海瑞是剧中的主角和最为正面的人物，作者在他身上寄予了最多的理想。他就像孙悟空一样从最基层横空出世，将天宫搅了个天翻地覆。但孙悟空是石头缝里蹦出来的，他却不是，他上有高堂老母，下有妻女，还担负着为海家传宗接代的重任。而他却没有裕王那么高贵的血统，也没有徐阶那么显赫的地位，甚至连个进士出身都没有，只中过举人，年过四十仍然只是一个县的教谕。
毁堤淹田之后，严党想趁机强迫灾民“改稻为桑”。裕王党处于对抗浙江严党的需要，把以“抗上”闻名的海瑞提名为受灾最重的淳安县县令，成为裕王党放在浙江棋盘上的一枚棋子。但他们没想到的是，这枚小棋子不到出色地完成了他自己的使命，实现了对改稻为桑国策的破坏，还把整个大明政坛搅了个天翻地覆，打破了整个朝局原有的平衡，不但在倒严时出力很大，后来还将矛头指向了最高统治者——嘉靖皇帝！
当时在朝的主要官员如严嵩、徐阶之流，司礼监掌印太监吕芳，无不竭力维护朝局的平衡，连裕王也深知进退之道。严党跟裕王党的争斗也只是在私下里进行，明争有明争的分寸，暗斗有暗斗的规则。比如，严党趁火打劫推行改稻为桑，罢免了不听话的胡宗宪浙江巡抚一职，但严世蕃又深知浙江那群贪官的厉害，而选了翰林出身有政治操守的高翰文担任杭州知府。胡宗宪为维持朝局平衡和东南抗倭的需要，情愿自断臂膀，杀了杭州知府马宁远，而将毁堤淹田的事情掩盖下来。诸如此类。
但海瑞不受这些潜规则的约束。在淳安县，他为维护百姓的利益，敢将省里的公文当成废纸。在参与审理巡抚郑泌昌与布政使兼按察使何茂才贪污案时，直着脖子一审到底，连毁堤淹田的的真相一股脑儿全部审了出来，并且如实记录在案。真相不仅牵涉到内阁，还牵涉到内廷甚至皇帝，使得负责织造局和市舶司的内廷太监杨金水当场发疯，连奉旨监审的锦衣卫都听不下去了。当担任主审的浙江巡抚赵贞吉拒绝署名的时候，他就只署自己的名，寄给朝廷。即使当朝廷发回重审，鼓励罪犯翻供，也不更改初审结果，还搜集了更多的证词。更为骇人的是，当皇帝乔迁新宫群臣进贺表的时候，他却备好棺材，向皇帝上书直言极谏几十年不顾国计民生的缺失，皇帝被他气得吐血！
他一心为民请命，得到了什么呢？！因为海瑞为官清廉，全家跟他过着苦巴巴的日子。他在兴国县为百姓向大户争水时，唯一的女儿掉到河里死了，妻子动了胎气而小产；因向皇帝上书入狱，使得妻子在生孩子时无人救助，难产而死。若非群臣救助和嘉靖皇帝的一念之仁，海瑞本人也只有一个结局——死！