首先，为什么清算张居正？肯定是多方面的因素综合在一起，在官场的铁腕阴狠手段，官场树敌太多，个人僭越的行为等等都可以算，最后在万历十五年一件小事压死了骆驼。彻底清算的种子在万历心中埋下了。我觉得主要原因还是皇权的绝对权威被挑战了。下面详细说一下原因。一、大的时代背景。
明嘉靖帝开始，由于疏于朝政，长期不上朝，虽然没有让国家有什么大的动，乱，国家机器正常运行，但是朝中开始形成了不同利益代表集团：党派，从万历往后不断发展壮大，党派之间的争斗不断加深，这就是明代灭亡的一股重要的催化剂：党争！不同党派之间的攻击在后来越发严重，皇帝都控制不了。
二、张居正的功绩。张居正经历三朝，从嘉靖到隆庆再到万历，从小学徒慢慢成长成内阁首辅，47岁那年正式从“进修班”毕业，期间经历过徐阶扳倒严嵩集团，高拱挤掉徐阶，最后自己亲手干掉高拱，开始了历史上轰轰烈烈的万历改革，采用了“一条鞭法”、“考成法”等等一系列铁腕整治措施，个人性格极其张扬，政治上铲除政见相左者，经济上让万历朝国库丰盈，人民生活水平也有了提高，绝不夸大，张居正的改革让明朝实现了“中兴”，为其续了一口气，不然，明朝灭亡很可能会提前很多年。
三、这是万历其人。万历是一个从小和太监冯保非常亲近的小皇子，由于明朝特殊的政治制度，导致宦官在皇帝的人生旅程中占有比较重要的地位。而他个人的成长还离不开两个人：他母亲和张居正。母亲是亲人，张居正是他老师。野史喜欢说他母亲和张居正有一些故事，这个不做评论，野史岂能当真？万历成年之后，张居正依旧大权在握，执行着自己的改革计划。万历早年还算勤政，但是到了后期，开始了长达28年不上朝的记录，而且后来还不愿意立太子，谁触碰这个问题就罢免谁（这一点很有意思，你慢慢看，我觉得也和清算张居正事件有关）。四、清算张居正主要原因。万历上台时，是其母亲听政，张居正当主心骨管理国家。
后来一系列的铁腕改革措施都是由张居正主张，皇帝象征性的同意然后去执行的，底下的官员都知这是张首辅的政治主张，而不认为这是天子的智慧命令。后来改革成效很好，国家实现了“中兴”，但是普通人民心中记住的依旧是张居正这个人（不排除官场会存在对于张居正的恶评以及声讨）。老百姓感恩戴德第一位的不是皇帝，而是张居正。这个在万历逐渐长大的心里，至少作为一个皇帝心里应该是很难承受的吧。而在他死后，普通老百姓依旧忘不了这位大恩人，在全国建祠堂祭拜，日常聊天感恩这位改革家，普通百姓知道他劣迹的也不算多，就算多也是功大于过的恩人。明代间谍和舆论监控系统非常完善，普通老百姓对于皇帝的评价当然会被万历知道。
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