17世紀初，蒙古族分為三大支：漠南、漠北和漠西。和清朝關係最好的是漠南蒙古，也就是今天的內蒙古；關係一般的是漠北，就是今天的外蒙古；關係惡劣的是漠西蒙古，也就是新疆的蒙古族。
漠西蒙古又分出四大部落，準葛爾部、杜爾伯特、和碩特、土爾扈特部，最強大的是準噶爾部。準噶爾部相繼打敗了杜爾伯特、和碩特，土爾扈特遷徙到了俄羅斯頓河與烏拉爾流域。噶爾丹即位後，準噶爾帝國達到頂盛。
噶爾丹是也先的後裔，巴圖爾琿臺吉第六子，被西藏黃教定為溫薩四世活佛。噶爾丹先後征服了哈薩克、葉爾羌汗國後，決心侵略大清。康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵3萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀。喀爾喀三部首領倉皇率眾數十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁一帶，向清廷告急。於是康熙決定御駕親征，率清軍在內蒙古的烏蘭布通與噶爾丹進行了決戰。噶爾丹將萬餘頭駱駝縛足臥地，背上加箱籠，蒙以溼氈，構成"駝城"，依託箱垛，發射弓矢、火器。清軍集中火炮進行轟擊，在大炮面前，駝城血肉橫飛……這是噶爾丹出道以來第一次慘敗。
噶爾丹敗後，叛亂之心不死，他又以科布多為基地，招集散亡人員，重整旗鼓。1695年，噶爾丹與清軍戰再於昭莫多，這次噶爾丹不走運，和妻子雙雙被擊斃。外蒙古從此併入大清。
噶爾丹死後，他的大侄兒策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統治者。這貨也是一個野心勃勃的首領。他在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴里坤、哈密等軍事重鎮，並派大策零敦多布攻陷西藏，殺死拉藏汗。康熙命皇十四子允禵為撫遠大將軍，一舉蕩平了大策零敦多布所部，於是西藏解放。
雍正登基後，與策妄阿拉布坦簽定了邊界條約，規定以外蒙古杭愛山為界：以西屬準噶爾，以東屬大清。
然而，策妄阿拉布坦一掛掉，其子噶爾丹策零繼位，又開始叛亂。雍正九年（1731年），清朝出兵平叛，噶爾丹策零派卒騙清軍稱，準噶爾有一支孤軍在察罕哈達，引誘清軍離開科布多大本營，深入到瀚海之中，然後圍殲。傅爾丹不知是計，挑選精兵萬人，沿科布多河西進，結果在博克託嶺、和通泊等處中了埋伏，損失慘重，僅存2000餘人退至科布多。
噶爾丹策零又親率兵3萬，攻掠喀爾喀首領哲卜尊丹巴領地，清廷派駙馬策凌率兵馳援。八月初，策凌突襲準噶爾軍營地，追至杭愛山南麓時，道路狹窄，光顯寺橫亙於中，噶爾丹策零大軍不易通行，清軍設伏兵萬餘于山側，再次大敗準噶爾軍，斬首萬餘，噶爾丹策零率殘部乘夜突圍。此戰後，準噶爾部元氣大傷。
乾隆初，清廷和噶爾丹策零議和，雙方劃定牧場，息兵罷戰。
噶爾丹策零掛掉後，策妄阿拉布坦謀臣大策凌敦多布之孫達瓦齊在姑父阿木爾撤納的幫助下奪得準噶爾汗位。得到汗位後，達瓦齊和阿睦爾撒納翻臉，互相攻伐，阿睦爾撒納戰敗，率殘兵2萬降了清朝。但達瓦齊荒淫無度，導致眾叛親離，厄魯特蒙古多個部落先後歸附清朝。準噶爾的內亂使乾隆皇帝決心完成西北統一大業。
乾隆二十年（1755年）二月，清朝發兵5萬，兵分兩路，直搗伊犁。準噶爾各部落紛紛配合清兵，達瓦齊不戰而敗，僅帶親信七十餘人逃往天山以南，投奔烏什，結果被阿奇木伯克霍集斯擒獲後送交清軍。
達瓦齊被押至北京後，乾隆鑑於達瓦齊對清朝並無惡意，於是封他為親王，入旗籍，賜地。又封阿睦爾撒納為雙親王，食雙俸，並加封為輝特汗。但阿睦爾撒納並不滿足，他是覬覦準噶爾汗位，於是不久又聚眾叛亂，將清將兆康擊敗。這一下把乾隆皇帝徹底惹惱了！給準噶爾帶來了滅頂之災！
乾隆二十二年（1757）春，清兵從巴里坤等地分路進擊，攻勢凌厲，加上準噶爾地區瘟疫流行，叛軍很快潰敗，阿睦爾撒納逃往哈薩克，九月得天花身亡。最後俄國交驗了阿睦爾撒納的屍體。
叛軍一敗，清兵開始血洗準噶爾。因為乾隆認為準噶爾人反覆無常，不可教化，出兵前就下了大屠殺命令，“必應全行剿滅，不得更留餘孽”，“此等賊人，斷不宜稍示姑息”，“此次進兵非同一般，各將厄魯特徹底剿滅，永絕根株”，“大兵進剿，厄魯特等自必畏罪投誠。如有前赴巴里坤者，即將伊等頭目先行送赴京師，所屬人眾亦隨即移至內地過巴里坤後，其應行剿戮者即行剿戮。所餘妻子，酌量分賞官兵，母得稍存姑息”，“如稍懷叵測，即移至巴里坤，再令移入肅州，即行誅戮”。簡單地說就是，除了女人分賞官兵之外，男人全部殺光。於是幾十萬準噶爾人死於清軍的屠刀之下，鮮血染紅了厄拉特草原，準噶爾人遭到了滅族之災，數千裡之內，絕無一人，只剩下一個空蕩蕩的準噶爾盆地。當年成吉思汗天下無敵，嗜血好殺，屠殺了幾千萬人，他萬萬沒想到金國後裔也給他的後代來了一次大屠殺。
隨後清兵又征服了天山南路的小白帽“大、小和卓”，從此天山南北皆併入大清版圖。由於這是征服的新疆土，故稱為“新疆”。
閱讀更多 談古論今瞎扯淡 的文章
