油用牡丹產業，育種為先。只有在品種選育工作中不斷取得新突破，才能在油用牡丹產業中保持領先地位。
一、現有油用牡丹品種
在原衛生部的批覆文件中，明確可以用於加工牡丹籽油的牡丹品種有兩個：鳳丹白和紫斑。現有的油用牡丹品種只不過是傳統牡丹品種的再利用，比如鳳丹品種早就存在，只是原來利用的是根皮，現在利用的是種子，而並不是嚴格意義上的新品種。
鳳丹白
鳳丹白也稱鳳丹，多年生矮灌木，中原品種，也是傳統的藥用牡丹種植品種，根皮可以入藥，稱為丹皮，主要用於生產六味地黃丸等十多種傳統中藥，是中國40宗大藥材之一。鳳丹耐旱耐貧瘠，半耐陰，瓣化程度低，花色以白為主，雜以粉色，種、苗資源多，適種範圍廣，是目前油用牡丹主推品種。在安徽銅陵，曾經有8個月未下雨而鳳丹未乾死的記錄。
紫斑屬於西北品種群，集中在甘肅，較耐寒。但紫斑品種分化比較嚴重，且種苗資源很少，價格高，短期內很難大面積推廣。
二、油用牡丹新品種途徑
油用牡丹的育種目標主要是培育結籽率高、產油率高、適宜性強的油用牡丹優良品種。牡丹育種主要通過以下途徑：
1、引種馴化
引種馴化是豐富原種原始材料的捷徑，也是品種改良的基礎工作。種質資源包括野生種、半野生種、近緣種、地方品種及新品種等。中國國內以及日本、歐美各國對中國牡丹有過較長的引種栽培和馴化改良的歷史。
大花黃牡丹（引自西藏）
2、芽變選擇
芽變選擇是獲得新品種的重要途徑。當牡丹栽培個體受到環境條件、栽培技術以及體內代謝的影響時，都有可能發生體細胞突變，進而形成芽變。芽變選擇自宋代起就成為新品種起源的重要方式，至今仍在發揮著重要作用。育種者需要經常觀察，一旦發現優良性狀變異，應立即標記，並及時通過嫁接等方法將芽變固定下來。由於中原牡丹栽培歷史悠久，遺傳基礎複雜，在大量的栽培群體中，常常可以發現某些品種個別單株的株型、葉型、花型、花色、抗逆性等性狀變異現象。將其中性狀優良的單株單獨繁殖選育，均可望獲得新的優良品系和品種。
3、實生選種
實生選種是將天然授粉所產生的種子播種形成的實生苗群體中，通過單株選擇並經反覆評選而育成新品種。這是一個傳統的然而行之有效的育種方法。實生選種由於工作量大，持續時間較長，需要在初開花一二年內儘快進行初選，決定去留。掌握初花時的某些性狀表現及其發展趨勢，可為初選提供依據。
4、雜交育種
牡丹雜交育種是指通過人工雜交，把分散於不同親系上的優良性狀組合到雜種中，對其後代進行多代培育選擇，獲得基因型純和或者接近純和的新品種的育種途徑。各類牡丹雜交特別是遠緣雜交會引起基因交流和重組，因而可以產生全新性狀，出現全新類型。儘管雜交育種甚為費工、費時，但仍然是近代牡丹品種改良的主要方法。牡丹經過雜交，其雜種後代的性狀就會發生變異。又由於牡丹是異花傳粉植物，其雜交的父母本本身就是雜合的，甚至是“多血統”的個體，所以雜交一代(F1)就會產生多樣性，選擇工作可以從F1開始。選育牡丹新品種關健在於選好單株．嚴格掌握入選的標準。
5、誘變育種
誘變育種就是人為地利用物理、化學因素誘導植物發生遺傳性的變異，然後根據育種目標進行選擇，培育出新的品種的方法。輻射誘變育種、多倍體育種、航天誘變育種等在牡丹育種上有一定嘗試。
三、油用牡丹新品種育種週期
牡丹育種方法有多種，其中以選擇實生選種和雜交育種最為重要。通過實生選種和雜交育種種培育牡丹新品種都是一個漫長、複雜的過程。
牡丹實生苗生長緩慢，需要4-5年以上才能正常開花，先初選從中選擇符合育種目標或基本符合育種目標的變異單株。秋季對選出的單株進行分株、嫁接繁殖，經3-4年，植株進入正常開花期，在第五年進行復選，淘汰與育種目標不符或性狀不穩定的品種。將複選出來的品種植株於秋季再次分株、嫁接繁殖，3-5年後，對符合育種目標、性狀確實穩定的品種，可以正式定為新品種，並加快繁殖。因此培育一個牡丹新品種至少需要10年時間。
雜交育種首先要確定育種目標，選擇雜交組合，然後在花開時節進行授粉，到秋季進行種子的採收、處理、播種，待來年種子發芽後需要對種生苗進行至少4-5年的精心管理才能開花。從最初的授粉、播種到花開，大約需要5年左右時間。然後，技術人員要對所有開花的種生苗進行選育，選出優良品種後，再連續3-5年對其優良性狀的一致性、穩定性進行觀察、記錄，待種生苗的優良性狀穩定後，再通過繁殖使每個優良植株達到一定數量，才能申請新品種鑑定。因此，培育一個牡丹新品種，先後需要十幾年的時間。
四、油用牡丹新品種審定
品種審定是指國家或者省級農業行政部門的品種審定委員會根據申請人的請求，對新育成的品種或者新引進的品種進行區域試驗鑑定，按照規定程序進行審查，對其在生產上的利用價值、經濟效益、適應地區及其相應的栽培技術進行全面、客觀、準確的評價，決定該品種能否推廣並確定其推廣範圍的一種行政管理措施。其目的除了可加強作物品種的管理，加速育種新成果的利用外，還可以防止盲目引進和任意推廣不適合本地區種植的品種和劣質品種，給農業生產和農民利益造成損失。
牡丹是國家林業局令第3號《中華人民共和國主要林木目錄(第一批)》中林木，按《中華人民共和國種子法》第15條規定：主要農作物品種和主要林木品種在推廣前應當通過國家級或者省級審定，申請者可以直接申請省級或者國家級審定。國家林木品種審定委員會承擔在全國適宜的生態區域推廣的林木品種審定工作；省、自治區、直轄市林木品種審定委員會承擔在本行政區內適宜的生態區域推廣的林木品種審定工作。
五、油用牡丹種子擴繁與推廣
油用牡丹品種審定後，為了能大規模推廣種植，還需要擴繁種籽。油用牡丹播種繁殖操作簡便，能較大數量的繁殖苗木，育苗成本也比較低廉。但由於牡丹從播種、發芽到開花週期較長，五六年生後的油用牡丹所結種籽飽滿充實，是選留種的主要對象。因此大規模擴繁一批油用牡丹新品種至少需要5年時間。
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