荷鲁斯之乱
在改变一切的荷鲁斯之乱中，共有一半的基因原体背叛了帝皇。其中第一个受到蛊惑的是怀言者的基因原体罗嘉，但是起决定作用的叛乱原体无疑是帝国的战帅荷鲁斯，本来帝皇在大远征中抽身离去就已经给荷鲁斯带来了一丝不快，在一场混沌的阴谋中，荷鲁斯身中混沌毒素昏迷不醒，在睡梦中荷鲁斯看到了混沌四神给与他的预言，预言的具体图景尚且不为人知，我们只知道荷鲁斯在苏醒之后就人格大变，他认为只有推翻帝皇的统治才能真正拯救人类的未来，但他的所作所为却是一切灾难的开端。
荷鲁斯的叛国行为在后世被称为 "荷鲁斯叛乱"，帝国大约一半的军事力量，包括帝国卫队、九大叛徒星际战士军团和机械神教的泰坦军团参与了叛乱。这场可怕的内战持续了整整七年，最后在泰拉之战中，叛军大举攻占了皇宫，将战争推向了高潮。忠诚军团来不及回援，泰拉岌岌可危，经过55天的残酷战斗后，在神圣泰拉的近地轨道上空，人类帝皇和荷鲁斯在荷鲁斯的旗舰 "复仇之魂 "号战舰展开决斗，此时的荷鲁斯获得了混沌四神的祝福，力量膨胀到可以与帝皇一战的水平，帝皇最后付出沉重的代价才彻底毁灭了荷鲁斯，将他的灵魂也一并抹除，即使是混沌神灵也无法再次复活他。没有了他们的领袖，混沌军团很快就崩溃四散而逃，随着极限战士基因原体罗布特·吉利曼率领的忠诚派援军抵达太阳系，混沌空间军团和他们的盟友们退到了被称为恐惧之眼的巨大亚空间裂缝中。
这场可怕的内战中，帝国付出了无法承受的代价，帝皇身负重伤昏迷不醒，半数军团叛乱，忠诚的战士牺牲无数，就连战无不胜的基因原体也所剩不多：20位基因原体中有两位在叛乱前就消失在历史中；剩余的18位中有9位背叛了帝国；忠诚派的9位基因原体中有两位在大叛乱中就牺牲了，他们是血天使的圣吉列斯和铁手的马努斯；剩余7位忠诚原体也相继失踪：火蜥蜴的伏尔甘在不为人知的地方等待复活，暗黑天使的庄森因为部下的叛乱身负重伤在军团的要塞中昏迷，太空野狼的鲁斯去寻找救治帝皇的方法踪迹全无，白疤的可汗消失在精灵的网道中，帝国之拳的多恩也在战斗中失去踪迹，暗鸦守卫的科拉克斯融入了亚空间追杀叛徒不问世事，而极限战士的罗伯特基利曼在沉睡一万年之后被艾达灵族救醒，现在只剩下他一个人支撑着诺大的帝国。
在帝皇自己的指示下，帝皇的残废身体被安装到了被称为黄金王座的精神力放大器的机械式生命维持机制中，他的身体无法支持他在人间行走，但是他的精神依然像太阳一样在亚空间内照耀，他化身亚空间星炬指引着亚空间内的帝国舰队，他的强大精神力可以与混沌神匹敌，星炬是帝国的通讯、商业和星际旅行的命脉。
在索塔星球上的一场小规模的叛乱战役，吸引了泰伦虫族舰队的注意，这个可怕的新敌人进入了战场，成为了所有势力的噩梦。
大清洗时期(约014-021.M31)
大清洗，是人类帝国对叛军军团的大反击。它是在荷鲁斯叛乱结束后立即开始的，在31k的泰拉之战中，战帅荷鲁斯死后，四散而逃的叛军躲进了在被称为 "恐惧之眼 "的亚空间裂缝中。在被永久禁锢在黄金王座的生命维持机制中之前，帝皇已经对叛徒们宣布了审判：他正式宣判他们为 "叛徒"（Excommunicate Traitoris），所有关于叛徒军团的记录和记忆都将从帝国档案中删除。
像伊斯特万五号和达文这样的世界，因为混沌的入侵，星球上所有的生命都无条件消灭。叛徒军团的相关部队，来自黑暗机械军团、泰坦军团，或者是帝国陆军和帝国海军都将一并被消灭，或者是被赶入恐惧之眼。在叛乱事件结束后，大清洗的战斗又持续了7个年头。众多混沌星系被清洗干净，被置于新生的宗教裁判庭的监视之下。
帝皇的梦想是开启一个新的启蒙时代，一个人类从迷信和无知中解脱出来的时代，荷鲁斯叛乱彻底毁灭了这个未来，人类帝国已经无力支撑大远征，只有虔诚的宗教迷信和高压统治才能维持现有的局面。大清洗之后，帝皇和众多神灵般的原体都隐入历史的幕后，凡人们作为主角在阴暗危险的宇宙中挣扎求生，这样的局面持续了一万年，被称为 "帝国时代"。
