司馬遷之忍可謂前無古人，後無來者，千百年來廣為傳誦。其形雖滅，精神永存。在恥辱的打擊之下，他不但沒有倒下，反而達到了光輝的頂峰，他忍住了對男性最慘無人道的摧殘，創作出了傲視古今、凌軼百代的《史記》。
元封三年（公元前 108 年）， 38歲的司馬遷繼承了父親生前的職務，被漢武帝任命為太史令。 西漢時代，太史令還兼有皇家天文臺臺長的職責，諸如天文、氣象、曆法、星佔等涉及“天”的迷信與科學事宜，都歸太史令掌管，它需要有“文史星曆”專門知識的人才能充任。司馬遷正是這一理想人選。
司馬遷擔任太史令後，在改歷工作中所表現出的忠誠和才幹，博得了漢武帝的賞識和信任。事業上的成功使司馬遷的心情十分舒展，他有更充沛的精力去考慮將父親的遺命變為現實。他認為應該像父親說得那樣，繼孔子之後，在歷史著述上作一番努力。於是，他決心承擔起這個艱鉅而又神聖的使命。
經過多年的苦心準備，漢武帝太初元年（公元前 104年），司馬遷決心將他們父子幾代人的理想變為現實。他提起如椽大筆，開始了他那鴻篇鉅製《史記》的寫作。
正當司馬遷雄心勃勃，準備建造他那文化史上最輝煌的大廈時，一場巨大的災難將他推進了深淵。
這場災難的導火線是李陵一案。李陵是名將李廣的孫子，精於騎射，有祖父李廣遺風，謙虛下士，為人守信，不貪財，有口皆碑。漢武帝曾派他率領八百騎兵深入匈奴領地二千餘里，偵察地形。回來後任騎都尉，率兵士五千人，在酒泉張掖一帶，鎮守邊防。天漢二年（公元前 99年）初秋時節，漢武帝再一次要為貳師將軍李廣利立功封侯創造機會，命他率三萬騎兵出酒泉攻打匈奴右賢王於天山，並命令李陵同行，替李廣利管理軍糧、軍械等輜重。李陵因瞧不起這位無才無德、靠裙帶關係爬上來的將軍，不願意接受這個差使，便在漢武帝召見時表示，希望能獨自帶兵去蘭幹山以南活動，這樣可以分散匈奴軍隊的注意力，以減少對李廣利所部的壓力。漢武帝聽後不悅，並說朝廷再也派不出騎兵讓他獨當一面了。李陵仍然堅持自己的意見並認為朝廷可以不必增派騎兵。他原來所帶領的五千步兵，都是荊楚勇士，力能扼虎，箭法高超，一定能以少勝多，出奇制勝，直搗匈奴的巢穴。在李陵的一再請求下，漢武帝勉強同意了他的方案，同時派駐守在居延的強弩都尉路博德為其後衛。不料這位老資格的將軍卻不甘心作為李陵的接應，便心生一計向漢武帝上書說，現在正是秋高馬肥的季節，敵人兵強馬壯，恐怕不適宜與其交戰。還是讓李陵留下來，等到明春，我與他各領五千騎兵一起出擊，定能捉住單于。漢武帝看到這份奏書十分生氣，懷疑李陵說下大話卻又害怕，指使路博德編出這些理由。於是詔令李、路立即出兵，不得違誤期限。
李陵接到詔令後隨即領兵從居延出發，北擊匈奴。最初，李陵所部長驅直入，深入敵境未遇抵抗，進展相當順利，便派部將回報。漢武帝接報後十分高興，朝中諸大臣無不舉杯祝賀。豈料，就在這時，內部出了叛徒，有個名叫管敢的人投降了匈奴，將李陵沒有援軍、射矢將盡的機密告訴了單于。單于得到這一情報後親自率領重兵，將李陵軍逼入狹谷團團包圍。匈奴騎兵從三萬增加到八萬，數十倍於漢軍，大有一舉殲滅漢軍的氣勢。陷入敵軍重圍中的李陵軍英勇奮戰，且戰且退，經過十幾天的浴血激戰，殲敵一萬多人。但終因寡不敵眾，在離邊塞僅有一百多里的地方，矢盡糧絕，五千壯士死傷殆盡，李陵也成了匈奴的戰俘並最後投降了匈奴。
再說貳師將軍李廣利，雖然領有精兵三萬餘人，一路上未遇匈奴主力。但這個庸將一向貪生怕死，只與匈奴軍遭遇了幾次就損兵折將，落荒而逃。
