙十三年(417年)12月，在停留關中3個月後，太尉劉裕自長安出發，由洛水入黃河，從疏通開的汴渠東歸。
祖宗遺憤，雪於一旦，最終，也毀於一旦。
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