孝庄文皇后是公认的明清之际杰出的女政治家，在清朝入关特别困难的情况下，维持了清皇室的团结，而且保护培养了顺治、康熙历史名君，对扭转当时中国的分裂局面使中国归于统一具有重要作用，更重要的是她没有像慈禧那样垂帘听政，始终处于幕后，这在中国古代史上是非常罕见的。
皇太极把她看作一位聪明颖慧，贤达有为的贤内助；顺治帝福临则把她看做恶毒残忍，了无亲情的仇人，而不是母亲；在康熙的眼中，他又是一位慈爱稳重感情至深，又颇具政治才能的老祖母，而在她的政治对手看来，她却是一位颇具心计，不可战胜的出色的女政治家。
但是关于孝庄文皇后下嫁摄政王一事是否存在，史学界尚有争议。孝庄文皇后究竟是否下嫁了多尔衮，乃清初三大疑案之一，在史学界是争论的焦点问题。
持下嫁说专家的理由：
1．多尔衮自称“皇父摄政王，又亲到皇宫内院。”无疑是把太后置于妻子，皇帝置于儿子的地位，如果太后没有下嫁，她和皇室亲王贝勒是万万不能接受的，奇怪的是此事却得到他们的默认。”
2．据朝鲜史料记载，顺治六年（1649年）二月，清朝廷曾派遣使臣赴朝鲜递交国书，朝鲜国王看见书中称多尔衮为“皇父摄政王”，便问“清国咨文中有皇父摄政王之语，此何举措？”清朝来使答曰：“今则去叔字，朝贺之事，与皇帝一体云。”右议郑太和说：“敕中虽无此语，似是已为太上矣。”朝鲜国王也说：“然则二帝矣。”这里说明朝鲜君臣也发现所谓“皇父”的奥秘。无疑是指太后下嫁一事。
3．明朝遗臣张煌言的诗词。太后下嫁之说，最早引起史家关注的是明遗民张煌言的十首《建夷宫词》，其中有一首说：“上寿觞为合而尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨日新仪注，太礼恭逢太后婚”。
4．康熙二十六年（1687年）十二月，孝庄文皇后病重留下遗嘱，不要将其与皇太极合葬。这种作法是违背清朝帝后丧葬制度的，可见她有难言苦衷，所以康熙把太皇太后的灵枢停放在东陵，雍正时才葬入昭西陵地宫。
持未嫁说的专家认为：
1．孝庄文皇后在顺治时已贵为皇太后，以她的尊崇身份，如下嫁就不会死后葬入皇陵了。
2．顺治诏书子虚乌有。
3．张煌言之诗不可信，有的著名清史学家认为，认为张煌言是故明之臣，对清朝怀有敌意，所作诗句难免有诽谤之词，其诗不能作为史实根据。
4．康熙帝及以后各帝始终承认孝庄文皇后是清太宗文皇帝的皇后，对其尊崇备致，歌功颂德，祭礼有加。所以“太后下嫁”之案根本不存在。
5．“慈宁宫里烂盈门”之句说太后大婚时慈宁宫内外张灯结彩，喜气洋洋。但据《清实录》载，孝庄文皇后是在顺治十年慈宁宫修葺之后才搬进去的，所以大办婚事必得在顺治十年（1653年）之后，但多尔衮已于顺治七年（1649年）十二月病死，可见“太后下嫁”之说不可信。
6．顺治称多尔衮为“皇父摄政王”，寓有中国古代国君称老臣为“仲父”、“尚父”之意，周武王也称姜太公为尚父，不足为据。
7．所谓到“皇宫内院”，疑多尔衮另有乱宫之举，不见得专指孝庄太后。
8．再者孝庄不愿与皇太极合葬，乃因昭陵已葬有孝端皇后，且皇后不与夫君合葬，这在古代并不乏实例。阎崇年也认为至今还没有见到一条关于“太后下嫁”的史证，此事纯属子虚乌有。
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