千岛湖是国家I类水体，是浙江省、杭州市的绿色天然屏障。从灌溉航运到发电旅游，再到备用水源和饮用水源，千岛湖功能变迁给淳安县保护与发展提出了日益严峻的挑战。尤其是在成为正式饮用水源后，淳安县高质量保护与发展的资金瓶颈特别突出。
首先，千岛湖水生态保护补偿一直以政府为主，但随着水源功能变化和配水工程的建设，受益的市场主体边界越发清晰，补偿主体也应由单一的政府补偿向包含政府、用水户、社会群体的多元补偿主体转变。淳安县是国家重点生态功能区，千岛湖生态补偿政府主体包括国家、省、市、县四级。而在千岛湖配水工程通水后，随着“谁用水”和“用多少”等信息明确，由单一的政府补偿转向由政府和市场相结合的补偿方式是大势所趋。
其次，完善千岛湖水生态补偿机制需要体现完整的生态补偿思想，即需要对每一类因保护千岛湖水生态环境而承受利益损失的主体给予补偿。在体现“谁保护，谁受益”原则的同时，千岛湖水生态补偿不仅需要补偿保护者的直接投入或损失，而且需要补偿保护的机会成本，包括补偿政府的环保投入和税收损失，补偿企业的利润损失，补偿居民的收入损失和心理落差等，从而使参与千岛湖水生态保护的政府、企业、居民能共同受益。
最后，补偿标准与测算方法密切相关。传统的测算方法包括机会成本法、排污权价格法、水权交易法等，它们旨在基于单一参照对象测算淳安县因为保护千岛湖而面临的成本或损失。这四种方法下的测算结果相对一致，即15.90-28.40亿元之间。当使用支付意愿法基于下游地区用水户的主观意愿进行生态补偿金额评估时，杭州地区市民对淳安县进行水生态补偿的支付意愿评估值在9.11-15.20亿元之间。若引入潜在受水地嘉兴的生态补偿支付意愿，评估值可以达到11.11-23.29亿元，接近其它四类方法下的水生态补偿金额。
围绕如何完善千岛湖水生态保护补偿机制、优化千岛湖水生态补偿框架，宁波大学商学院谢慧明教授等提出了对策建议，具体内容如下：
第一，需要统筹黄山、淳安和建德关系
需要在现有生态补偿框架基础上构建多层级水生态补偿机制，包括新安江流域跨界生态补偿机制、杭州市生态补偿机制和千岛湖配水工程专项生态补偿机制。通过新安江流域跨界生态补偿机制协调与黄山的关系，通过杭州市生态补偿机制协调杭州与淳安的关系，通过探索建立千岛湖配水工程专项生态补偿机制协调淳安与建德的关系。
第二，需要理顺政府与市场的作用关系
在未来一段较长时期内，政府依然会主导生态补偿的地区实践。因此，在处理当地政府与国家电网关系时应以千岛湖功能变化为依据收归管理权限，至少是水资源的调度权限。在处理当地政府与居民关系时应以提高百姓获得感为标准配置补偿资金，至少让淳安居民在配水工程补偿中有实质性获得。在处理当地政府与市场的关系时应以市场化为原则提高补偿标准，至少可以局部试点市场化补偿标准，包括推进产业富民、实行水权交易、完善“飞地”模式等。
第三，需叠加居民生态支付的补偿机制
多元补偿主要是指补偿主体多元。多元补偿主体可以指不同层级政府，如中央政府、浙江省政府和杭州市政府等；也可以指同一地方政府的不同部门，如林水口的工程补偿和环保口的治理补偿等；还可以指排污企业或受益居民等。推进多元水生态补偿机制需要注意以下几个环节：加强政府宏观调控，明确多元补偿中的政府定位；让生态支付成为生态补偿资金的必要组成部分；在阶梯水价制度框架下体现水资源的优质高价。
第四，需要厘清补偿边界完善补偿框架
一方面需要厘清保护性补偿、破坏性赔偿和上级财政转移支付的边界，为淳安能够争取到更多生态保护奖惩资金提供依据。另一方面，需要完善千岛湖水生态补偿框架，在理清补偿边界的基础上明确生态补偿资金来源，为淳安争取到更多的生态补偿资金开辟渠道。在纵向和横向一体化的补偿体系中，千岛湖水生态补偿的主体包括政府、企业和居民三类；各类主体之间的补偿方式可以是纵向财政转移支付、横向财政转移支付、水价加成、提高水资源费等多种方式的综合。
第五，生态补偿可以与其他财政支持政策并存
生态补偿是专题性补偿。对于即使不承担特殊生态保护任务的区域同样也需要上级政府托底。因此，生态补偿与其他财政支持政策可以同时并存。对淳安县而言，即使给以每年20亿元的生态补偿资金，仍然不能解决淳安的所有问题。因此，还需要两大政策予以支持：一是生态补偿以外的财政转移支付，以解决加快发展县和沿湖整治的托底资金所需；二是支持淳安县在坚持保护优先的前提下走绿色发展之路，例如以生态旅游为主的绿色服务业、以生态水业为主的绿色工业、以生态农产品为主的绿色农业等。
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