1948年11月4日，日本東京遠東國際軍事法庭宣讀長達1136面的判決書，宣佈：確認日本有對中國進行侵略戰爭及對蘇聯、美國、英國與其他盟國進行類似戰爭之罪。認為“九·一八”事件是第二次世界大戰的導火線，日本是中日戰爭的侵略者。松井石根、武藤章、廣田弘毅、梅津美治郎及賀屋興宜等人，應對日本佔領南京後，6周內屠殺中國人民30萬人之世界暴行史上最殘酷的事件負責，東京審判是繼紐倫堡審判之後的另一重要審判。1946年5月3日上午，遠東國際軍事法庭在東京正式開庭。11國法官組成軍事法庭，審理了25名被告，有419名證人出庭作證，法庭處理的書面證據達4336件、判決書長達幾十萬字，審判歷時兩年多，是人類歷史上規模最大的一次國際審判，也是二次大戰結束後世界上發生的重大政治事件之一。
判決書指出，日本暴行的證據為數眾多，不可能一一列舉，法庭只能就確定大批屠殺並虐待戰俘與和平居民的罪行及國際公約所規定的其他戰爭犯罪的各種證據，作出一般的結論。
1．對中國人民的屠殺：僅以“南京大屠殺”為例，被殺人數就達20萬人以上，還不包括被日軍焚燒的屍體、投入長江或用其他方法處置的人。日本法西斯姦淫燒殺，劫掠財物，無惡不作。2．對太平洋地區各國人民的屠殺：他們曾在馬來亞的亞歷山大醫院、泰國的瓊蓬角、荷屬東印度的望涯群島、蘇門答臘的庫達拉查、爪哇的加達爾巴士等100多個地方實施了大規模屠殺，其暴行駭人聽聞。例如：日軍將婦女強姦後，把汽油澆在她們頭上點火焚燒。3．拷問和其他非人道待遇：日軍在其鐵蹄所及之處，對被拘禁的俘虜與和平居民實施了慘無人道的酷刑，包括烙刑、電刑、懸吊、坐釘板等。4．解剖活人和吃人肉：實施解剖活人暴行的不僅有日本軍醫，還有其他軍人。如在菲律賓，日軍抓住了一個年輕婦女，將她的乳房和子宮割去。1944年底，日本第十八軍司令部曾發出命令，讓部隊吃盟軍的屍肉。
遠東國際軍事法庭經兩年多時間的審訊，宣讀了對東條英機等25個被告的個別判決及科別。東條英機、土肥原賢二、廣田弘毅、坂垣徵四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章7人被判處絞刑；荒木貞夫、橋本欣五郎、田俊六、平沼騏一郎、梅津美治郎等16人被判處無期徒刑，東鄉茂德被判處有期徒刑20年；重光葵被判處有期徒刑7年。
紐倫堡審判和東京審判是第二次世界大戰結束後的兩大國際事件。此後，隨著對關押在遠東各國(主要是蘇聯和中國)的其他日本戰犯罪行調查的深入，日本法西斯的種種罪行進一步被揭露。在此情況下，蘇聯政府組成特別軍事法庭，於1949年12月25日至30日，在伯力城(哈巴羅夫斯克)對以日本關東軍731部隊為主的12名戰犯因準備和使用細菌武器被控一案進行審判，這就是著名的伯力審判。
此外，在中國也舉行了多次審判。1946年2月，中國國民黨政府組成了“國防部審判戰犯軍事法庭”，開始對侵華日軍乙、丙級戰爭罪犯2000餘人的審判工作。國民黨政府分別在南京、上海、北平、漢口、廣州、瀋陽、徐州、濟南、太原、臺北等地成立審判戰犯的軍事法庭，南京大屠殺的劊子手谷壽夫等一批罪大惡極的戰犯被判死刑，在南京執行槍決。
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