宫本武藏于天正十二年（1584年）出生于日本冈山县英田郡大原町宫本 。
小时候跟从父亲新免无二之助一提真学习当理流兵法。在《五轮书》中，自述在十三岁初次决斗战胜了“新当流”的有马喜兵卫，十六岁击败但马国刚强的兵法家秋山，二十一岁赴京都，与来自各国的兵法家交手，从十三岁到二十九岁，决斗六十余次，没有一次失手。剑术以外还是手里剑和体术（徒手武术）等多种多样武术的高手，二十来岁已经开创一派号称“圆明一流（圆明流）”；庆长十年（1605年）写下剑术书《兵道镜》。宽永年间（1624年～1644年）完成二刀的兵法，号称“二天一流”。武藏的决斗事迹中，最广为人知的莫过于“严流岛决斗”，也就是在庆长年间在长门国（今本州山口县下关市）的舟岛（浮在关门海峡上的严流岛/舟岛），与严流的剑客佐佐木小次郎对决的故事。大部份人认为宫本武藏在这次决斗中战胜了佐佐木小次郎，但实际上决斗的经过、胜败、甚至宫本武藏的对手到底叫什么名字，不同资料的记载亦有不同，仍然有待查证。此外，亦有传当时佐佐木小次郎被宫本武藏击晕而放在船上，后由德川家康暗中杀死。
大坂之役（大坂冬之阵与大坂夏之阵）之中，宫本武藏以丰臣军名份参战的故事，实为稗官野史詄闻毫无根据之误传。实际上武藏是以水野胜成的客将以德川军名义参阵之。与水野胜成的嫡长子胜重（又名水野胜俊）活跃的战迹，亦在数个历史文献中记载。
之后宫本武藏在姬路城主本多忠刻的交涉下，参予了明石的町割(都市计划)，以及姫路、明石等城寨、寺院的修筑建设。根据《海上物语》，武藏也在这个时期和梦想权之助（神道梦想流祖师）在明石进行决斗比试。
元和初年（1615年），宫本武藏收水野家臣中川志摩助的三男，中川三木之助为养子，并推荐三木之助出仕姬路城主本多忠刻。然而三木之助却在宽永三年（1626年），为了本多忠刻亡故而殉死。于是武藏只好在三木之助死后，收播磨武士侍田原久光的次男伊织成为养子。宫本伊织后来出仕明石城城主小笠原忠真，在宽永八年（1631年）年仅20岁时便成为小笠原家的家老。
宽永十五年（1638年），岛原之乱爆发，小仓城主小笠原忠真与恃从伊织出阵镇压之，武藏与忠真外甥中津城城主小笠原长次也参阵其中。岛原之乱后从武藏寄给延冈城主有马直纯的书信中，写着“我不会再被石头打到了”的纪录看来，武藏有被当时岛原一揆军投石击中而负伤。另外，在小仓寄宿之中，武藏依忠真之命与宝藏院流枪术的高田又兵卫比武。
宽永十七年（1640年），宫本武藏受熊本城主细川忠利邀请移驻熊本正式教授兵法。同时开始写下兵法理论的著作，称为“兵法二天一流”。
宽永二十年（1643年）十月，宫本武藏登上九州肥后岩户山（今熊本市附近），并闭居山下的灵岩洞，开始执笔撰写《五轮书》。
正保二年（1645年），武藏把二书《独行道》与《五轮书》合称为《自誓书》并授与弟子寺尾孙之允，《五方之太刀道序》、《兵法三十五箇条》传给寺尾求马助信行。6月13日，武藏于千叶城的武士居所去世，享年六十二岁。墓地葬熊本市弓削的武藏冢。北九州市手向山则有养子伊织立的‘新免武藏玄信二天居士碑’，该碑文为伊织与武藏关系的最古老纪录，通称“小仓碑文”。
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