準噶爾對清朝來說，確實是個麻煩的製造者康熙曾經三次帶兵親征過他們，晚年又因西藏問題兩度興兵，但是準噶爾仍未降服，更未能被消滅。而在雍正即位之初，他們又接納了叛清的青海首領羅卜藏丹津，拒絕清廷的索討，度強硬地與清廷對抗。雍正因為國內事務繁多，而且國家的財力也不充裕，不想用兵，所以在雍正元年至二年之間，遂善待準噶爾的來使，並派大臣與他們和，希望能和平解決雙方的紛爭與不快。不過，並未談出結果。隨著皇帝皇權的加強以及財政稅務改革的成，雍正的統治地位也穩定了，征伐準噶爾的計劃也排上了議程。在皇帝的心目中，準噶爾是“國家隱憂，社稷生民憂戚系焉”，他覺得這問題最終要解決，預計在雍正七年（1729）前後“整大軍勒取，相機聲罪致討，必滅此而後朝食”。
正好雍正七年時準噶爾的首領策妄阿拉布坦死了，他的兒子噶爾丹策零繼承為領袖，這位新領袖在內外政策上仍遵循他父親的老路線，對內發展農業生產，對清朝與喀爾喀部也不放棄擴張的意圖後，雍正皇帝認為策妄阿拉布坦之死是一個良機，趁新首領上臺政局不穩時發動攻擊是上策再說在過去兩年間，清廷已做了不少準備工作，例如已經在河南、山東、山西等地暗中訓練了一批軍隊，購買養育了一批駱駝騾馬，準備了一切軍裝器械，還特別定製了數以千萬計的戰車，又培訓了夠用的駕車手與作戰士兵，雍正認為一切就緒，又加上策妄阿拉布坦死亡的難逢機緣，他決心動武。同年三月，皇帝下令發兵征討，以領侍衛內大臣傅爾丹為靖邊大將軍屯兵阿爾泰山為北路軍；以川陝總督嶽鍾琪為寧遠大將軍，出西路，為西路軍。六月，皇帝告祭太廟，說明徵討噶爾丹策零的原因，認為“不迅行撲滅，將來必為蒙古之巨害，貽中國之隱憂”。
清廷如此大張旗鼓地出兵，消息傳到準噶爾，噶爾丹策零相當驚恐，立即派專使特磊見嶽鍾琪，聲稱本欲將羅卜藏丹津解送清廷，但清兵既已踏上征途，怕路上有變故，乃暫行中止。如果清廷能寬赦他們以前的過錯，他們仍願意解押羅卜藏丹津到京，也願意聽從皇帝的命令，臣服清廷。嶽鍾琪認為有詐，但也向雍正做了報告。雍正隨即下令將特磊送到北京，暫緩進兵，並召傅爾丹與嶽鍾琪也來京師，共商軍情戰略。後來雍正降諭命準噶爾“受封、定界、遣回逃人，當寬宥其罪，進兵之期，暫緩一年”。
可是噶爾丹策零使用的是緩兵之計，結果就在嶽鍾琪赴京期間，出兵兩萬突襲西路大軍，清軍損失慘重，牲畜被劫掠約十幾萬頭，而嶽鍾琪的部下竟謊報軍情，以大捷上奏，雍正還給予嘉獎，真是上下亂了章法，也是嚴厲君主雍正統治時期少見的笑話。嶽鍾琪後來回到軍前，設法彌補，而事實也逐漸被雍正探知為了不影響戰爭大局，雍正乃偷偷派人監視嶽鍾琪並削弱嶽鍾琪統兵大權，甚至對他予以挾制，從此嶽鍾琪已不再是雍正的寵臣了。雍正九年（1731）四月，傅爾丹所統領的北路大軍進駐在科布多時，準噶爾的噶爾丹策零又故技重施，派人到傅爾丹軍前謊稱:準噶爾大軍正兩面受敵，一是哈薩克人的攻擊，一是羅卜藏丹津族人的攻擊，因而不能發動大軍來對抗清軍。目前只在離傅爾丹軍營“止三日程”的察罕哈達駐兵一千人等。
傅爾丹是滿族的武夫，“勇而寡謀”，對敵人的假情報不加核實，貿然下令派兵四千輕裝前進，雖然有副將提出諫言，但傅爾丹一意孤行，想爭得戰功，進行襲擊。當清軍進入準噶爾軍的包圍圈內，在山谷中的兩多蒙古軍立即向清軍發動猛攻，頓時“笳聲遠作毯裘四臺，如黑雲蔽日”，清軍就在這塊名為和通泊的地方成了甕中之鱉，被緊緊包夾其中。傅爾丹又派出六千軍隊往援，但清軍前鋒已被擊潰，準噶爾軍乘勝“直犯大營”，結果只有部分滿洲兵護衛輜重，且戰且走，逃回了科布多。這次和通泊之戰，清軍損失慘重，“副將軍巴賽、查納弼以下皆戰死”，死傷兵員兩萬多人。戰事失敗的主因是傅爾丹的驕狂輕敵與剛愎自用。有趣的是，雍正後來知道兵敗，但並未追究責任、嚴辦失職將領，反而賜給傅爾丹一條他自己御用過的腰帶，像似獎勵他的“戰功”。其後雍正又任命郡王錫保與大學士馬爾賽參與西疆軍務，事實上錫保是以“逢迎為能”的親貴，馬爾賽則是“庸劣怯戰”的文臣，皇帝讓他們出馬，可算是所用非人了準噶爾嘗得勝利成果後，進一步擴大發展的野心。