漢軍連遭敗績的消息傳來，整個朝廷都為之震動。漢武帝見兩路兵敗，更是食不甘味，坐立不安。漢武帝本希望李陵在兵敗路絕之時，能戰死全節，給漢王朝和他自己挽回一點面子。後來卻聽說李陵做了俘虜且投降了匈奴，大為氣惱，於是召集朝臣商議處置的方案。大臣們深知李廣利作為漢武帝寵姬的哥哥在朝廷中的地位，不敢對他有更多的責備，於是將兵敗匈奴的責任和氣憤全傾注到李陵一人身上。有的甚至火上加油地說李陵辜負天恩，剛愎自用，喪師辱國，罪在不赦，其家屬也應連坐等，極力慫恿漢武帝重重治罪。
在場的司馬遷卻越聽越不是滋味，心想，幾天前還在盛讚李陵功勞的這些人，今天卻又痛罵李陵想置他於死地。相反，對敗將李廣利卻不敢責備，胸中很覺不平。因此，當漢武帝召問他對李陵事件的看法時，司馬遷以自己對漢武帝的“拳拳之忠”，以及坦率、耿直的性格，力排眾議，大膽地為李陵辯護。
司馬遷說：“我和李陵都在宮中任職，沒有甚多交往，甚至不曾在一起飲過酒，說不上有什麼特別的情誼。但我瞭解他平時的為人，是個能自守節操的出眾人才。他侍奉雙親很孝敬，待人接物講信用，平時廉潔奉公，不貪圖和索取份外的財物。能分別尊卑長幼而禮貌待人，謙恭自約，禮賢下士，常常想著奮不顧身地為國家的急難而獻身。他平素所含蘊的品德，我以為具有國家傑出人才的風範。作為一名臣子，出於寧肯萬死不求一生的考慮，奔赴國家的危難，這已經是難能可貴了。如今他一有過失，那些平時貪生怕死，只想保全自己和家室私利之徒，卻任意誇大、製造嚇人的罪名強加於他，對此我實在感到不安和痛心。
“況且，此次李陵只率領不足五千的步兵深入胡地，前鋒已攻入單于的王庭，這就如在虎口邊設下誘餌，勇猛地向強大的胡軍挑戰，與佔據有利地形和數倍於自己的敵軍展開激烈的戰鬥，不屈不撓。連續奮戰十幾天，殲敵人數大大超過自己軍隊的傷亡數。胡人的首領都為之十分震驚，他們徵調了左賢王、右賢王所部，幾乎出動了所有能拉弓射箭的人，傾巢而出對付李陵的進攻。李陵率部轉戰千里，箭矢已盡，無路可走，而救兵又遲遲不至，死傷的士卒堆積如山。儘管如此，只要李陵一聲號令，疲憊不堪的士卒又會振作精神舉起空的弓弩，奮不顧身地與敵人展開搏鬥，直到最後一息。
“李陵未遭覆沒之時，有使者前來報告戰況，朝廷上下的王侯公卿們無不向主上舉杯祝賀。時間僅僅過了幾天，李陵兵敗的消息傳來，主上為此不思茶飯，無心上朝廷理政，大臣們大多擔憂害怕，不知所措。看到主上如此悲痛傷心，我雖地位卑賤，但還是不自量力，想獻出自己之愚見。我以為李陵能做到與部下同甘共苦獲得他們的信任，拼死出力，如此品格，即使古代的名將亦屬少見。李陵如今雖已兵敗被俘，但從他平時的所作所為可以料想，他是在尋找適當的機會主動歸漢。事到如今已無可奈何，但他打擊敵人的大智大勇和立下的戰功，已足以彰明於天下。早想將這些想法向主上陳述，只是沒有機會，適逢這次主上親自召見詢問，我藉此說李陵的功績，想以此寬慰主上之心，堵塞那些對李陵過分怨恨的言辭。”
李陵兵敗降敵是不足取的。司馬遷以李陵平時的為人和功績替他開脫、護，其理由很難站得住腳。然而，司馬遷在漢武帝面前直陳己見，其主要用意也許並非要替李陵辯降，而是站在歷史學家的立場上，表明自己對此事的看法，以求得出符合實際的結論。他一方面寬慰漢武帝的心，另一方面希望他能公正對待將士的功過成敗。
然而，司馬遷的這番言論，卻引出了歷史性的悲劇後果，被安了個誣罔“主上”的罪名，定了死罪。按照漢代的法律，凡被判處死罪的人犯，若要求生，有兩條途徑可走。一是用錢贖罪，大約需交 50 萬錢，當時通行的是五銖錢， 50萬個五銖錢，約合黃金五斤；另一條是甘受宮刑。司馬遷平時的俸祿並不豐厚，家境也很平常，父親一生做了幾十年的太史令，沒有給他留下多少家產，根本沒有能力償付這筆鉅額的贖罪金。
