以基因检测来解读历史，难免会出现一些和传统观点相反的结论。例如殷商的Y染可能是C系的，不是汉族主体的O系；多个外来异族参与了华夏文明的形成进程，外来文化对华夏有一定的影响；血统只有相对纯正、没有绝对的；同一姓氏可能有N多个不同的祖先；有些少数民族祖上曾经辉煌过。。等等
按照分子人类学的理论，“人类是起源于非洲的”，这个就已经有很多中国人接受不了，他们坚持认为人类起源于中国。虽然“人类起源于非洲”还不是终极定论，但却是目前的主流意见。首先，为什么说起源非洲，他是有一套科学的、可检验的系统。简单来说，因为非洲人的Y染色体具备的多样性最广，可见其他地方的人都是非洲人迁徙而成的。而中国的山顶洞人等智人，他们的Y和现代人不同，所以不是现代人的祖先。
基因是不会说谎的，他能真实的反映祖先来源，有人认为基因检测可以造假，但是你要想下，做基因检测可不止一家结构，你的数据和别人不一样或者结论偏差很大，一个重新检验就能辨别真伪。
通过基因检测来解读历史，第一是会发现上古历史和传统记载的不一样。其实一切历史都是政治史，尤其是在中国，历史很大程度上要为政治服务，所以史官就不可能有完全的秉笔直书。尤其是当儒家成为主流学派之后，伪造上古历史、托古改制的例子多不胜数。有时把上古的禅让制吹得完美一些，厚古薄今，可以让当权者按照儒家的意思去改变；有时用春秋笔法来避讳，对当朝隐恶扬善，可以获得当权者的欢心；这些都是出于政治的需要。
大一统之后，很多异议文化被打压，只保留一种主流声音，这种声音会不断洗脑，让人们以为中国历史一开始就是统一的。所以当还原出上古的多元文化时，一些传统学者会难以接受，甚至破口大骂。历史的发展进程是，每个大民族肯定都是由小变大的，没有一开始就是庞然大物的说法；中国的上古也是如此，是从“满天星斗”慢慢发展成“定于一尊”；是从欧洲般的小国林立，逐渐被一个牛逼的势力所统一；是从百家争鸣变成一体化，而不是从统一到统一。所以，现在官方有一个形容词叫多元一体，是很贴切的。
Q系、N系、R系、C系的族群曾经参与华夏的形成？是的，这些非O系在先秦的文化骸骨上，都留下了痕迹。N系还好说，和O系本来就是兄弟血缘，其他R、Q则比较难解释。R1a是雅利安，雅利安摧毁了好几个文明古国，Q系鬼方族群可能是跟随雅利安过来的。C系和O系的确有一定的区别，但C2系南支则很早就在中国生活了，孔子和山西司马氏都是南支，殷商王族也很大概率是这个。如果把南支开除出去，那孔子也不能算中国人了。在秦汉大一统之前，多个族群都参与了华夏文明的建设，正是由于多元文化在中原的碰撞，产生了火花，在黄河领域孕育出了璀璨的华夏文明。
6000年前西亚就已经产生了青铜技术，华夏的青铜技术比较晚起，所以学界的主流观点是，华夏的青铜技术来自于西亚。偏有一些传统学者，认为青铜技术是华夏原创的。他们大概认为使用别人发明的技术，是一种耻辱。说直白点就是，使用别人发明的技术，会打击他们的民族自豪感。这种固步自封的民族情感，大可不必。举个简单的例子，现在最流行的腾讯工具QQ，其实早期是抄袭ICQ的。微软操作系统的最原始版本，也不是比尔盖茨编写的。可乐的配方也不是可口可乐公司发明的。。很多技术的创始人，都不是发扬光大的那个。真正能够将华夏文明延续下来的，只有中国了，其他古国的文明大多断绝过。
从血统上来说，中国的主体民族——汉族，的确是大民族里面相对纯的。注意，是相对纯，但不是百分百绝对。世界上不存在绝对纯的民族，每个民族都会一定程度受到外来的影响，正如文化也一样，每一种文化都会或多或少受到外来影响，比例不同而已。就算你躲进与世隔绝的地方，都不可能有百分百的。
我们不应该提倡唯血统论，唯血统论必然会走上纳粹式的种族主义道路。而且，唯血统论也和华夏文化格格不入。汉族虽然以O2（旧O3）为主，但我们不能说只有O2才算汉族人，小编虽然也是汉族，但不赞成这种自我孤立的划分。首先，汉族的基本盘肯定是大O系，包括O1、O2，由于C2系南支对华夏做过贡献，也可以列入基本盘之一。而且，南方的少数民族，很多和汉族都有渊源。要知道，在血统相近的情况下，文化的归属感更大于血统，例如抗日时期出现的汉奸，他们很多也是汉族血统的人。
有很多家谱里自称是炎黄世系的人，一检测基因，会发现其实不是。有些人身份证是汉族，但会测出是N系什么的，他们自少和汉人无异，按理也应该算是汉人。这就是我们所说的，文化认同的凝聚力要大于血统。汉文化本身有一种同化别人的特殊张力，我们不应该低估。
还有一个问题就是，有些少数民族可能和某个文化遗址有关，例如彝族可能和三星堆文化有关，当然这只是可能。问：努力追求历史真相，万一发现某个少民祖上真的曾经阔绰过，会不会加强了对方的民族自豪，从而导致每个少民都大力追溯自己的祖先文化之根？
答：退一步来说，就算每个少民都去追溯自己的民族文化，也影响不了汉族的主体地位。汉文化还没虚弱到这种地步，不要杞人忧天哈。少民如果能证明出祖先曾经阔绰过，的确会增加一些民族自豪感。但汉文化应该内心更强大一些，因为四五千年来中国都是汉文化为主体，如果随便拿一个少民文化就能把汉文化打败，那是不可能的。
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