徐樹錚，在1905年由段祺瑞保送到日本士官學校學習，畢業回國後就在段祺瑞的手下，為段祺瑞出謀劃策。在1915年，袁世凱稱帝的時候，徐樹錚就勸段祺瑞抵制袁世凱，而且和段祺瑞共同進退，深得段祺瑞的信任。段祺瑞的許多措施都出自徐樹錚之手，徐樹錚也被稱作是段祺瑞的“小扇子軍師”！
在袁世凱死後，段祺瑞就任命徐樹錚為國務院秘書長。徐樹錚仗著自己有段祺瑞當後臺，根本不把黎元洪放在眼裡。秘書長的本職是把內閣的文件、命令交給總統簽字蓋章，但是徐樹錚經常讓手下直接交給黎元洪。有次有三個廳長的職位要變更，黎元洪問了句都是什麼人，徐樹錚就回答道，你只蓋印就行，你管任命什麼人！
由於總統府秘書長是張國淦，他跟段祺瑞和黎元洪的關係都不錯，為人也比較圓滑。在他的周旋下，倒是沒出什麼大的亂子。但是在張國淦辭職後，丁世嶧擔任總統府秘書長。丁世嶧在二次革命後是傾向國民黨的，他上任後就想給總統提高點權力，限制下國務院秘書長的職權。於是就提出總統可以隨時出席國務會議，國務院有什麼決議後，需要該部門的長官同意後，再交給總統蓋印，要是總統有不同的意見，國務院就必須再議！這樣一來，總統就可以插手國務院的事務了。這是段祺瑞不想看見的，於是段祺瑞就請了病假，並且傳出要辭職的風聲，以表示自己的不滿。後來在熊希齡的勸解下，段祺瑞才做出了點讓步，讓徐樹錚必須親自把國務院議定的文件交到段祺瑞的手中，這樣才緩和了點黎元洪跟徐樹錚之間的關係。但是，段祺瑞在總統出席國務會議問題上，絲毫不讓步。
但是隨著內務總長孫洪伊上任，又和徐樹錚發生衝突，直接造成黎元洪和段祺瑞的關係又緊張起來。在一次查辦胡瑞霖在湖南任財政廳長時的案子轉到國務院後，徐樹錚沒經過國務會議就擅自以國務院的名義把提案駁回了。孫洪伊以辭職表示抗議，於是段祺瑞命令徐樹錚把諮文追回，但是徐樹錚藉口已經由眾議院秘書印送下去了，沒辦法追回。孫洪伊馬上就給眾議院打電話，發現徐樹錚撒謊。這樣一來，段祺瑞和徐樹錚就恨孫洪伊入骨，想要除去孫洪伊。
在9月，孫洪伊裁員整頓內務部，徐樹錚煽動被裁員的人起訴孫洪伊違法。平政院裁定被解職的人員仍然回到內務部供職，但是孫洪伊拒絕接受平政院的裁定。於是徐樹錚就批了一封執行平政裁決書的命令，交給總統府蓋印。孫洪伊對於這道命令拒絕副署，黎元洪也拒絕蓋印，並且要交給國會審議。一直到了10月，段祺瑞對孫洪伊忍無可忍，就呈請黎元洪罷免孫洪伊，但是黎元洪拒絕了。
在研究系的攻擊下，湯化龍以輿論向黎元洪施壓，段祺瑞以自己辭職相威脅，黎元洪無奈之下只好請徐世昌出山。徐世昌向黎元洪和段祺瑞建議把徐樹錚和孫洪伊全部解職，讓張國淦出任國務院秘書長。這樣，孫洪伊被解職，徐樹錚也在段祺瑞的授意下辭了職。接著段祺瑞又挑唆督軍團，逼迫黎元洪罷免丁世嶧，黎元洪被迫批准丁世嶧辭職！
這樣一來，隨著孫洪伊、徐樹錚、丁世嶧都相繼離職，總統府和國務院的政潮暫時平靜下來。
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