中国最早发现、命名南沙群岛，最早并持续对南沙群岛行使主权管 辖。第二次世界大战期间，日本发动侵华战争，占领了中国大部分地区，包括南沙群岛。《开罗宣言》和《波茨坦公告》及其他国际文件明确规定把被日本窃取的中国领土归还中国，这自然包括了南沙群岛。1946年12月，中国政府指派高级官员赴南沙群岛接收，在岛上举行接收仪式，并立碑纪念，派兵驻守。日本政府于1952年正式表示"放弃对台湾、澎湖列岛以及南沙群岛、西沙群岛之一切权利、权利名义与要求"，从而将南沙群岛正式交还给中国。在此后的一系列国际会议和国际实践中，美国一直承认中国对南沙群岛的主权。
战后相当长时期内，并不存在所谓的南海问题。南海周边的地区也没有任何国家对中国在南沙群岛及其附近海域行使主权提出过异议。越南在1975年以前明确承认中国对南沙群岛的领土主权 。菲律宾和马来西亚等国在70年代以前没有任何法律文件或领导人讲话提及本国领土范围包括南沙群岛。美国与西班牙1898年签订的巴黎条约和1900年签订的华盛顿条约曾明确规定了菲律宾的领土范围，但并未包括南沙群岛 。1953年菲律宾宪法、1951年菲美军事同盟条约等也对此作了进一步确认，而马来西亚只是到了1978年12月，才在其公布的大陆架地图上将南沙群岛的部分岛礁和海域标在马来西亚境内。
不少国家政府和国际会议的决议也承认南沙群岛是中国的领土 。20世纪70年代开始，越、菲、马等国以军事手段占领南沙群岛部分岛礁，在南沙群岛附近海域进行大规模的资源开发活动并提出主权要求。对此中国政府一再严正声明，这些行为是对中国领土主权的严重侵犯，是非法的、无效的。
争议的核心是南沙岛礁领土主权争议和南海部分海域的划界争议。按照国际法的规定，国家对海洋的权利基于大陆，即海权基于陆权。整个南中国海海域的面积为350万平方公里，其中南海九条断续线之内，中国主张拥有主权、管辖权的海域面积为200多万平方公里。
南海周边国家侵占南海诸岛的现象主要发生在南沙群岛，对中国南沙群岛全部或部分岛礁提出主权要求的国家主要有：越南、菲律宾、马来西亚、印度尼西亚和文莱。其中，越南侵占岛屿和礁石30个；菲律宾侵占6个；马来西亚侵占3个，巡视监控4个；文莱占领1个；印度尼西亚虽未占领岛礁，但对邻近海域有主权要求；而中国本身仅实际控制8个（包括台湾驻军的太平岛和中洲礁），巡视监控21个。
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