新中国成立后北平艺专更名为中央美术学院，在徐悲鸿的主持下，李可染成为了第一批受聘教授中的一员。没过多久李可染在当时的美术氛围中陷入了困境，当时的美术界随着前苏联绘画教学体系的引入，以反映现实生活的写实绘画成为主流，传统国画的改造也逐渐转向深入。此后中国画的发展由文人画表现自我，书写意趣，转向了表现新的社会生活直至讴歌政治运动。中央美术学院的中国画系被绘画系取代，从此西洋绘画成为学院派的主流，李可染被安排去教水彩课程，这是当时社会对中国画不重视的表现。
李可染认为改造中国画第一条就是必须挖掘已经堵塞了六七百年的源泉，这是李可染在新时代对于中国传统绘画的理解。为了这个理解，李可染决定出发，他要走遍全国各地，寻找他心中的源泉。与他同行的还有罗铭，张仃，他们在黄山，雁荡山等地耗时三个月创作了许多作品，后来在北京北海公园的悦心殿展出了60多幅作品，其中李可染的有40幅。当时观展的人群中有的人激动的流下了眼泪，这么好看的山，从来没有人把写生做的这么好，做得这么深入。画展还引起了争论，当时有传统文化修养的画家认为这不是中国画，因为这些画都是写生的画，而中国画不强调写生。性格内敛的李可染面对美术界不同的声音和质疑，一直保持着沉默，曾请篆刻家邓散木为自己刻了两方印章。上面的八个字后来被很多史家潜心解读，“所要者魂，可贵者胆”。有人这样评价李可染：他胆子可小了，但是画画的胆子很大，时时刻刻在创新。
李可染是在美术界里形成语录的第一人，他非常善于总结他的经验，关于但和魂，在艺术上非常的大胆。改革总会伴随着质疑、瓶颈和时间的磨砺，这条路似乎跟李可染的天性有着显而易见的矛盾，很多人都想不通性情温和，毫不张扬的李可染为什么会执意闯这一道坎。这里边有一个悲伤的理由，1953年徐悲鸿，1955年黄宾虹，1957年齐白石，改革中国画的巨擘在这一时间段相继去世。这几位对李可染来说是亦师亦友，给中国传统绘画开辟了一片新天地，这是他们能够成为师友的情感起点。从他们身上李可染收获了触类旁通的指点，感受到了同道中人的畅快和默契。没有了相携左右的师友，李可染是孤独的，但是他必须花更大的力气在这条路上走下去。
黄山的千尺飞瀑、绍兴的流水人家、漓江的如烟胜景、雁荡的叠嶂山峦，李可染眼中的世界化作心中的丘壑，继而成就了笔下的万千气象。他置身于大山大河之中，探寻他一直梦寐以求的源泉。李可染有名言“用最大的功力打进去”，就是自己要有很雄厚的传统山水画的文化根底；“用最大的勇气打出来”，要注重写生。
李可染速写本上每一片叶子，每一棵树的光线都画的非常仔细，一张三开的画要在太阳底下画三天，他在思考，在慢慢的感受，在提炼。这种精神很少有人有，也很少有人能做到这样，一般人太阳底下坐两三个小时估计脑子都成浆糊了，别说思考了。
写生是采集，更是对大自然认识深化的过程，每到一个地方李可染从来不是坐下来就画，必须经过对景久观，对景凝思结想，在心中形成一幅画后才从容动笔。李可染认为一个画家不但要表现出真山真水，气势风貌，同时还要把自己的感情投进去。
李可染用了十年的时间，在中国画改革之路上实现了从对景写生到对景创作的飞跃，进入了个人自人物画之后山水画创作的成熟期。他的足迹不但遍布祖国的名山大川，而且开始走向世界，李家山水在中国画坛形成了自己独树一帜的风貌。李可染具有时代气息的新山水画作品成批的问世，这些山水画成为他屹立中国画史辉映千古的经典之作。
1966年是让亿万中国人刻骨铭心的年份，李可染马上要迎来自己的知天命之年，这时一场浩劫中断了他对未来的构想，不得不放下画笔。李可染开始每天不停地练字，横平竖直的笔线直到把整张纸都写黑了才罢手，他把这种笔法称为酱当体。家里没有酱油了叫孩子去买，李可染就说你看见一个方块字，比较大的，很醒目的就是酱油铺了，而当铺是人们应急时用的，给孩子比划这个“当”字应该这么大，板板正正的。虽然这种字很板正，但是很有力量，所以他就练这个字体。
1976年毛主席去世，为了纪念毛泽东，国家召集了李可染等著名画家，为毛主席纪念堂创作以革命圣地为题材的巨幅山水画，这将成为李可染艺术生命的新起点。李可染要创作的是《革命摇篮井冈山》，之前李可染创作过这个题材，但是这一次他坚持再去一次井冈山，当时因为患病他被截去了三个脚趾。上山的时候脚还是肿的，妻子邹佩珠每天都要给他泡脚，即使这样李可染依然要上山，要上到黄洋界最高的地方。自己上不去，一起同行的人有的拉，有的推，硬是走了上去。
重拾画笔的李可染将积在心中十年的情感付诸笔端，早年看过、走过的万水千山，使他体会到了造化在手的酣畅。
1981年11月1日中国画研究院成立，李可染任院长，当时出席成立大会的有四位国务院副总理（古牧、方毅、万里、姚依林），还有黄胄、吴作人等众多画坛泰斗，这时的李可染已经成为了新时期中国美术界的一面旗帜。这不仅是一个研究机构的成立大会，而是一次中国文化的盛会，是中华文化复兴的一声号角。在文化界所有的人看见李可染，都不是把他当作一个画家来看，而是把他当作一个时代的标签。
晚年的李可染身兼画院、美院数职，比早年更加忙了，他的身影频频出现在画展上，而且他也成为了青年学子仰慕的大师。1986年一场规模宏大的李可染中国画展，在北京，日本等地举行，展出的202件作品呈现出了李可染从36岁到80岁之间，心灵与世界对话的痕迹。李可染这次晚年的画展举办的时间恰逢八五美术思潮之后，有关当时中国画已经穷途末路的观点，李可染一直用画笔作为回应。
晚年的李可染居住在北京西城区三里河（师牛堂），他晚年的佳作都出自这里。在别人看来八旬的李可染已然登上了人生的巅峰，可以肆意挥洒笔墨而无羁绊了。夫人邹佩珠最清楚，即使成为了享誉画坛的大师，李可染没有一天不在笔下耕耘。这个情景让人很容易联想到他晚年的一方印章“废画三千”，25年里李可染家里没有买过手纸，都是夫人把他画坏的纸裁了用，李可染自己舔笔的纸也是如此。
李可染到了晚年坚持的是东方白，他说我们东方的文化会慢慢的让西方人去了解，东方的文化对于他们西方人来说是一个蒙尘的明珠。中国画将会光明于世，东方蒙尘的明珠，东方既白。
1989年11月15日，李可染夫妇参加老师林风眠的画展，为久别的恩师送上了花篮，这是李可染最后一次参加公开活动。
1989年11月24日，在师牛堂里李可染对他的学生们讲了很多，这在平时是很少见的。他说：现在是对景写生，将来要大胆创造，那时你们会吃惊的......。
李可染在去世的三天前，自己看了自己的三个指头，然后对夫人说：如今我的三个指头画不坏了，也写不坏了，能随机应变，这样的怎么变成那样更好看，想怎么变都行，三天后李可染逝世了，这一天是1989年12月5日。
夫人邹佩珠眼含热泪的说，一个艺术家要到一个高度的话，太不容易了......
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