公元1628年，天啟皇帝向遠在澳門的葡萄牙人下達了一份詔書，其中明確要求葡萄牙人在中國的地盤上應該為皇帝效力，澳門的葡萄牙勢力還比較弱小，不得不選擇服從命令。於是在崇禎二年，32個葡萄牙教習攜帶槍炮到北京教習明軍運用火炮，後來這32位葡萄牙教習跟隨明軍一起抵抗清軍進攻，在戰爭中充分發揮了火炮作用，清軍被打的潰不成軍，受到了巨大損失。
因作戰有功，崇禎還親自嘉獎了葡萄牙人，而徐光啟進一步堅定了信心，又進一步建議皇帝，利用葡萄牙人的火槍火炮繼續武裝明軍部隊，組建15支火器營，塑造新軍，崇禎皇帝接受了這一建議，徐光啟很快便命自己的門生孫元化組建軍隊，並在東北大顯神威，打死清軍六七百人，如果孫元化此支新軍練成，那麼明末形勢將完全逆轉，八旗軍和農民起義軍將會被徹底消滅，具體情況請參考清末八旗軍與英法聯軍的對打，然而正在生死存亡關頭，孫元化部下孔有德等人突然叛變，導致這一計劃還未完全實施便流產了。
這32名葡萄牙人在此次叛亂中有12人被殺，15人身負重傷，雖然是西洋人士，但他們盡職盡責，沒想到卻慘遭殺害，諷刺的是孔有德等人將明軍中的三百多門火炮帶走送給了皇太極，徐光啟嘔心瀝血創造的軍事成果就這樣被叛徒拱手送給了別人，後來清軍用孔有德獻上的火器反攻明軍，在火器軍事力量上完全超過了明朝。
然而這次軍事重創並沒有打倒徐光啟，徐光啟又在1632年上奏崇禎，到澳門直接招募百名葡萄牙士兵，與後金開戰，雖然中國的史料中並沒有對此事有過多的記錄，但是學者在葡萄牙的一座圖書館的檔案中卻發現了徐光啟當年送給澳門葡萄牙士兵的兩封信，信中的內容大體如下：
“我們對天主充滿信心, 知道隨著他們的到來, 戰爭很快便會結束。 此事成功後將會給澳門以及天主教在華傳播帶來積極影響。”
最終，一支由葡萄牙人組成的320名士兵帶著火槍火炮組成了一支僱傭軍軍隊，準備北上抗清，然而就在此時，崇禎皇帝卻下令要求原地解散這支葡萄牙軍隊，原來，當時朝廷中的部分官員擔心會引狼入室，導致葡萄牙人藉機篡奪政權，其實時任禮科給事中的盧兆龍反對的最激烈：
“ 堂堂天朝，精通火器、能習先臣戚繼光之傳者， 亦自有人，何事外招遠夷，貽憂內地，使之窺我虗實， 熟我情形，更笑我天朝之無人也？”
崇禎皇帝聽完其一番高論之後，終於下定決心，解散葡萄牙人武裝，當然崇禎當時的顧慮是有道理的，但是卻陰差陽錯錯失了最後一次復興的機會，葡萄牙人雖然在戰場上作戰勇敢、盡職盡責，卻始終沒能得到崇禎皇帝的信任，如果這支葡萄牙軍隊能夠開赴遼東前線，或許戰局將為之一變，可是崇禎皇帝一道命令便將徐光啟的苦心打擊的粉碎，最終大明王朝只能走向了滅亡。
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