刘云飞
万历十五年，憨山终于离开住了四年的小茅篷，卯足了劲兴建海印寺。为了建寺憨山不得不四处化缘，多方奔走。这一切都是因《大藏经》而起。
憨山大师
一年前，神宗皇帝敕颁《大藏经》十五部，供养于天下名山。慈圣皇太后感念憨山曾在五台山为国祈嗣的功劳，有意眷顾憨山，特命心腹太监张本送一部《大藏经》到憨山这里供养，可怜憨山来到崂山以来，一直在观音庵的遗址上结庐而居，两年前慈圣皇太后赐给他修复观音庵的钱他全部救济了当地的饥民，修庵的事就此搁置。眼看《大藏经》无处安置，地方抚台等官吏也不敢怠慢，于是将《大藏经》暂时保管在府衙中。
憨山进京谢恩并请求朝廷拨款建寺，以便安放《大藏经》，皇上未予理会。最终还是皇太后带头捐赠，命后宫眷属各出布施，凑了一大笔钱，交给憨山，让他回崂山修建寺院，并赐名“海印寺。”
憨山带着太后的期望回到崂山，崂山的信众听说憨山要建寺院，纷纷解囊捐款。观音庵的遗址不远处，是著名的“太清宫”，太清宫曾是道家向往之圣地，一度成为全真随山派之祖庭。然而传到这一代，已是衰败不堪，难以为继。由于年久失修，整个太清宫仅存半间三官庙。
为了安放《大藏经》,需要建设相当面积的大寺院。憨山从太清宫道士手中买了部分地产，便开始了大兴土木，轰轰烈烈地建起寺院来。在建寺院的过程中，憨山顺便也把太清宫残余的三官殿修复一新。憨山熟读儒释道三家之书，骨子里早已打破儒释道门户界限，他希望三家思想都能在他这里得到弘扬。
憨山广结善缘，与崂山道教界保持着良好的交往，憨山初到崂山不久，曾经游览过崂山巨峰顶白云庵，结识了全真派道士高来德。高来德在几年前，募资修建玉皇殿，整修白云庵，很有成效。和憨山认识之后，便请憨山代劳撰写，憨山因此作成了一篇《重修巨峰顶白云庵玉皇殿记并铭》，由衷地赞美了崂山的风景和道教的神奇境界。
憨山大师墨迹
万历十五年秋，之罘山神庙里的全真派道士高常清，来到海印寺，请求憨山为神庙撰写一篇碑记。憨山欣然命笔，撰写了《重修之罘山神庙记并铭》。在文章中，憨山回顾了秦始皇东游、登山刻石的悠久历史，考证了之罘山神被册封为“浮佑侯”的来历。称赞了蓬莱三山中的道教神仙，也称赞了之罘山神保佑山下居民风条雨顺五谷丰登的灵验，还表扬了当地居民祭祀山神的虔诚。最后，又恭维了山神庙住持、全真派道士高常清的修行，说他在庙里住了三十几年，年逾九十而色如童子，深受信徒尊重。
万历十七年，海印寺修建完毕，《大藏经》安奉妥当。由于憨山学识渊博，乐善好施，又深得皇太后推崇。海印寺一时香火鼎盛，与五台、普陀齐名。憨山开始阅读藏经。阅藏之余，还给弟子们讲授经典。
然而“福兮祸之所伏，一场风暴即将到来。眼看海印寺一天天兴盛，这让住在海印寺旁边的道士倍感耻辱，无地自容。太清宫的道士要求收回地产，在遭到拒绝后，住持张德容气病交加，郁郁而终。这时，曾在太清宫出家的道士耿义兰站了出来，带领太清宫的道士刘真湖、贾性全等人到山东巡抚衙门状告憨山。耿义兰中过进士，做过官，熟悉官场规矩，打起官司来，要比其他人熟络许多。然而莱州府对耿义兰之状非不支持，反而将其治罪并施以笞刑。次年，道士贾性全等对憨山也数次上告，都被视为诬告。耿义兰等人更加愤怒，决心要把官司打到最高层。
此时的憨山，一点也没有被道士的诉讼干扰，他到到北京向皇帝和太后请求，给南京大报恩寺颁发一部《大藏经》，皇帝同意并命令憨山护送藏经到南京，妥善安奉。大报恩寺是憨山出家的寺院，自从多年前被雷火烧过之后便衰败了，憨山许多年来一直想找机会修复大报恩寺。憨山安奉完藏经，到北京面见皇太后，请皇太后节省膳食费用，将存下来的钱用于修复大报恩寺。这位太后，本是贫苦宫女出身，虽成为太后也十分惜福，平日很注意行善积德。她同意减少每日膳食费用，存钱为修复大报恩寺做准备。
万历二十三年，耿义兰来到北京，得到北京白云观的帮助，并经由白云观道士牵线得到东厂厂公张诚的支持，张诚为了除掉皇太后的心腹太监张本，鼓动万历皇帝受理此案。耿义兰的《控憨山疏》，其中列举了交通内侍、私冒皇亲、诈称敕旨等诸多罪状。万历皇帝与其母慈圣太后因权力矛盾，早有“帝后之争”。对僧道两教，万历皇帝本无偏好，而慈圣太后对佛教则偏爱有加。因与母后矛盾的加深，所以逐渐“恶佛事太烦”。这时，耿义兰控告憨山，正好给万历皇帝对母后及其追随者一次示威的良机。
北京白云观
万历皇帝命刑部将《控憨山疏》中所涉官员和一干人犯提审。憨山被捉拿进京问罪。憨山离开崂山的时候，城中不少百姓含泪前来送别。在北京城，经三推六问，严刑审问，憨山最终以“私建寺院”罪，被充军发配往广东雷州。慈圣太后的心腹太监张本，也被以假冒圣旨罪论斩，据说是万历十九年，太监张本奉旨到各地分发藏经时，擅自把没有入名籍的海印寺填写入册。
万历二十八年，皇帝下令拆毁海印寺，重修太清宫，并颁发了《道藏》和《续道藏》，册封耿义兰为“护教真人”，钦赐御伞御棍，金冠紫袍。经过了这场长达数年的官司之后，崂山太清宫获得了巨资重修，因祸得福，名声远播。”憨山大师在崂山苦心经营十余年的成果付之东流，费时四年、耗资巨大、气势恢弘的海印寺毁于一旦，只剩下了一块石碑。
清同治年间即墨县令林溥《劳山纪游》七律诗中，有一公允之评论:“华藏元宗无二义，可怜缁羽枉相侵。”