作為士大夫的司馬遷，理所當然地辯非常重視做人的尊嚴，看重自己的人格和名節。於是他想到自殺，想到了慷慨赴死。然而，在這個世界上只有一件事使他欲罷不能，這就是正在寫作中的《史記》。這是他們父子幾代人的理想和心血，他自己也已為之付出了多年的辛勤勞動，怎能忍心讓它半途而廢呢！
在生與死的抉擇關頭，司馬遷不禁徹夜難眠，思緒萬千。他想，自己的先人並沒有立過赫赫的功勳，自己也不過是一個為流俗所鄙薄的太史令，如果就此死去，是絕不能和歷史上那些“死節”的人相比的，那不過“若九牛之一毛，與螻蟻何異”。對於那些想將自己置於死地的人來說是無所痛惜的；對不明真相的人來說，也許還會產生誤會，以為是“智窮罪極，不能自免”才自尋短見的。人雖不免一死，但“死有重於泰山，或輕於鴻毛”，死的代價有大有小，如果這樣平白無故地死去，是很不值得的。
天漢三年（公元前 98 年）， 48歲的司馬遷，作出了出人意料的選擇，他擯棄自殺和赴死的念頭，決計忍辱偷生，接受那最為慘無人道的宮刑。他“就極刑而無慍色”。 宮刑不僅摧殘了司馬遷的健康，也給他的精神帶來了為常人難以忍受的痛苦。然而，這都沒有能夠摧毀司馬遷的意志，正是這人生的悲劇，使他對歷史、對人生、對漢王朝的吏治和刑法，對封建專制有了新的認識。他很快從極度的悲憤中解脫出來，將個人的生死、榮辱置之度外，默默地將自己全部的心血，傾注到正在撰寫的《史記》之中。
受刑後的司馬遷仍然被關押在獄中。在這種非人境況中，他沒有一天停止過思考，幾乎天天與《史記》結伴，或在腦中醞釀，或不停地記下一些考慮成熟的片斷。大約在太始元年（公元前 96年），他才獲釋出獄。
司馬遷出獄後，也許是漢武帝良心發現，覺得對他的處罰確實過重，或是出於其他方面的考慮，他很快被任命為中書令。中書令是貼近皇帝身邊的重要官員，相當於皇帝的秘書，表面上看，其地位要高於太史令。他的經常性工作是將皇帝的命令下達到尚書，並將尚書的奏事轉呈給皇帝，地位頗為顯要。他以戴罪之身，得以充任這樣的職務，因而被一些人視為“尊寵任職”。連他多年的好友任安也有這種看法。
其實司馬遷自己最明白，中書令一職能出入皇上身邊，權勢確實非同一般，然而此職一般都是讓有文化的宦官擔任。他因蒙冤受了宮刑後才被委任此職，這正是對他人格的再一次侮辱，他時時感到悲怨與憤恨，自然對朝廷內外的一切事務，毫無興味。難能可貴的是，司馬遷再次以堅強的意志，充分利用在皇帝身邊工作的種種便利，全身心地繼續投入到《史記》的寫作之中。司馬遷滿腔積憤，他在現實生活中，被無理剝奪了做人的尊嚴和自由，可是在修史寫作的天地裡，他卻有了一定的自由。“天高任鳥飛”，他可以用自己銳利的目光和判斷力，對古往今來的帝王將相、貴妃才人、忠奸善惡者，進行褒貶，進行鞭撻。奔放的激情，縱情馳騁，寫到興奮處，發出會心的笑聲；寫到憤慨處，憤怒地擊桌；寫到心酸處，暗暗抽泣。
經過司馬遷前後 14 年的努力，約在徵和二年（公元前 91年），一部構思嚴謹、體大思精的空前歷史鉅著——《史記》，終於基本完成。這是一部融入了司馬遷全部心血和畢生精力的不朽著作。全書“網羅天下軼史舊聞”，將三千年的歷史，進行了全面合理的整理，並將其納入一個科學、龐大而又完整的系統。在司馬遷以前還沒有一部體例完備、囊括中外、貫通古今的歷史著作。是他第一次彙總古今典籍，創造了紀傳體通史，這從內容到形式都是空前的創舉。
司馬遷忍辱著《史記》仍為人所稱道。人們在體會《史記》的輝煌時，更為司馬遷的忍辱負重精神所歎服。若想成就一番大事業，也要學習司馬遷的精神，為了實現自己的奮鬥目標，在不利的環境下暫時隱忍，以圖他日的成功。
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