東漢熹平年間，鉅鹿人張角創立“太平道”，奉行黃、老道，依託行醫在民間傳道。早在漢順帝時，就有一本宣稱是于吉所著的《太平清領書》的道教著作在民間流傳，符水治病救人自然不是靈丹妙藥，打著“心誠則靈”的旗號，一旦有患者自愈，那便容易形成信仰，用以發展教徒。
在靈帝時期，天災，瘟疫不斷，張角以治病救人的方式傳教，太平道得到迅速擴展。
張角自稱”大賢良師”，派弟子八人傳道四方，在十餘年間太平道信眾達到數十萬，連結郡國，青、徐、揚、荊、冀、兗、幽、豫這八州的人，從社會底層的百姓到上層官員，都有人參與其中。
隨著教徒的增多，張角將教徒分為三十六方，大方一萬餘人，小方六七千人。
而且他們在京城寺門及州郡官府以白土寫“甲子”兩個字，因為光和七年是甲子年，並且揚言“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”。
前期工作做好後，張角準備在光和七年（184）的三月五日起事。
大方渠帥馬元義首先在荊州、揚州收服了數萬教徒，並與中常侍徐奉、封諝聯絡往來，以他們為內應，準備裡應外合一舉起義。
光和七年二月，張角的弟子唐周做了叛徒，向朝廷告發張角謀亂的計劃，漢靈帝緊急召集朝官商議對策，並派人嚴查京師的太平道教徒的情況，整個京師被捕殺千餘教徒。馬元義、徐奉、封諝都被車裂處死。
張角也被朝廷通緝，他知道事情敗露，便立即起義。張角自稱“天公將軍”，其弟張寶、張梁分別為“地公將軍”、“人公將軍”。
因為他們以黃巾為標誌，時人謂之“黃巾”，亦名為蛾賊。
三月三日，漢靈帝以何進為大將軍鎮守都城，並且在京師周圍設置函谷、廣成、太谷、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小孟津八關都尉，並且接受了北地太守皇甫嵩、中常侍呂強的建議，在三月七日解除了持續十四年之久的黨錮政策。
漢靈帝命令皇甫嵩和朱儁擔任左、右中郎將討潁川黃巾，北中郎將盧植討冀州黃巾，江夏都尉秦頡與荊州刺史徐璆討南陽黃巾。
潁川黃巾由波才率領，朱儁和皇甫嵩各領一軍，朱儁先與波才交戰，敗。
而後，朱儁和皇甫嵩被波才圍困於長社，五月，皇甫嵩兵分兩路，採用火攻之計，並且當時是騎都尉的曹操正好率軍支援，皇甫嵩、朱儁和曹操合兵而戰，斬殺數萬人。
皇甫嵩和朱儁乘勝追擊波才於陽翟，擊彭脫於西華，並且征討汝南、陳國的黃巾軍，此後，按照朝廷部署，皇甫嵩進軍兗州，朱儁進軍荊州南陽。
八月，皇甫嵩在蒼亭與黃巾軍決戰，護軍司馬傅燮擒獲卜巳、張伯、梁仲寧三名渠帥，功高居首。
冀州黃巾由張角兄弟等人率領，盧植率軍一路連戰連勝，逼退張角至廣宗。
此時漢靈帝派宦官小黃門左豐視察，因為盧植沒有給左豐賄賂，左豐回去後誣陷盧植圍而不攻，因此盧植被漢靈帝召回，派董卓接管盧植的指揮權。
但是董卓在圍攻下曲陽兩個月後，仍然沒有取得進展，而皇甫嵩此時已經平定兗州，所以朝廷又罷免董卓，令皇甫嵩北上冀州。
皇甫嵩到冀州後不久，張角逝世。十月，皇甫嵩和張角弟弟張梁戰於廣宗，大破張梁。皇甫嵩隨後將張角剖棺戮屍，傳首京師。十一月，皇甫嵩和鉅鹿太守郭典又攻破張寶據守的下曲陽城，斬殺十多萬人。
荊州南陽黃巾軍由張曼成率領，張曼成自稱“神上使”。三月，張曼成率領數萬黃巾軍攻殺南陽郡守褚貢，在宛城屯兵一百多天，後來繼任的南陽太守秦頡擊殺張曼成。
張曼成死後南陽黃巾軍以趙弘為帥，並且佔領宛城，當時南陽黃巾軍已經有十多萬人。
從豫州戰場增援的朱儁，聯合荊州刺史徐璆以及秦頡合兵圍攻趙弘，僵持兩個月。
後來朱儁急攻，斬殺趙弘，南陽黃巾又以韓忠為帥，朱儁採取緩兵之策，趁勝北追，韓忠投降，但因秦頡對韓忠有私仇，擅自將韓忠誅殺，導致黃巾又再次叛變，推舉孫夏為統帥。
朱儁再次討伐，將孫夏擊殺於西鄂精山，斬殺萬餘人，餘下的南陽黃巾軍才潰散。
張角於光和七年（184）二月起義，年末時黃巾軍主力被消滅，該年因此而改元為中平元年。
主力被消滅後，黃巾軍餘孽猶存。從中平二年到中平五年，揚州、滎陽、西河、益州、汝南、青、徐州、葛陂、白波等地都發生過黃巾軍叛亂，當時的東漢政府也是一直派兵去鎮壓。
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