自從徹悟之後，從此開始認真用功，依照功過格每日反省，明顯感覺到自己與以前不同了，以前我是整日裡渾渾噩噩過著悠閒放任的生活，現在則是每日都戰戰兢兢，心存危俱，時刻都有警惕的念頭，尤其是在一個人獨處的時候，更是心存敬畏不敢造次，生怕一時生起惡念，得罪天地鬼神。以前如果有人討厭我、說我壞話、對我有意見或對我不敬，我是萬萬不能接受、睚眥必報的，現在則是心量漸開，遇到別人毀謗，我也絲毫不掛礙於心，而是能安然包容接受，一笑而過。
我是三十五歲遇到的雲谷禪師，每二年（1570）我便參加禮部的科舉考試，原本孔先生算定我該考第三名，可是我竟然高中頭名。孔先生為我所推算的命運第一次沒有靈驗，可見命數真的是可以改變的。孔先生算我命裡沒有功名只能考中秀才（相當於現在的高中），現在我卻能得償所願在秋闈中考中舉人。（相當於現在的大專、本科）
然而我雖然把過失改了許多，也做了不少好事，但是卻做的遠遠不夠純粹，還摻雜著自己的好多私心雜念，反省自己的行為，在行善過程中還存在有很多過失：比如有時看見要做的善事，行動時卻不夠果斷勇猛；有時幫助別人時，心中卻常常遲疑；有時雖然勉強做了善事，可說話卻不招人待見，往往顯的失禮、刻意，不是那麼自然。我之前說過，我還喜歡喝酒，在沒喝之前清醒的時候還行，我能注意自己的言行，把持自己，但是一旦喝多了，就會放飛自我，不管不顧，把善念拋之腦後。唉！這麼多年，雖然我常做善事積了一些功德，但是所犯的過失也很多，功過相抵，也只能算是虛度瞭如許光陰。
我自從隆慶三年已巳年（1569）聽從雲谷禪師教誨，發願求取功名至萬曆七年已卯年（1579）經歷了十一年，三千件善事才圓滿完成。由於我常年在外，曾經一度在李漸庵軍中工作擔任參謀，所以一直沒有機會和時間進行迴向。直到第二年庚辰年我從北方回來才有機會請性空法師、慧空法師等得道高僧在東塔禪堂完成迴向，圓了我的心願，自此我許下的三千善事的願終於圓滿了。
孔先生算我命中無子，現在我又想求子，所以我又發願再行三千善事。由於我發願誠心，所以感應天地，所發三千願事還沒有圓滿，在第二年辛巳年，就生了一個男孩兒，取名叫：天啟。
我每天行善，做一件善便記錄在案，你的母親，也跟著我一同行善，可謂夫唱婦隨相得益彰，你母親沒有念過書不識字，就用鵝毛剪斷成管，每行一善事便沾上印泥在家裡的日曆上印上一個紅圈，有時是施捨食物給貧苦之人，有時是買來活物放生。有時一天能印上十多個紅圈，也就代表做了十多件善事。我們從庚辰年發願再行三千善事到癸未年，只用了四年的時間，便將三千善行都做得圓滿了。所以再次請來性空法師等高僧在家中的佛堂做迴向。同年的九月十三日，我又許下善行一萬件的大願，希望我能求得中進士。（相當於現在的博士、博士後、碩士）從癸未年到丙戊年，僅僅三年多時間，我又高中進士。朝廷派我去京都附近的寶坻縣擔任知縣，我原本命中算定是要到偏遠的四川當一個縣長的，現在都發生了改變。
我在寶坻做縣長的時候，也不忘行善，我準備了一本冊子，我叫它“治心篇”，其實就是時刻反省自己內心善惡的記錄本，每天早晨起來升堂，家人便將這本冊子交給衙役，然後放在我的桌案上，我每天所行的善事和所犯的罪惡，一絲一毫都要記錄在案。我每天晚上還要效仿宋代的“鐵面御史”趙閱道，在自家庭院中設立香案，焚香禱告將一天所做的事情向天帝、鬼神稟報，不敢有絲毫隱瞞。
