特洛伊木馬程序一般由控制端和服務器端兩部分組成。服務器端就是在用戶機器上開後門的程序。當它被運行時一般都沒有任何反應，但實際上用戶的某個特殊端口已經被打開，只要一上網，任何一個擁有控制端程序的人都可以登錄到用戶的機器。
黑客通過控制端程序進入用戶自己的計算機後，就可以任意讀寫和查找、刪除、上傳、下載用戶機器上的文件，修改用戶的註冊表，從而實現完全控制。
特洛伊木馬程序雖然破壞力很大，但程序本身無法自我複製，這也正是木馬與計算機病毒的不同之處。特洛伊木馬可能存在於任何操作系統和平臺上。
它主要來源於Internet上下載的軟件，特別是免費軟件或共享軟件。特洛伊木馬程序表面上是無害的、有用的程序，但實際上潛伏著很大的危險性。
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