东汉熹平年间，巨鹿人张角创立“太平道”，奉行黄、老道，依托行医在民间传道。早在汉顺帝时，就有一本宣称是于吉所著的《太平清领书》的道教著作在民间流传，符水治病救人自然不是灵丹妙药，打着“心诚则灵”的旗号，一旦有患者自愈，那便容易形成信仰，用以发展教徒。
在灵帝时期，天灾，瘟疫不断，张角以治病救人的方式传教，太平道得到迅速扩展。
张角自称”大贤良师”，派弟子八人传道四方，在十余年间太平道信众达到数十万，连结郡国，青、徐、扬、荆、冀、兖、幽、豫这八州的人，从社会底层的百姓到上层官员，都有人参与其中。
随着教徒的增多，张角将教徒分为三十六方，大方一万余人，小方六七千人。
而且他们在京城寺门及州郡官府以白土写“甲子”两个字，因为光和七年是甲子年，并且扬言“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”。
前期工作做好后，张角准备在光和七年（184）的三月五日起事。
大方渠帅马元义首先在荆州、扬州收服了数万教徒，并与中常侍徐奉、封谞联络往来，以他们为内应，准备里应外合一举起义。
光和七年二月，张角的弟子唐周做了叛徒，向朝廷告发张角谋乱的计划，汉灵帝紧急召集朝官商议对策，并派人严查京师的太平道教徒的情况，整个京师被捕杀千余教徒。马元义、徐奉、封谞都被车裂处死。
张角也被朝廷通缉，他知道事情败露，便立即起义。张角自称“天公将军”，其弟张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”。
因为他们以黄巾为标志，时人谓之“黄巾”，亦名为蛾贼。
三月三日，汉灵帝以何进为大将军镇守都城，并且在京师周围设置函谷、广成、太谷、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小孟津八关都尉，并且接受了北地太守皇甫嵩、中常侍吕强的建议，在三月七日解除了持续十四年之久的党锢政策。
汉灵帝命令皇甫嵩和朱儁担任左、右中郎将讨颍川黄巾，北中郎将卢植讨冀州黄巾，江夏都尉秦颉与荆州刺史徐璆讨南阳黄巾。
颍川黄巾由波才率领，朱儁和皇甫嵩各领一军，朱儁先与波才交战，败。
而后，朱儁和皇甫嵩被波才围困于长社，五月，皇甫嵩兵分两路，采用火攻之计，并且当时是骑都尉的曹操正好率军支援，皇甫嵩、朱儁和曹操合兵而战，斩杀数万人。
皇甫嵩和朱儁乘胜追击波才于阳翟，击彭脱于西华，并且征讨汝南、陈国的黄巾军，此后，按照朝廷部署，皇甫嵩进军兖州，朱儁进军荆州南阳。
八月，皇甫嵩在苍亭与黄巾军决战，护军司马傅燮擒获卜巳、张伯、梁仲宁三名渠帅，功高居首。
冀州黄巾由张角兄弟等人率领，卢植率军一路连战连胜，逼退张角至广宗。
此时汉灵帝派宦官小黄门左丰视察，因为卢植没有给左丰贿赂，左丰回去后诬陷卢植围而不攻，因此卢植被汉灵帝召回，派董卓接管卢植的指挥权。
但是董卓在围攻下曲阳两个月后，仍然没有取得进展，而皇甫嵩此时已经平定兖州，所以朝廷又罢免董卓，令皇甫嵩北上冀州。
皇甫嵩到冀州后不久，张角逝世。十月，皇甫嵩和张角弟弟张梁战于广宗，大破张梁。皇甫嵩随后将张角剖棺戮尸，传首京师。十一月，皇甫嵩和钜鹿太守郭典又攻破张宝据守的下曲阳城，斩杀十多万人。
荆州南阳黄巾军由张曼成率领，张曼成自称“神上使”。三月，张曼成率领数万黄巾军攻杀南阳郡守褚贡，在宛城屯兵一百多天，后来继任的南阳太守秦颉击杀张曼成。
张曼成死后南阳黄巾军以赵弘为帅，并且占领宛城，当时南阳黄巾军已经有十多万人。
从豫州战场增援的朱儁，联合荆州刺史徐璆以及秦颉合兵围攻赵弘，僵持两个月。
后来朱儁急攻，斩杀赵弘，南阳黄巾又以韩忠为帅，朱儁采取缓兵之策，趁胜北追，韩忠投降，但因秦颉对韩忠有私仇，擅自将韩忠诛杀，导致黄巾又再次叛变，推举孙夏为统帅。
朱儁再次讨伐，将孙夏击杀于西鄂精山，斩杀万余人，余下的南阳黄巾军才溃散。
张角于光和七年（184）二月起义，年末时黄巾军主力被消灭，该年因此而改元为中平元年。
主力被消灭后，黄巾军余孽犹存。从中平二年到中平五年，扬州、荥阳、西河、益州、汝南、青、徐州、葛陂、白波等地都发生过黄巾军叛乱，当时的东汉政府也是一直派兵去镇压。
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