微生物和人类息息相关，微生物占据了人体1-3%的重量，微生物总数可以达到3×10^13。人体内的微生物对人体的新陈代谢以及免疫健康起着重要作用，此外微生物和许多疾病相关，例如糖尿病和HIV。人们在日常生活中，身体和环境中的微生物接触，数以百记的微生物种类和微生物细胞存在身体的各个部位。正常微生物菌群已经和人体形成共生关系，他们通过产生有益营养物质和抑制有害微生物生长来维持人体的健康，同样，人体也为微生物的生长提供了有利条件，人体的第一批微生物是来自于母体中。以下是常规人体各部位含有的微生物情况。
皮肤表面的微生物
皮肤是人体最大的器官，皮肤表面有很多种微生物，大多数无害的，部分对人体有益。由于经常和环境接触，皮肤上的微生物种类经常变化，但是也有些地方的微生物是相对固定的（口腔，鼻腔，会阴部位）。
皮肤主要的常驻微生物是：表皮葡萄球菌，金黄色葡萄球菌（小数目），微球菌种、α-溶血性和非溶血性链球菌（例如，链霉菌属）、棒状杆菌物种、丙酸杆菌属物种、消化链球菌属物种、不动杆菌属物种、少量其他生物体（念珠菌属物种，绿脓假单胞菌等）。
正常的口腔和上呼吸道微生物
鼻腔菌群由突出的棒状杆菌，葡萄球菌（表皮葡萄球菌，金黄色葡萄球菌）和链球菌组成。口腔中有弱碱性唾液，食物残渣及适宜温度，是微生物生长繁殖的有利场所。常见的微生物有：凝固酶阴性葡萄球菌，草绿色链球菌，类白喉杆菌，奈瑟氏菌属，乳酸杆菌，梭形杆菌，拟杆菌，放线菌，螺旋体，真菌等。放线菌属物种通常存在于扁桃体组织和成人牙龈中。上呼吸道的主要生物体，特别是咽部，是非溶血性和α-溶血性链球菌和奈瑟球菌。还会遇到葡萄球菌，类白喉，血友病，肺炎球菌，支原体和前伏电弧菌。
肠道正常菌群
胃液pH在3以下，因此正常人空胃一般是无菌的。从十二指肠开始，因有胰液和胆汁的存在，呈弱碱性，是微生物繁殖的良好条件，在小肠分泌物中，由于有溶菌酶存在，因而微生物的种类和数量很少。大肠中由于各种条件合适，微生物特别多，粪便中微生物的数量可达干粪重量的三分之一。最近研究证明，在成人的正常结肠中，寄居菌群的96—99％由厌氧菌和1—4％需氧菌组成。在正常粪便菌群中，经常有100种以上的不同类型微生物。随着食物的改变，可使肠道中的菌群发生改变，如多吃糖类的人，则肠道中乳酸杆菌的数量增多。物质通过人的胃肠道所需时间约为24小时，细菌在肠道中的生长速度是每天增加1—2倍。
尿道正常菌群
在人类的前尿道中，经常发现表皮葡萄球菌、肠球菌和白喉，有时报道大肠杆菌、变形杆菌和Neisseria（非致病性种）（10～30%）。
阴道正常微生物群
阴道可有大肠杆菌、葡萄球菌、阴道杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、双岐杆菌、白色念珠菌、支原体等。女性青春期前后和绝经前后，微生物菌群稍有变动。女性尿道外部与外阴部的细菌相似，有葡萄球菌，粪肠球菌，大肠杆菌，变形杆菌，乳酸杆菌，真菌等。