研究發現，總體而言，有機種植的產量要比傳統種植的產量低四分之一左右。不過有機種植的產量變化很大，有些有機耕地比傳統種植方式的產量低很多，而另外一些卻已經和傳統農業的產量相當接近了。
什麼因素會影響有機種植和傳統種植方法的產量差距呢?農作物的品種十分關鍵。有機水果和產油種子(oilseed)只比傳統農業的產量低3%到11%，而有機蔬菜和穀物的產量會比一般的同類作物低26%到33%。
土壤條件也是一個重要因素。研究發現，在酸鹼度比較中性的土壤裡(pH在5.5到8.0之間)，有機耕地的產量會和傳統耕作的方式比較接近，但是在這個範圍之外，傳統農業從產量上來說，優勢就比較明顯了。一個可能的解釋是，在強酸或強鹼的土壤裡，作物更依賴化肥中的磷，而有機生產方式很難給這些作物提供足夠多的磷。
另外，有機農業在發達國家和發展中國家的表現也很不相同。在發達國家，有機農業的產量比傳統農業要低20%，而在發展中國家，有機農業產量要低上43%。此外，有機農業還很依賴具體的耕種管理措施，營養補充和害蟲管理都很重要。
根據這項研究的分析結果，有機生產方式的限制因素很可能是氮肥。如果給有機作物施加更多的氮，產量就會有所提高。而為傳統農業種植的作物施加額外的氮卻不會有明顯的增產效果。這是因為絕大多數有機肥料(例如動物的糞便)中的氮元素往往釋放緩慢，難以滿足作物的需求。在有機作物中，只有豆類植物和多年生植物受氮肥的限制較小。這是因為前者有更好的利用氮元素的能力，而後者具備更長的生長週期，有足夠的時間等待有機肥中的氮慢慢釋放出來。
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