混元功源于《易经》。“两”字数也，“仪”字威也。“混元”乃阴阳五行，宇宙万物天然的融合，是天道、地道、人道的结合，集内气功、养生、医术为一体，是人类与疾病抗争的智慧结晶，并依中医的生理学、气学、推拿学、经络学、病理学为基础，激发人体内在的潜能，调节内分沁，得到人体内部的阴阳平衡。使人们健康长寿。也是练混元功法、疗法多年的经验之谈。
一、阴阳五行学说
根据现代科学、历史学家的研究，阴阳五行学说大约是产生于春秋时代，阴阳学说稍早于五行学说。
阴阳五行学说在历史上有着巨大的中医、气功进步意义，曾经动摇的古代的神权迷信思想，并一直引导人们更多地从一切事物内部和相互关系中来寻找万物变化发展的道理，例如，对于精神分裂症病（狂病），迷信的僧、道、巫都认为是由于鬼神附体，他们用念咒化符，送神打鬼的办法来治。绝对不可能治好。在接受了阴阳学说以后，医学家们就认为狂病和鬼神根本无关，而是由于身体内部阴阳不调和的关系，认为是“重阳者狂”，“阴并于阳则狂”也就是说，狂病和体内的阳气过盛有关。在这个理论指导下，运用气功、药物消除了过盛的阳气。治好了病，这样自然而然就直接打击医学中的神权迷信思想，同时阴阳学说起了更现实的意义。
后来，虽然也有一些唯心的成分掺杂其中，使有些内容被蒙上了神秘和玄妙的色彩，但其朴素的唯物部分，却始终在医学中起到真正的指导和实践作用。
二、阴阳学说
阴阳学说在混元功、中医理论体系中是贯串于各方面的指导性理论之一，各项理论都离不开阴阳，在医书中常常可以碰到有关阴阳的术语，如：阴液、阳气、肾阴、肝阳、阴虚、阳亢、阴邪、阳邪、阴证、阳证、补阴、补阳……等等。如不懂得阴阳学说，整个中医理论体系便无法理解和掌握。
阴阳学说，就是用阴阳来解释宇宙一切事物的学说，古人认为：阴和阳是代表互相对立而又统一的两个概念，任何互相对立而又统一的概念都可以用阴阳来代表，具体来说：阴阳可以用来代表互相对立的物质、性质、部位、状态、运动以及形状、时间、方向……等等。代表物质的如：水和火、血和气；代表性质的如：强弱、寒热、轻重等；代表部位的如：内、外、上、下等；代表状态的如：动静、快慢等；代表运动的如：上升、下降、化气、成形等。其中必有一方属阴，一方属阳。
无论任何互相对立而又统一的事物都可以有阴阳来代表。由于宇宙间一切事物都是对立的整体，因而阴阳学说可以用来解释宇宙间的一切事物。
在相互对立的事物中，哪一方面属阴，哪一方面属阳，也有着一定的规律，不论任何事物属阴或属阳就决定于事物本身内在的特性。事物分属阴阳的规律，大致来说凡是具有热的、动的、兴奋的、强壮的、明亮的、无形的、轻的、在上的、在外的、向上的、向外的、增长的、积极的……等等特性的事物都属于阳。与此相对，凡是具有寒冷的、静的、抑制的、虚弱的、昏暗的、有形的、重的、在下的、在内的、向下的、向内的、减退的、消极的……等等事物都属于阴。
不过事物内在的特性是多方面的，因而阴和阳的判别也不是绝对的，所以不能固定机械的来看，同一样东西和这一事物配对时属阴，和另一事物配对时又可以属阳，例如：拿胸和背来说，胸属阴而背属阳，但胸和腹配对时，则胸在上属阳，腹在下属阴。因为前者是说明其胸背问题，后者说明其上下问题。对比的情况不同，因而就可能有不同的属性，其次一个属阳的东西并不等于其中的所有的一切都属于阳，在属阴的东西中可以再分出阴阳来。以脏腑为例，脏属阴而腑属阳，肾为阴的五脏之一，但肾又可分为肾阴和肾阳两部分，肾阴就称为“阴中之阴”；肾阳就称为“阴中之阳”。胃为属阳的六腑之一，也包括了胃阴（即阳中之阴）和阳（即阳中之阳），这就是所说的“阴中有阳，阳中有阴”的意思。另外，阴和阳又是互相依存的，没有阴就无所谓阳，没有阳也无所谓阴。古人称这种关系为“孤阴不生，独阳不长”。所有这一切，都说明了阴阳对立不是绝对的，而是相对的。
阴阳之间还有互为消长的关系，也就是说阴衰弱时，相对的会表现出阳强的现象，阳衰弱时，相对的也会表现出阴盛的现象，即阴和阳所代表的是两个互相对立而又统一的概念，并不是固定的指某两种东西，而是可以代表一切相对立而又统一的概念，这一点和“矛盾”存在于一切事物中的概念是近似的。
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