他們知道清軍不能強攻，所以派出部分軍隊“環峙烏魯木齊”，以防清軍的西路軍，又屯田於鄂爾齊斯河，以窺清軍北路”。他們定下了這兩路牽制清軍的策略之後，卻發動大軍兩六千人進犯北鄰的喀爾喀。喀爾喀親王丹津多爾濟與額駙策凌誓死抵抗，特別是策凌是喀爾喀的和碩親王，子女被掠，乃割發及所乘馬尾誓天，決心與準噶爾決一死戰，他率軍深入敵後，突襲準噶爾軍，大敗準噶爾部於鄂爾渾河畔的“額爾德尼昭”（光顯寺）。據說光顯寺一帶“左阻山，右限大水”，準噶爾軍無路可逃，喀爾喀軍乘勝殲敵，擊殺一萬多人，“屍滿山谷，河水數十里皆赤”。另外在光顯寺大戰發生前不久，準噶爾部軍隊也自烏魯木齊進擾哈密，嶽鍾琪派曹勃迎戰，雖然打敗了敵軍，但未能阻截。
朝廷中大臣如鄂爾泰等出面參奏嶽鍾琪擁兵數萬，縱敵逃去，有失職之處，雍正遂下令將嶽鍾琪召回京城，指責他“賞罰不公，號令不一，不恤士卒，不納善言，傲慢不恭，剛愎自用”，於是削掉他的公爵，改令查郎署理寧遠大將軍印信，並令鄂爾泰督巡陝甘，經略軍務，從此西路軍軍權由漢人又轉移到滿人手中。雍正十年（1732）的西疆戰爭，光顯寺大捷，皇帝以為應該獎賞，於是晉封額駙策凌為超勇親王，賜黃帶，並且讓他“佩定邊左副將軍印，屯科布多，授盟長便宜行事”。但是嶽鍾琪一軍則因無功而受到懲處，參贊軍務的紀成斌與將軍曹勃都在軍前正法，嶽鍾琪則被囚禁大獄。雍正十二年（1734）大學士會議請皇帝將他處死，但未執行。第二年雍正駕崩，嶽鍾琪在乾隆登基後第二年被釋放出獄，還在徵金川之役復起為四川提督，算是命大的人了。準噶爾部經過幾年作戰，特別是光顯寺一役大敗後，元氣大傷，無法繼續戰爭，乃轉向與清廷議和。清朝方面也因連年於西、北兩面用兵，人力物力消耗嚴重，國庫有空虛之感，大臣中也有請求迅速撤兵，“舒天下之力”“養天下之命”，皇帝於是在雍正十一年（1733）五月宣佈暫停進兵。
後來又召集前線將領與京中大臣開聯席會議，研商對準噶爾部的和戰問題，會中有人主張繼續征討，如額駙策凌、莊親王允祿等，認為準噶爾部應予徹底征服。但是也有希望停止戰爭，儘快談和的，如張廷玉、傅鼐等人，覺得師老無功，不宜久戰。準噶爾部既有心歸順，即宜招撫。皇帝最後採用了主和派的意見，於雍正十二年（1734）七月決意議和。不過雙方後來為牧地界線問題仍爭執不下，到雍正十三年（1735）皇帝歸天時都未能解決。乾隆四年（1739）才議定以阿爾泰山為準噶爾與喀爾喀的放牧界地，雙方才簽訂和議，清廷與準噶爾部維持了此後將近二十年的和平。雍正對準噶爾部的用兵相當失敗，雖然皇帝說:“朕之籌劃於事先者雖未有爽，而臣工之失機於臨事者不一而足，亦皆朕無能不明之咎。”顯然他把戰爭失敗責任歸咎於將帥，也反省到了他自己的用人不當。但是他因自己即位時的政局紊亂情形而聯想準噶爾部首領死亡後也必有同樣爭權鬥爭等情勢，認為是良機，而決意興兵，是不是太主觀了一些，真是“籌劃於事先者未有爽”嗎？
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