清朝康熙六年，吏部一纸公文，选授任辰旦为上海知县。虽然是当县太爷，但这个消息对于任家来说，不亚于晴天霹雳。在当时看来，这不是去当官，而是去坐牢。因为江南税负很重，苏州、松江二府又是重中之重，而上海县就是归松江府管辖，是典型的重赋县。
就是因为税负重，官府的压力很大，曾经采用残酷的手段逼迫百姓按时交税，以至于“民贫百役，旱涝洊臻，狱讼滋纷”。令人不可思议的是，在任辰旦之前，已经有九个知县因牵扯官司而下狱。（前令九人皆累系狱）
上海知县不好做，这几乎已经是江南人的共识。任辰旦考上进士的时候，已经44岁了，被授予上海县令时，已经52岁了。在他这个年龄，要么已经权倾朝野，成为帝国不可或缺的股肱之臣，要么含饴弄孙，享受天伦之乐，实在没有必要趟这趟浑水。
可是，谁也没有想到，任辰旦不仅愉快的接受任命，而且还在这个官位不高，困难重重的位置上越干越好，大显身手，终于成为了一代能吏，甚至连康熙皇帝都特意为这个小小的县令专门下一道诏令，嘉奖他的功绩。
任辰旦的前任们，都是因为赋税过重，为了完成朝廷的数额盘剥百姓过重而黯然入狱的。他到任后，如临深渊，如履薄冰，避免重蹈覆辙。首先，他没有像别人一样，新官上任三把火，向百姓开刀，而是认认真真的厘清赋税的数额。
当时的上海县，一共有6000多亩水田被毁，朝廷将其计算在内，百姓为了交税，很多都已经家破财尽（民因输赋，多破家）。前任县官往往是官派十足，只管坐在衙门办事，不管百姓死活。任辰旦则深入现场，实地勘察，亲自下水测量，将实际数额有理有据报送朝廷，因此得以减少赋税的总额。就这一项，已经让“县民大欢”，百姓们奔走相告。
官敬百姓一尺，百姓敬官一丈。有了这样替老百姓着想的好官，百姓们自然不是以前的“刁民”，他们纷纷如期而至，争先交税。上海的赋税再也不是难收，而是国用充足。
解决完赋税问题，任辰旦下一步就是着手于处理民间的诉讼，让百姓安居乐业。当时，上海县有一个要案，那就是一个叫做孙辛的平民被杀后，无人问津，尸体都被扔在家里多年，几乎都快成为了累累白骨，影响极为恶劣。任辰旦却不惧恶臭，亲自到现场勘测，亲自督促审理案件，终于让此案了结。
另外，在他的任内，还解决了一项重要的水利烂尾功臣。在当地有一条吴淞江，江上有一座水闸，洪水来的时候能储水，干旱的时候可以开闸灌溉。但这座水闸屡次修建都很不理想，经常损坏，完全没有发挥应有的作用。曾经有个巡抚想修好它，可是因为投入巨大，做了半截就放弃了，民怨非常大。
然而，任辰旦却另辟蹊径，他亲自勘测后，让人根据水闸的宽度采集石头，然后在石头上做好标记，并派水性好的人下河，按照顺序将石头垒好。最后加盖横石，打上木桩加固，将两岸堤坝加宽。这个方法巧妙避开了重新修建水闸的难度和资金，仅仅只有十个月时间就让水闸通行自如。史载其：不病役，不靡帑，邑人颂之。
任辰旦担任上海县令六年，待百姓如同家人，又不阿谀权贵，他根据自己在基层的所见所闻，先后十多次向朝廷上疏，内容涉及“酌减赋额”、“确核廉贪”、“请慎用人”、“裁兵利弊”等等多个方面。这些都是来自于富硕之地的第一手资料，又针砭时弊，清廷非常重视。康熙皇帝看后，非常感动，特意下旨褒扬这个县令，封赠他为“中宪大夫”：
直声振陛，上言抗疏，能令九棘风生，激浊扬清。
但是，任辰旦的短板还是很明显的，那就是考试资质一般，加上年纪大了，在吏部选官的博学鸿儒科考试中，屡试不第。因此他也一直得不到晋升，后来还是因为官声好，才被朝廷授予了一些职位不高的小官。