以1958年9月为界分割，在此之前主要是水俣市的渔协与工厂方进行交涉。但当水俣工厂改变排水的管道，导致污染蔓延到整个不知火海区域以后，不只是水俣市渔协，熊本县其他渔村的村渔协，甚至熊本县的县渔协都被动员了起来与工厂方进行交涉。但也正是如此才使得熊本县政府不得不出面调停，最终使得事件初步得到解决。
1957年1月17日，水俣市渔协向水俣工厂发去了第一份言辞客气的要求书，提出了停止污水的直接排放和设置净化装置证明排放的水无害两个要求。渔协的要求遭到了工厂方的无视，2月20日第二份要求书又送到了工厂方，尽管在语气上已经有了不悦，但还是表达了希望工厂方表现出对话的诚意的要求。两天后，仍未收到结果的渔协向县知事樱井三郎呈递了陈情书。但陈情书的内容却停留在渔民的困苦上，而对县政府的诉求也只是消除水俣市民的不安和支持渔民的产业。终于在3天后的2月25日，工厂长西田荣一给出了第一封答复书，简单回答会就渔获量减少的状况进行调查研宄，但是工厂区去年开始对酸性的物质进行中和处理，对沉淀池和排水沟也进行了清扫，因此与工厂方应该是没有关系的，但还是会进行调查。
由于在之前新日本窒素公司就与渔协方就工厂排放的废水可能造成的渔业减产做出了赔偿，因此工厂方对渔协的要求冷淡回应是可以预见的。而在水俣病扩大到这个不知火舞海沿岸之前，工厂方与渔协方的沟通一直是不紧不慢地进行，而渔协的重点则是和水俣市与熊本县的渔业部门，就对渔民的补助和渔业产业转换坐着讨价还价的交涉。其他的渔协也作为受害方与水俣工厂进行交涉，双方的交锋才激烈了起来。
随着1959年7月熊大研究班有机水银说的发表，交锋被推向了高潮。8月6日，水俣渔协渔商协会，纠集了400余人来到工厂，向工厂发提交了新的要求书，要求工厂方赔偿1亿日元作为对其责任的追究，在这一过程双方发生了肢体的冲突。在这样的情境下，工厂方当然不会接受这样的条件。但尽管不承认自己负有责任，工厂方宣称适度地增加赔偿额度还是可以考虑的。工厂方的态度不仅仅被自己所贯彻，也是政府方所奉行的，因为在这一时期无论是政府还是窒素公司，乃至水俣当地人都将这一事件视为可以用赔偿来摆平的事件。而且赔钱作为最直接，最能为人接受的手段，也会使得原本是一个整体的斗争集团很快就出现裂痕乃至分裂，加快事件的解决速度。于是水俣市政府加入到双方的斡旋当中，希望可以尽快通过经济上的补偿平息这一事件。
水俣市政府这样的举动给了渔民们一种错觉，常规的陈情无法获得政府快速的反应，只会将所有事情都陷到开会、讨论的泥潭里，而游行、抗议这样更为激烈的手段反而能引起足够的重视。于是10月份熊本县渔联召开了渔民大会，提出了停止排放、处理污染物、赔偿、政府发表原因、工厂方承担责任等要求。要求再次被工厂方无视后，11月愤怒的渔民闯入了水俣工厂，双方发生了激烈的冲突，市政府不得不出动警察来维持秩序。被情绪煽动的渔民与警察也起了冲突，最后造成了百人负伤的暴动事件。但这样的行为非但没有获得社会的同情，在水俣当地反而结成了保护工厂的联盟，使得渔民和受害者的索赔更加的艰难。
最终在双方都被折磨得筋疲力尽的情况下，县知事寺本广作介入斡旋，终于在1959年12月30日达成了初步的赔偿协定。但是无论是工厂方还是县政府都表示这是在原因不明阶段所做出的主张，并不代表工厂方担负起所有的责任。因此在1959年底，水俣病并不能说结束，只能算是暂时平息了眼前的风波。
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